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1h8i

X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

物种未注明

UniProt P00734

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 364–511 链 H； UniProt 518–622 链 L； UniProt 334–360 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN HIRUDIN I × 1 （P01050） PHV N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；PH 7.20 分辨率 1.75 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1H8I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A2C Structure of thrombin inhibited by AERUGINOSIN298-A from a BLUE-GREEN ALGA 提交 1997-12-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.10 Å
1A3B COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN WITH THE BIFUNCTIONAL BORONATE INHIBITOR BOROLOG1 提交 1998-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 T29 TRI166 (BIFUNCTIONAL BORONATE INHIBITOR) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.15；20% PEG 8000, 0.05 M SODIUM PHOSPHATE, PH 7.15
分辨率 1.80 Å R-free 0.230
1A3E COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN WITH THE BIFUNCTIONAL BORONATE INHIBITOR BOROLOG2 提交 1998-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 T16 BOROLOG2 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.15；20% PEG 8000, 0.05M SODIUM PHOSPHATE, PH 7.15
分辨率 1.85 Å R-free 0.220
1A46 THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND A BETA-STRAND MIMETIC INHIBITOR 提交 1998-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 00K (1S,7S)-7-amino-N-[(2R,3S)-7-amino-1-(cyclohexylamino)-2-hydroxy-1-oxoheptan-3-yl]-7-benzyl-8-oxohexahydro-1H-pyrazolo[1,2-a]pyridazine-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop and macroseeding；pH 7.3；0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.3, 27-28 % PEG 8000, HANGING DROPS AND MACROSEEDING; THEN SOAKED IN PEG-PHOSPHATE-0.1 M NACL, AND THE MOL 106 INHIBITOR WAS ADDED IN 3 STEPS WITH FINAL CONC. 7.3 MM, vapor diffusion - hanging drop and macroseeding
分辨率 2.12 Å
1A4W CRYSTAL STRUCTURES OF THROMBIN WITH THIAZOLE-CONTAINING INHIBITORS: PROBES OF THE S1' BINDING SITE 提交 1998-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 QWE amino{[(4S)-4-({[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonyl}amino)-5-oxo-5-{(2R)-2-[3-oxo-3-(1,3-thiazol-2-yl)propyl]pip eridin-1-yl}pentyl]amino}methaniminium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop and macroseeding；pH 7.3；0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.3, 27-28% PEG 8000; HANGING DROPS WITH MACROSEEDING, vapor diffusion - hanging drop and macroseeding
分辨率 1.80 Å
1A5G HUMAN THROMBIN COMPLEXED WITH NOVEL SYNTHETIC PEPTIDE MIMETIC INHIBITOR AND HIRUGEN 提交 1998-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 00L (1S,7S)-7-amino-7-benzyl-N-[(1S)-4-carbamimidamido-1-{(1S)-1-hydroxy-2-oxo-2-[(2-phenylethyl)amino]ethyl}butyl]-8-oxohexahydro-1H-pyrazolo[1,2-a]pyridazine-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 8000, 75 MM NAPO4, PH 7.3, 187 MM NACL, 1 MM NAN3; THEN SOAKED IN 7 MM INHIBITOR.
分辨率 2.06 Å
1A61 THROMBIN COMPLEXED WITH A BETA-MIMETIC THIAZOLE-CONTAINING INHIBITOR 提交 1998-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 00N (1S,7S)-7-amino-7-benzyl-N-{(1S)-4-carbamimidamido-1-[(S)-hydroxy(1,3-thiazol-2-yl)methyl]butyl}-8-oxohexahydro-1H-pyra zolo[1,2-a]pyridazine-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop and macroseeding；pH 7.3；THROMBIN-HIRUGEN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.3, 28% PEG 8000 IN HANGING DROPS WITH MACROSEEDING. THE MOL 127 INHIBITOR WAS ADDED BY SOAKING., vapor diffusion - hanging drop and macroseeding
分辨率 2.20 Å
1ABI STRUCTURE OF THE HIRULOG 3-THROMBIN COMPLEX AND NATURE OF THE S' SUBSITES OF SUBSTRATES AND INHIBITORS 提交 1992-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1ABJ STRUCTURE OF THE HIRULOG 3-THROMBIN COMPLEX AND NATURE OF THE S' SUBSITES OF SUBSTRATES AND INHIBITORS 提交 1992-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1AD8 COMPLEX OF THROMBIN WITH AND INHIBITOR CONTAINING A NOVEL P1 MOIETY 提交 1997-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 MDL [DEHYDROXY-N-METHYL-TYROSYL-PROLINYL]-[4,4,5,5,5-PENTAFLUORO-3-OXY-1-[3-INDOLYL]-PENT-2-YL]AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；A DROP WITH 1.62 MG/ML PROTEIN, 0.375 M NACL, 0.09 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), 0.5 MM AZIDE, 4.9 MM INHIBITOR AND 15% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AGAINST 30% (W/V)PEG8000 IN 0.08 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), USING A HANGING DROP SETUP., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å
1AE8 HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY EOC-D-PHE-PRO-AZALYS-ONP 提交 1997-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 AZL 1-ETHOXYCARBONYL-D-PHE-PRO-2(4-AMINOBUTYL)HYDRAZINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；PEG 4000 15%, PH 7.0, 5X10-3 M AZALYS-DERIVATIVE, 277 K.
