1azt

GS-ALPHA COMPLEXED WITH GTP-GAMMA-S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GS-ALPHA

Bos taurus

UniProt P04896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 链 B; UniProt 1–394 突变:C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG, NOT PALMITOYLATED AT AMINO TERMINUS MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 16 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION CONSISTING OF 90-100% SATURATED KH2PO4 OR NAH2PO4 (UNBUFFERED)., pH 4.5, vapor diffusion - hanging drop 分辨率 2.30 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394 作者链 B; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1azt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1azt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1azt
沉积日期 deposition_date1997-11-20
结构标题 titleGS-ALPHA COMPLEXED WITH GTP-GAMMA-S
关键词 keywordsHYDROLASE, SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN, GTP-BINDING PROTEIN; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.17
零角强度 I(0) i0116910000.00
分子量 molecular_weight81514.0 kDa
排除体积 excluded_volume100120 ų
包络体积 envelope_volume127530 ų
水化壳体积 shell_volume36426 ų
包络直径 envelope_diameter117.0
壳层 Rg shell_rg35.96
包络 Rg envelope_rg30.41
形状 Rg shape_rg30.23
总 Rg total_rg30.48
总原子数 total_atoms5706
残基数 n_residues675
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.5
Rg (实空间) rg_real30.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real1.1690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal116900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8303
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.7
偏度 Skewness skewness0.599
峰度 Kurtosis kurtosis0.127
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37180000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.659; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.931

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1azta1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.66 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
超家族 Superfamily superfamilya.66.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
家族 Family familya.66.1.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
结构域编号 domain_idd1azta2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1aztb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.66 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
超家族 Superfamily superfamilya.66.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
家族 Family familya.66.1.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
结构域编号 domain_idd1aztb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1aztA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1aztA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like
结构域编号 domain_id1aztB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1aztB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)