1fqj

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETEROTRIMERIC COMPLEX OF THE RGS DOMAIN OF RGS9, THE GAMMA SUBUNIT OF PHOSPHODIESTERASE AND THE GT/I1 CHIMERA ALPHA SUBUNIT [(RGS9)-(PDEGAMMA)-(GT/I1ALPHA)-(GDP)-(ALF4-)-(MG2+)]

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ;

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Regulator of G-protein signaling 9 × 1 （O46469） ;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 1 （P04972） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Regulator of G-protein signaling 9 × 1 （O46469） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GNAT1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–190； UniProt 26–215 作者链 A； PDB构建体 270–325； UniProt 295–350 作者链 D； PDB构建体 1–190； UniProt 26–215 作者链 D； PDB构建体 270–325； UniProt 295–350

;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ;

Bos taurus

UniProt P10824

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Regulator of G-protein signaling 9 × 1 （O46469） ;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 1 （P04972） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Regulator of G-protein signaling 9 × 1 （O46469） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GNAI1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 191–269； UniProt 220–298 作者链 D； PDB构建体 191–269； UniProt 220–298

Regulator of G-protein signaling 9

Bos taurus

UniProt O46469

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ; × 1 （P04695,P10824） ;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 1 （P04972） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ; × 1 （P04695,P10824） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RGS9_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–147； UniProt 276–422 作者链 E； PDB构建体 1–147； UniProt 276–422

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

Bos taurus

UniProt P04972

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ; × 1 （P04695,P10824） Regulator of G-protein signaling 9 × 1 （O46469） MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CNRG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–42； UniProt 46–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fqj
沉积日期 deposition_date	2000-09-05
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETEROTRIMERIC COMPLEX OF THE RGS DOMAIN OF RGS9, THE GAMMA SUBUNIT OF PHOSPHODIESTERASE AND THE GT/I1 CHIMERA ALPHA SUBUNIT [(RGS9)-(PDEGAMMA)-(GT/I1ALPHA)-(GDP)-(ALF4-)-(MG2+)]
关键词 keywords	RGS9, transducin, effector, PDEgamma, G Protein, Phototransduction, rod, RGS, phosphodiesterase, GAP, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1fqj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1fqj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1fqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.22 Å
Rg（电子密度）	23.18 Å
总 Rg	24.07 Å
原子数	3997
残基数	488
排除体积	71381 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1fqj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1fqj__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ;
分子量 formula_weight	37361.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8107

DARTVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHQDGYSLEECLEFIAIIYGNTLQSILAIVRAMTTLNIQYGDSARQDDARKLMHMADTIEEGTMPKEMSDIIQRLWKDSGIQACFDRASEYQLNDSAGYYLSDLERLVTPGYVPTEQDVLRSRVKTTGIIETQFSFKDLNFRMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAGNYIKVQFLELNMRRDVKEIYSHMTCATDTQNVKFVFDAVTDIIIKENLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulator of G-protein signaling 9
分子量 formula_weight	17419.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QFWDLNAKLVDIPTKMRVERWAFNFSELIRDPKGRQSFQHFLRKEFSGENLGFWEACEDLKYGDQSKVKEKAEEIYKLFLAPGARRWINIDGKTMDITVKGLKHPHRYVLDAAQTHIYMLMKKDSYARYLKSPIYKEMLAKAIEPQG

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;
分子量 formula_weight	4559.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GVQGFGDDIPGMEGLGTDITVICPWEAFNHLELHELAQYGII

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	356

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1fqja1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.66 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
超家族 Superfamily superfamily	a.66.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
家族 Family family	a.66.1.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain

结构域编号 domain_id	d1fqja2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1fqjb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamily	a.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family family	a.91.1.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS

结构域编号 domain_id	d1fqjc_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.51 — cAMP and cGMP phosphodiesterase (PDE) fragments
超家族 Superfamily superfamily	j.51.1 — cAMP and cGMP phosphodiesterase (PDE) fragments
家族 Family family	j.51.1.1 — cAMP and cGMP phosphodiesterase (PDE) fragments

结构域编号 domain_id	d1fqjd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.66 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
超家族 Superfamily superfamily	a.66.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
家族 Family family	a.66.1.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain

结构域编号 domain_id	d1fqjd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1fqje_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.91 — Regulator of G-protein signaling, RGS
超家族 Superfamily superfamily	a.91.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS
家族 Family family	a.91.1.1 — Regulator of G-protein signaling, RGS

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1fqjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1fqjA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GI Alpha 1, domain 2-like

结构域编号 domain_id	1fqjB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	196 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1fqjB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2

结构域编号 domain_id	1fqjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1fqjD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GI Alpha 1, domain 2-like

结构域编号 domain_id	1fqjE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	196 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1fqjE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2

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晶胞边长 a length_a	91.609 Å
晶胞边长 b length_b	115.937 Å
晶胞边长 c length_c	134.188 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2650

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETEROTRIMERIC COMPLEX OF THE RGS DOMAIN OF RGS9, THE GAMMA SUBUNIT OF PHOSPHODIESTERASE AND THE GT/I1 CHIMERA ALPHA SUBUNIT [(RGS9)-(PDEGAMMA)-(GT/I1ALPHA)-(GDP)-(ALF4-)-(MG2+)]

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulator of G-protein signaling 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fqj__assembly_1__model_1

1fqj__assembly_1__model_1 | I(q)

1fqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)