分辨率 2.00 Å
1AFE HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY CBZ-PRO-AZALYS-ONP 提交 1997-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ALZ 2-[N'-(4-AMINO-BUTYL)-HYDRAZINOCARBONYL]-PYRROLIDINE-1-CARBOXYLIC ACID BENZYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PEG 4000 15%, PH 7.0, 5X10-3 M AZALYS COMPOUND
分辨率 2.00 Å
1AHT CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND P-AMIDINOPHENYLPYRUVATE AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 APA (2S)-3-(4-carbamimidoylphenyl)-2-hydroxypropanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1AI8 HUMAN ALPHA-THROMBIN TERNARY COMPLEX WITH THE EXOSITE INHIBITOR HIRUGEN AND ACTIVE SITE INHIBITOR PHCH2OCO-D-DPA-PRO-BOROMPG 提交 1997-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 T42 MORPHOLINO-DIPHENYLALANINE-METHOXYPROPYLBORONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；277 K；PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8000 0.05 SODIUM PHOSPHATE, PH 7.2, TEMPERATURE 277 K.
分辨率 1.85 Å R-free 0.240
1AIX HUMAN ALPHA-THROMBIN TERNARY COMPLEX WITH EXOSITE INHIBITOR HIRUGEN AND ACTIVE SITE INHIBITOR PHCH2OCO-D-DPA-PRO-BOROVAL 提交 1997-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 T19 PHENYLMETHYLENECARBOXY-(METHYLENEAMINO-FORMYL-DIPHENYLMETHYL)METHY-PRO-BOROVAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8000, 0.05M SODIUM PHOSPHATE, PH 7.2, TEMPERATURE 4 DEGREES CELSIUS, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
1AWF NOVEL COVALENT THROMBIN INHIBITOR FROM PLANT EXTRACT 提交 1997-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 GR4 R3-ACETOXY-17-(1-FORMYL-5-METHYL-3-OXO-HEX-4-ENYL)-12,16-DIHYDROXY-14-HYDROXYMETHYL-4,10,13-TRIMETHYL-2,3,4,5,6,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYCLOPENTA[A]PHENANTHRENE-4-CARBOXYLIC ACID IDOPYRANOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. THE SOLUTION CONTAINED 25%DMSO. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
分辨率 2.20 Å
1AWH NOVEL COVALENT THROMBIN INHIBITOR FROM PLANT EXTRACT 提交 1997-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 GR3 3-ACETOXY-17-(1-FORMYL-5-METHYL-3-OXO-HEX-4-ENYL)-16-HYDROXY-4,10,13,14-TETRAMETHYL-2,3,4,5,6,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYCLOPENTA[A]PHENANTHRENE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4；14% PEG4K, 100MM NA ACETATE, PH 4.0.
分辨率 3.00 Å
1AWH NOVEL COVALENT THROMBIN INHIBITOR FROM PLANT EXTRACT 提交 1997-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 GR3 3-ACETOXY-17-(1-FORMYL-5-METHYL-3-OXO-HEX-4-ENYL)-16-HYDROXY-4,10,13,14-TETRAMETHYL-2,3,4,5,6,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYCLOPENTA[A]PHENANTHRENE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4；14% PEG4K, 100MM NA ACETATE, PH 4.0.
分辨率 3.00 Å
1AY6 THROMBIN INHIBITOR FROM THEONALLA, CYCLOTHEANAMIDE-BASED MACROCYCLIC TRIPEPTIDE MOTIF 提交 1997-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 1ZV amino({3-[(3R,5R,14S,16S,21aR)-5,14-dihydroxy-1,4,17-trioxo-16-(2-phenylethyl)icosahydro-1H-pyrrolo[1,2-d][1,4,7,11]tetraazacyclononadecin-3-yl]propyl}amino)methaniminium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD. PHOSPHATE BUFFER PH 7.5. MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS
分辨率 1.80 Å
1B5G HUMAN THROMBIN COMPLEXED WITH NOVEL SYNTHETIC PEPTIDE MIMETIC INHIBITOR AND HIRUGEN 提交 1998-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0ZE [[[(4S,5S)-4-[[(3S,6S,8aR)-6-azanyl-5-oxo-6-(phenylmethyl)-1,2,3,7,8,8a-hexahydroindolizin-3-yl]carbonylamino]-5-(1,3-b enzothiazol-2-yl)-5-hydroxy-pentyl]amino]-azanyl-methylidene]azanium × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 8000, 75 MM NAPO4, PH 7.3, 187 MM NACL, 1 MM NAN3; THEN SOAKED IN 7 MM INHIBITOR.
