SAXSdb — 1h8i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIRUDIN I × 1 （P01050） N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–148； UniProt 364–511 作者链 H； PDB构建体 149–253； UniProt 518–622 作者链 L； PDB构建体 1–27； UniProt 334–360

HIRUDIN I

物种未注明

UniProt P01050

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	THROMBIN × 1 （P00734） THROMBIN × 1 （P00734） N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITH1_HIRME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–10； UniProt 55–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h8i
沉积日期 deposition_date	2001-02-08
结构标题 title	X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor.
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h8i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h8i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.11 Å
Rg（电子密度）	17.90 Å
总 Rg	18.89 Å
原子数	2412
残基数	289
排除体积	42964 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h8i__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	THROMBIN
分子量 formula_weight	29208.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	2777

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIRUDIN I
分子量 formula_weight	1363.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DFEEIPEEYL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	THROMBIN
分子量 formula_weight	3188.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide
分子量 formula_weight	637.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	365

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1h8i.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1h8iH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1h8iH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	70.393 Å
晶胞边长 b length_b	71.301 Å
晶胞边长 c length_c	72.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2350

X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HIRUDIN I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h8i__assembly_1__model_1

1h8i__assembly_1__model_1 | I(q)

1h8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HIRUDIN I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h8i__assembly_1__model_1

1h8i__assembly_1__model_1 | I(q)

1h8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)