当前蛋白身份：Q9Y2M0
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4REA A Nuclease DNA complex 提交 2014-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
373–1017（645 aa）
片段：UNP residues 373-1017
链 B
373–1017（645 aa）
片段：UNP residues 373-1017
|
突变：D960A 突变：D960A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
micro-batch under oil；300 K；0.1-0.2M KSCN, 18-22% PEG 3350, 0.1M BisTris-propane, micro-batch under oil, temperature 300K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.277 |
| 4REB Structural Insights into 5' Flap DNA Unwinding and Incision by the Human FAN1 Dimer 提交 2014-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
373–1017（645 aa）
片段：UNP residues 373-1017
链 H
373–1017（645 aa）
片段：UNP residues 373-1017
|
突变：D960A 突变：D960A | SM SAMARIUM (III) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
micro-batch under oil；300 K；0.1mM spermidine, 1% 1,6-Hexanediol, 22-24% PEG 3350, 0.1M BisTris Propane, micro-batch under oil, temperature 300K
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.262 |
| 4REC A nuclease-DNA complex form 3 提交 2014-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
373–1017（645 aa）
片段：UNP residues 373-1017
|
突变：D960A | IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
micro-batch under oil；300 K；0.1M potassium iodide, 0.1mM spermidine, 18% PEG3350, 0.1M BisTris propane, micro-batch under oil, temperature 300K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 4RI8 FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
突变：V487A | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 4RI8 FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
突变：V487A | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 4RI9 FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT)/3'(dT-dT-dT-dT-dT-dT-dT-dT) double flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
突变：V487A | BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.266 |
| 4RI9 FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT)/3'(dT-dT-dT-dT-dT-dT-dT-dT) double flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
突变：V487A | BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.266 |
| 4RIA FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated nicked DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
未记录 | BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 4RIA FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated nicked DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
370–1017（648 aa）
片段：unp residues 370-1017
|
未记录 | BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 4RIB FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT) single flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
364–1017（654 aa）
片段：unp residues 364-1017
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4RIB FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT) single flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
364–1017（654 aa）
片段：unp residues 364-1017
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4RIC FAN1 Nuclease bound to 5' hydroxyl (dT-dT) single flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.257 |
| 4RIC FAN1 Nuclease bound to 5' hydroxyl (dT-dT) single flap DNA 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.257 |
| 4RID Human FAN1 nuclease 提交 2014-10-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.288 |
| 4RID Human FAN1 nuclease 提交 2014-10-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.288 |
| 4RID Human FAN1 nuclease 提交 2014-10-05 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
链 B
370–1009（640 aa）
片段：unp residues 370-1009
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.288 |
| 4RY3 Crystal structure of human Fanconi-associated nuclease 1 提交 2014-12-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
371–1010（640 aa）
片段：UNP residues 371-1010
|
未记录 | PT PLATINUM (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；2.5M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane, 10% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 4RY3 Crystal structure of human Fanconi-associated nuclease 1 提交 2014-12-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
371–1010（640 aa）
片段：UNP residues 371-1010
|
未记录 | PT PLATINUM (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；2.5M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane, 10% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.243 |
| 8S5A The crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA 提交 2024-02-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
364–1017（654 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Hepes/MOPS pH: 7.25, 0.1M Sodium formate 0.1M Ammonium acetate 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1M Sodium oxamate
21% v/v Ethylene glycol 21 % w/v PEG 8000
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.273 |
| 9CG4 Cryo-EM structure of FAN1, PCNA and DNA substrate with (CAG)2 extrusion in intermediate state 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 E
372–554（183 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 9CHM Cryo-EM structure of FAN1 R507H and PCNA in intermediate state 提交 2024-07-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
372–555（184 aa）
|
突变：R507H | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9CL7 Cryo-EM structure of FAN1-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 E
372–1010（639 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 9CMA Cryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
372–1017（646 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 9EO1 Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate 提交 2024-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
372–1007（636 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9EOA Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
372–1007（636 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9GY0 Cryo_EM structure of human FAN1 R507H mutant in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1017（1017 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.42 Å |