分辨率 2.07 Å
1B7X STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN Y225I MUTANT BOUND TO D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE 提交 1999-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：Y225I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.282
1BA8 THROMBIN INHIBITOR WITH A RIGID TRIPEPTIDYL ALDEHYDES 提交 1998-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 0IT amino({(4S)-4-[({(3S)-3-[(benzylsulfonyl)amino]-2-oxopiperidin-1-yl}acetyl)amino]-5-oxopentyl}amino)methaniminium × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å
1BB0 THROMBIN INHIBITORS WITH RIGID TRIPEPTIDYL ALDEHYDES 提交 1998-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 0IV 2-{(3S)-3-[(benzylsulfonyl)amino]-2-oxopiperidin-1-yl}-N-{(2S)-1-[(3R)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]-3-oxopropan-2-yl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å
1BCU ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND PROFLAVIN 提交 1998-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 PRL PROFLAVIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1BHX X-RAY STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HUMAN ALPHA THROMBIN WITH THE INHIBITOR SDZ 229-357 提交 1998-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 331–360（30 aa）
链 B 364–510（147 aa）
链 F 518–622（105 aa）
未记录 R56 5-OXO-6-PHENYLMETHANESULFONYLAMINO-HEXAHYDRO-THIAZOLO[3,2-A]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID (3-GUANIDINO-PROPYL)-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.3
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
1BMM HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH [S-(R*,R*)]-4-[(AMINOIMINOMETHYL)AMINO]-N-[[1-[3-HYDROXY-2-[(2-NAPHTHALENYLSULFONYL)AMINO]-1-OXOPROPYL]-2-PYRROLIDINYL] METHYL]BUTANAMIDE (BMS-186282) 提交 1995-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 BM2 S-(R*,R*)]-4-[AMINOIMINOMETHYL)AMINO]-N-[[1-[3-HYDROXY -2-[(2-NAPHTHALENYLSULFONYL)AMINO]-1-OXOPROPYL]-2-PYRROLIDINYL] METHYL]BUTANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BMN HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH [S-(R*,R*)]-1-(AMINOIMINOMETHYL)-N-[[1-[N-[(2-NAPHTHALENYLSULFONYL)-L-SERYL]-PYRROLIDINYL]METHYL]-3-PIPERIDENECARBOXAMIDE (BMS-189090) 提交 1995-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 BM9 [S-(R*,R*)]-1-(AMINOIMINOMETHYL)-N-[[1-[N-[(2-NAPHTHALENYLSULFONYL)-L-SERYL]-3-PYRROLIDINYL]METHYL]-3-PIPERIDENECARBOXA MIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1BTH STRUCTURE OF THROMBIN COMPLEXED WITH BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR 提交 1996-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
突变：E192Q 突变：E192Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.271
1BTH STRUCTURE OF THROMBIN COMPLEXED WITH BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR 提交 1996-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 328–363（36 aa）
链 K 364–622（259 aa）
突变：E192Q 突变：E192Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.271
1C1U RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES 提交 1999-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BAI (5-AMIDINO-2-BENZIMIDAZOLYL)(2-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.2；THROMBIN WAS PURCHASED FROM HAEMATOLOGIC TECHNOLOGIES, INC. AND ACETYL-HIRUDIN FROM BACHEM. THROMBIN WAS PREPARED AS DESCRIBED (SKRZPCZAK-JANKUN ET AL., 1991) .THROMBIN (1.0 MG/ML IN 50 MM HEPES, 50 % GLYCEROL, PH 7.0) WAS INCUBATED WITH 1.0 MM ACETYL-HIRUDIN, 1.0 MM HEMI-BABIM, 1.0 MM ZN+2 FOR 1 HR AT 4 DEG C. GLYCEROL WAS REMOVED AND THE COMPLEX CONCENTRATED WITH A CENTRICON 10 ( AMICON) TO 8.6 MG/ML AS DETERMINED BY THE BIORAD PROTEIN ASSAY KIT USING BOVINE SERUM ALBUMIN. CRYSTALS OF THROMBIN-ACETYL-HIRUDIN-HEMI-BABIM-ZN+2 WERE GROWN IN HANGING DROPS BY VAPOR DIFFUSION AFTER STREAK SEEDING. THE DROPS WERE MADE FROM 5 MICROLITERS OF COMPLEX AND 5 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION ( 0.10 M TRIS,0.50 M NACL, 22 % (BY VOLUME) PEG 4K, PH 8.20).
