1afv

HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (LIGHT CHAIN) × 2 ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (HEAVY CHAIN) × 2 （Q99LC4） LEAD (II) ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 132–282 作者链 B； PDB构建体 1–151； UniProt 132–282

ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (HEAVY CHAIN)

物种未注明

UniProt Q99LC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN × 2 （P12497） ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (LIGHT CHAIN) × 2 LEAD (II) ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q99LC4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–219； UniProt 20–238 作者链 K； PDB构建体 1–219； UniProt 20–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1afv
沉积日期 deposition_date	1997-03-14
结构标题 title	HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3
关键词 keywords	COMPLEX (VIRAL CAPSID-IMMUNOGLOBULIN), HIV, CAPSID PROTEIN, P24, Viral protein-Immune system COMPLEX; Viral protein/Immune system
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1afv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1afv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1afv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.62 Å
Rg（电子密度）	51.35 Å
总 Rg	51.29 Å
原子数	9024
残基数	1176
排除体积	159800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1afv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN
分子量 formula_weight	16716.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9024

PIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSIL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	23741.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDNYGISFMNWFQQKPGQPPKLLIYAASNLGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEEDTAMYFCQQSKEVPLTFGAGTKVELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	23701.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,K

QVQLQQPGSVLVRPGASVKLSCKASGYTFTSSWIHWAKQRPGQGLEWIGEIHPNSGNTNYNEKFKGKATLTVDTSSSTAYVDLSSLTSEDSAVYYCARWRYGSPYYFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPK

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	LEAD (II) ION
分子量 formula_weight	207.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1afva_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamily	a.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family family	a.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain

结构域编号 domain_id	d1afvb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamily	a.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family family	a.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain

结构域编号 domain_id	d1afvh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvk2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvm1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1afvm2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1afvA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	1afvB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	1afvH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1afvM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	119.900 Å
晶胞边长 b length_b	92.300 Å
晶胞边长 c length_c	149.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.3240

HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1afv__assembly_1__model_1

1afv__assembly_1__model_1 | I(q)

1afv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (4)

HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ANTIBODY FAB25.3 FRAGMENT (HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1afv__assembly_1__model_1

1afv__assembly_1__model_1 | I(q)

1afv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (4)