分辨率 1.75 Å R-free 0.235
1C1V RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES 提交 1999-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 BAB BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THROMBIN WAS PURCHASED FROM HAEMATOLOGIC TECHNOLOGIES, INC. AND ACETYL-HIRUDIN FROM BACHEM. THROMBIN WAS PREPARED AS DESCRIBED (SKRZPCZAK-JANKUN ET AL., 1991) .THROMBIN (1.0 MG/ML IN 50 MM HEPES, 50 % GLYCEROL, PH 7.0) WAS INCUBATED WITH 1.0 MM ACETYL-HIRUDIN, 1.0 MM BABIM, 1.0 MM ZN+2 FOR 1 HR AT 4 DEG C. GLYCEROL WAS REMOVED AND THE COMPLEX CONCENTRATED WITH A CENTRICON 10 (AMICON) TO 8.6 MG/ML AS DETERMINED BY THE BIORAD PROTEIN ASSAY KIT USING BOVINE SERUM ALBUMIN. CRYSTALS OF THROMBIN-ACETYL-HIRUDIN-BABIM-ZN+2 WERE GROWN IN HANGING DROPS BY VAPOR DIFFUSION AFTER STREAK SEEDING. THE DROPS WERE MADE FROM 5 MICROLITERS OF COMPLEX AND 5 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION (0.10 M TRIS, 0.50 M NACL, 22 % (BY VOLUME) PEG 4K, PH 7.00). A CO-CRYSTAL WAS SOAKED IN 30 % PEG 4K,0.50 M NACL, 0.10 M TRIS, 46 MM ZN+2, PH 7.00, SATURATED IN BABIM AND CONTAINING 2 % DMSO.
分辨率 1.98 Å R-free 0.248
1C1W RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES 提交 1999-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 NA SODIUM ION × 1 BAH BIS(5-AMIDINO-2-BENZIMIDAZOLYL)METHANE KETONE HYDRATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；THROMBIN WAS PURCHASED FROM HAEMATOLOGIC TECHNOLOGIES, INC. AND ACETYL-HIRUDIN FROM BACHEM. THROMBIN WAS PREPARED AS DESCRIBED (SKRZPCZAK-JANKUN ET AL., 1991) .THROMBIN (1.0 MG/ML IN 50 MM HEPES, 50 % GLYCEROL, PH 7.0) WAS INCUBATED WITH 1.0 MM ACETYL-HIRUDIN, 1.0 MM BABIM, 1.0 MM ZN+2 FOR 1 HR AT 4 DEG C. GLYCEROL WAS REMOVED AND THE COMPLEX CONCENTRATED WITH A CENTRICON 10 (AMICON) TO 8.6 MG/ML AS DETERMINED BY THE BIORAD PROTEIN ASSAY KIT USING BOVINE SERUM ALBUMIN. CRYSTALS OF THROMBIN-ACETYL-HIRUDIN-BABIM-ZN+2 WERE GROWN IN HANGING DROPS BY VAPOR DIFFUSION AFTER STREAK SEEDING. THE DROPS WERE MADE FROM 5 MICROLITERS OF COMPLEX AND 5 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION (0.10 M TRIS, 0.50 M NACL, 22 % (BY VOLUME) PEG 4K, PH 7.00). A CO-CRYSTAL WAS SOAKED IN 30 % PEG 4K,0.50 M NACL, 0.10 M TRIS, 0.4 MM ZN+2, PH 9.00, SATURATED IN KETO- BABIM AND CONTAINING 2 % DMSO.
分辨率 1.90 Å R-free 0.242
1C4U SELECTIVE NON ELECTROPHILIC THROMBIN INHIBITORS WITH CYCLOHEXYL MOIETIES. 提交 1999-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 1 328–363（36 aa）
链 2 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 IH1 2-[2-(4-BROMO-BENZENESULFONYL)-ETHYL]-1-3-DIOXO-2,3,5,8-TETRAHYDRO-1H-[1,2,4]TRIAZOLO[1,2-A]PYRIDAZINE-5-CARBOXYLIC ACID(4-CARBAMIMIDOYL-CYCLOHEXYLMETHYL)-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å
1C4V SELECTIVE NON ELECTROPHILIC THROMBIN INHIBITORS WITH CYCLOHEXYL MOIETIES. 提交 1999-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 1 328–363（36 aa）
链 2 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 IH2 2-(2,2-DIPHENYL-ETHYL)-7-METHYL-1,3-DIOXO-2,3,5,8-TETRAHYDRO-1H-[1,2,4]TRIAZOLO [1,2-A]PYRIDAZINE-5-CARBOXYLIC ACID(4-CARBAMIMIDOYL-CYCLOHEXYLMETHYL)-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å
1C4Y SELECTIVE NON-ELECTROPHILIC THROMBIN INHIBITORS 提交 1999-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 1 328–363（36 aa）
链 2 364–622（259 aa）
未记录 IH3 2-(2,2-DIPHENYL-ETHYL)-7-METHYL-1,3-DIOXO-2,3,5,8-TETRAHYDRO-1H-[1,2,4] TRIAZOLO[1,2-A]PYRIDAZINE-5-CARBOXYLIC ACID [4-(2-AMINO-3H-IMIDAZOL-4-YL)-CYCLOHEXYL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.70 Å
1C5L STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；Thrombin was purchased from Haematologic Technologies, Inc. and acetyl-hirudin from Bachem. Thrombin was prepared as described (Skrzpczak-Jankun et al., 1991). Thrombin (1.0 mg/ml in 50 mM HEPES, 50 % glycerol, pH 7.0) was incubated with 1.0 mM acetyl-hirudin for 1 hr at 4 deg C. Glycerol was removed and the complex concentrated with a centricon 10 (Amicon) to about 10 mg/ml as determined by the Biorad protein assay kit using bovine serum albumin. Crystals of thrombin-acetyl-hirudin were grown in hanging drops by vapor diffusion after streak seeding. The drops were made from 5 microliters of complex and 5 microliters of reservoir solution (0.10 M Tris, 0.50 M NaCl, 22 % (by volume) PEG 4K, pH 8.20)., VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.47 Å R-free 0.236
1C5N STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；Thrombin was purchased from Haematologic Technologies, Inc. and acetyl-hirudin from Bachem. Thrombin was prepared as described (Skrzpczak-Jankun et al., 1991). Thrombin (1.0 mg/ml in 50 mM HEPES, 50 % glycerol, pH 7.0) was incubated with 1.0 mM acetyl-hirudin, 10 mM 4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine for 1 hr at 4 deg C. Glycerol was removed andthe complex concentrated with a centricon 10 (Amicon) to about 10 mg/ml as determined by the Biorad protein assay kit using bovine serum albumin. Crystals of thrombin-acetyl-hirudin-4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine were grown in hanging drops by vapor diffusion after streak seeding. The drops were made from 5 microliters of complex and 5 microliters of reservoir solution (0.10 M Tris,0.50 M NaCl, 22 % (by volume) PEG 4K, pH 7.5)., VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.50 Å R-free 0.246
1C5O STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；Thrombin was purchased from Haematologic Technologies, Inc. and acetyl-hirudin from Bachem. Thrombin was prepared as described (Skrzpczak-Jankun et al., 1991). Thrombin (1.0 mg/ml in 50 mM HEPES, 50 % glycerol, pH 7.0) was incubated with 1.0 mM acetyl-hirudin, 10 mM benzamidine for 1 hr at 4 deg C. Glycerol was removed and the complex concentrated with a centricon 10 (Amicon) to about 10 mg/ml as determined by the Biorad protein assay kit using bovine serum albumin. Crystals of thrombin-acetyl-hirudin-benzmaidine were grown in hanging drops by vapor diffusion after streak seeding. The drops were made from 5 microliters of complex and 5 microliters of reservoir solution (0.10 M Tris, 0.50 M NaCl, 22 % (by volume) PEG 4K, pH 7.5)., VAPOR DIFFUSION
分辨率 1.90 Å R-free 0.262
1CA8 Thrombin inhibitors with rigid tripeptidyl aldehydes 提交 1998-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：Peptidase S1 domain
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 0KV 2-{(3S)-3-[(benzylsulfonyl)amino]-2-oxopiperidin-1-yl}-N-{(2S)-1-[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]-3-oxopropan-2-yl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD, PHOSPHATE BUFFER PH 7.5, MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS
分辨率 2.10 Å
1CGL Structure of the catalytic domain of fibroblast collagenase complexed with an inhibitor 提交 1993-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 0ED N-[(1S)-3-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-1-carboxypropyl]-L-leucyl-N-(2-morpholin-4-ylethyl)-L-phenylalaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1CGL Structure of the catalytic domain of fibroblast collagenase complexed with an inhibitor 提交 1993-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 101–269（169 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 0ED N-[(1S)-3-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-1-carboxypropyl]-L-leucyl-N-(2-morpholin-4-ylethyl)-L-phenylalaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1D3D CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZOTHIOPHENE INHIBITOR 4 提交 1999-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 333–360（28 aa）
链 B 364–620（257 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BZT 3-(3-BROMO-4-PYRROLIDIN-1-YLMETHYL-BENZYL)-2-[4-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-BENZO[B]THIOPHEN-6-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG 3400, 100MM SODIUM CITRATE, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.04 Å R-free 0.223
1D3P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN APLHA-THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 3 提交 1999-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT3 3-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-BENZYL]-2-4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL] -BENZO[B]THIOPHEN-6-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG3400; 100mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.214
1D3Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 2 提交 1999-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT2 3-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-BENZYL]-2-4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL] -BENZO[B]THIOPHENE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG3400; 100 mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.228
1D3T CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 1 提交 1999-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT1 {2-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-BENZO[B]THIOPHEN-3-YL}-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-METHANONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG 3400; 100 mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.235
1D4P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH 5-AMIDINOINDOLE-4-BENZYLPIPERIDINE INHIBITOR 提交 1999-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BPP 2-(4-benzylpiperidine-1-carbonyl)-1H-indole-5-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；30% PEG 4000, 150 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.07 Å R-free 0.231
1D6W STRUCTURE OF THROMBIN COMPLEXED WITH SELECTIVE NON-ELECTROPHILIC INHIBITORS HAVING CYCLOHEXYL MOIETIES AT P1 提交 1999-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–620（287 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 00R (5S)-N-[trans-4-(2-amino-1H-imidazol-5-yl)cyclohexyl]-1,3-dioxo-2-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；24% PEG 8000, 0.1M Sodium Phosphate buffer, Protein concentration: 3.5 mg/ml, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å
1D9I STRUCTURE OF THROMBIN COMPLEXED WITH SELECTIVE NON-ELECTOPHILIC INHIBITORS HAVING CYCLOHEXYL MOIETIES AT P1 提交 1999-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–621（288 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 00P (5S)-N-[(trans-4-aminocyclohexyl)methyl]-1,3-dioxo-2-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；24% PEG 8000 in 0.1M Sodium Phosphate Buffer, protein concentration: 3.5 mg/ml, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å
1DE7 INTERACTION OF FACTOR XIII ACTIVATION PEPTIDE WITH ALPHA-THROMBIN: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX 提交 1999-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；PEG8000, SODIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, pH 5.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
1DE7 INTERACTION OF FACTOR XIII ACTIVATION PEPTIDE WITH ALPHA-THROMBIN: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX 提交 1999-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 328–363（36 aa）
链 K 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；PEG8000, SODIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, pH 5.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
1DIT COMPLEX OF A DIVALENT INHIBITOR WITH THROMBIN 提交 1995-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1DM4 SER195ALA MUTANT OF HUMAN THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A (7-16) 提交 1999-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–362（35 aa）
链 B 363–622（260 aa）
突变：S195A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4M SODIUM CITRATE, 1-2% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES BUFFER, pH 7.50
分辨率 2.50 Å
1DM4 SER195ALA MUTANT OF HUMAN THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A (7-16) 提交 1999-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 328–362（35 aa）
链 B 363–622（260 aa）
突变：S195A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4M SODIUM CITRATE, 1-2% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES BUFFER, pH 7.50
分辨率 2.50 Å
1DOJ Crystal structure of human alpha-thrombin*RWJ-51438 complex at 1.7 A 提交 1999-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–622（295 aa）
未记录 1Z0 N-methyl-D-phenylalanyl-N-{(1S)-4-carbamimidamido-1-[(6-carboxy-1,3-benzothiazol-2-yl)carbonyl]butyl}-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.75 sodium acetate, 0.01% (w/v), 20% polyethylene glycol 4000 (w/v), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.217
1DWB CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 3.0-ANGSTROMS RESOLUTION OF THE BINDING TO HUMAN THROMBIN OF FOUR ACTIVE SITE-DIRECTED INHIBITORS 提交 1992-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.16 Å
1DWC CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 3.0-ANGSTROMS RESOLUTION OF THE BINDING TO HUMAN THROMBIN OF FOUR ACTIVE SITE-DIRECTED INHIBITORS 提交 1992-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 MIT amino{[(4S)-5-[(2R,4R)-2-carboxy-4-methylpiperidin-1-yl]-4-({[(3R)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}amino)-5-oxopentyl]amino}methaniminium × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1DWD CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 3.0-ANGSTROMS RESOLUTION OF THE BINDING TO HUMAN THROMBIN OF FOUR ACTIVE SITE-DIRECTED INHIBITORS 提交 1992-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 MID 1-[N-(naphthalen-2-ylsulfonyl)glycyl-4-carbamimidoyl-D-phenylalanyl]piperidine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1DWE Crystallographic analysis at 3.0-Angstroms resolution of the binding to human thrombin of four active site-directed inhibitors 提交 1992-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
链 M 364–622（259 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 328–363（36 aa）
链 N 364–622（259 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 328–363（36 aa）
链 O 364–622（259 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 D 328–363（36 aa）
链 P 364–622（259 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1E0F Crystal structure of the human alpha-thrombin-haemadin complex: an exosite II-binding inhibitor 提交 2000-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 328–363（36 aa）
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa） 片段：NO
链 E 364–622（259 aa） 片段：NO
链 F 364–622（259 aa） 片段：NO
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.56；VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP,0.1 M NA CITRATE PH 5.56 14% (W/V) PEG4000, 12.5% (V/V) ISOPROPANOL
分辨率 3.10 Å R-free 0.255
1EB1 Complex structure of human thrombin with N-methyl-arginine inhibitor 提交 2001-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 364-620
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.00
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
1EOJ Design of P1' and P3' residues of trivalent thrombin inhibitors and their crystal structures 提交 2000-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 332–620（289 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；PEG 4000, Potassium sulfate, citric acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
1EOL Design of P1' and P3' residues of trivalent thrombin inhibitors and their crystal structures 提交 2000-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 332–620（289 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；PEG 4000, Potassium sulfate, citric acid pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1FPC ACTIVE SITE MIMETIC INHIBITION OF THROMBIN 提交 1994-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0ZI amino{[(4S)-4-({[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonyl}amino)-5-(4-ethylpiperidin-1-yl)-5-oxopentyl]amino}methaniminium × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1FPH THE INTERACTION OF THROMBIN WITH FIBRINOGEN: A STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1G30 THROMBIN INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 T87 [(1-{2[(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYLAMINO)-METHYL]-1-METHYL-1H-BENZOIMIDAZOL-5-YL}-CYCLOPROPYL)-PYRIDIN-2-YL-METHYLENEAMINOOXY]-ACETIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.264
1G32 THROMBIN INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 R11 4-{[1-METHYL-5-(2-METHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL]-AMINO}-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.289
1G37 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH BCH-10556 AND EXOSITE-DIRECTED PEPTIDE 提交 2000-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–620（287 aa）
未记录 110 3-(4-AMINO-CYCLOHEXYL)-2-HYDROXY-3-[(4-OXO-2-PHENYLMETHANESULFONYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-PYRROLO[1,2-A]PYRAZINE-6-CARBONYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID BUTYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 296K, temperature 296.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1GHV A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 120 2-(2-OXO-1,2-DIHYDRO-PYRIDIN-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；298 K；PEG 4000, NaCl, pH 7.8, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.235
1GHW A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 BMZ 2-(2-HYDROXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 4000, NaCl, pH 7.3, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.234
1GHX A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BMZ 2-(2-HYDROXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 4000, NaCl (soak at pH 8.2), pH 7.3, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.255
1GHY A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 ZN ZINC ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 121 2-(3-HYDROXY-PYRIDIN-2-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；298 K；PEG 4000, NaCl, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.220
1GHY A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 ZN ZINC ION × 6 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 121 2-(3-HYDROXY-PYRIDIN-2-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；298 K；PEG 4000, NaCl, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.220
1GJ4 SELECTIVITY AT S1, H2O DISPLACEMENT, UPA, TPA, SER190/ALA190 PROTEASE, STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 132 6-CHLORO-2-(2-HYDROXY-BIPHENYL-3-YL)-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；298 K；PEG 4000, NaCl (soak at pH 9.0), vapor diffusion at 298K, pH 7.8
分辨率 1.81 Å R-free 0.236
1GJ5 SELECTIVITY AT S1, H2O DISPLACEMENT, UPA, TPA, SER190/ALA190 PROTEASE, STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 2001-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 130 2-(2-HYDROXY-BIPHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 4000, NaCl (soak at pH 8.68), vapor diffusion at 298K, pH 7.3
分辨率 1.73 Å R-free 0.233
1H8D X-ray structure of the human alpha-thrombin complex with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–510（147 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
链 H 518–622（105 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
链 L 333–361（29 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
未记录 PHW N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-{(1S,3E)-1-[dihydroxy(diphenoxy)-lambda~5~-phosphanyl]-4-methoxybut-3-en-1-yl}-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；20% PEG 8K, 0.05MM NAHPO4, 0.1M NACL, PH 7.20
分辨率 1.40 Å R-free 0.220
1HAG THE ISOMORPHOUS STRUCTURES OF PRETHROMBIN2, HIRUGEN-AND PPACK-THROMBIN: CHANGES ACCOMPANYING ACTIVATION AND EXOSITE BINDING TO THROMBIN 提交 1994-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 328–622（295 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1HAH THE ISOMORPHOUS STRUCTURES OF PRETHROMBIN2, HIRUGEN-AND PPACK-THROMBIN: CHANGES ACCOMPANYING ACTIVATION AND EXOSITE BINDING TO THROMBIN 提交 1994-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1HAI THE ISOMORPHOUS STRUCTURES OF PRETHROMBIN2, HIRUGEN-AND PPACK-THROMBIN: CHANGES ACCOMPANYING ACTIVATION AND EXOSITE BINDING TO THROMBIN 提交 1994-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1HAO COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN WITH A 15MER OLIGONUCLEOTIDE GGTTGGTGTGGTTGG (BASED ON NMR MODEL OF DNA) 提交 1995-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1HAP COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN WITH A 15MER OLIGONUCLEOTIDE GGTTGGTGTGGTTGG (BASED ON X-RAY MODEL OF DNA) 提交 1995-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：residues 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：residues 328-363
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1HBT Human alpha-thrombin complexed with a peptidyl pyridinium methyl ketone containing bivalent inhibitor 提交 1995-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1HDT STRUCTURE OF A RETRO-BINDING PEPTIDE INHIBITOR COMPLEXED WITH HUMAN ALPHA-THROMBIN 提交 1994-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 331–363（33 aa）
未记录 0E7 methyl N-(4-carbamimidamidobutanoyl)-L-phenylalanyl-L-allothreonyl-L-phenylalaninate × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1HGT STRUCTURE OF THE HIRUGEN AND HIRULOG 1 COMPLEXES OF ALPHA-THROMBIN 提交 1991-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1HLT THE STRUCTURE OF A NONADECAPEPTIDE OF THE FIFTH EGF DOMAIN OF THROMBOMODULIN COMPLEXED WITH THROMBIN 提交 1994-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 364–622（259 aa）
链 J 334–360（27 aa）
链 K 364–622（259 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1HUT THE STRUCTURE OF ALPHA-THROMBIN INHIBITED BY A 15-MER SINGLE-STRANDED DNA APTAMER 提交 1993-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
未记录 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1HXE SERINE PROTEASE 提交 1995-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1HXF HUMAN THROMBIN COMPLEX WITH HIRUDIN VARIANT 提交 1996-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1IHS CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN AND NON-HYDROLYZABLE BIFUNCTIONAL INHIBITORS, HIRUTONIN-2 AND HIRUTONIN-6 提交 1993-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1IHT CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN AND NON-HYDROLYZABLE BIFUNCTIONAL INHIBITORS, HIRUTONIN-2 AND HIRUTONIN-6 提交 1993-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1JMO Crystal Structure of the Heparin Cofactor II-S195A Thrombin Complex 提交 2001-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 363–622（260 aa） 片段：heavy chain
链 L 315–362（48 aa） 片段：light chain
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；NH4Cl, PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1JOU Crystal Structure of Native S195A Thrombin with an Unoccupied Active Site 提交 2001-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–363（49 aa） 片段：Factor Xa cleavage product light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Factor Xa cleavage product heavy chain
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；ammonium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
1JOU Crystal Structure of Native S195A Thrombin with an Unoccupied Active Site 提交 2001-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 315–363（49 aa） 片段：Factor Xa cleavage product light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Factor Xa cleavage product heavy chain
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；ammonium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
1JOU Crystal Structure of Native S195A Thrombin with an Unoccupied Active Site 提交 2001-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 315–363（49 aa） 片段：Factor Xa cleavage product light chain
链 F 364–622（259 aa） 片段：Factor Xa cleavage product heavy chain
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；ammonium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
1JWT CRYSTAL STRUCTURE OF THROMBIN IN COMPLEX WITH A NOVEL BICYCLIC LACTAM INHIBITOR 提交 2001-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 328–622（295 aa） 片段：Residues 328-622
未记录 BLI 4-OXO-2-PHENYLMETHANESULFONYL-OCTAHYDRO-PYRROLO[1,2-A]PYRAZINE-6-CARBOXYLIC ACID [1-(N-HYDROXYCARBAMIMIDOYL)-PIPERIDIN-4-YLMETHYL]-AMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.301
1K21 HUMAN THROMBIN-INHIBITOR COMPLEX 提交 2001-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, Residues 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, Residues 323-363
未记录 NA SODIUM ION × 2 IGN {[(1R)-2-((2S)-2-{[(3-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}PROPYL)AMINO]CARBONYL}PIPERIDINYL)-1-(CYCLOHEXYLMETHYL)-2-OXOETHYL]AMINO}ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.86 Å R-free 0.256
1K22 HUMAN THROMBIN-INHIBITOR COMPLEX 提交 2001-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, Residues 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, Residues 323-363
未记录 NA SODIUM ION × 2 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.93 Å R-free 0.214
1KTS Thrombin Inhibitor Complex 提交 2002-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
未记录 C24 3-({2-[(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYLAMINO)-METHYL]-3-METHYL-3H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBONYL}-PYRIDIN-2-YL-AMINO)-PROPIONIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.309
1KTT Thrombin inhibitor complex 提交 2002-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
未记录 C02 4-(5-BENZENESULFONYLAMINO-1-METHYL-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL)-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1LHC HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH AC-(D)PHE-PRO-BOROARG-OH 提交 1994-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DP7 AC-(D)PHE-PRO-BOROARG-OH × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å
1LHD HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH AC-(D)PHE-PRO-BOROLYS-OH 提交 1994-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DI2 AC-(D)PHE-PRO-BOROLYS-OH × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.35 Å
1LHE HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH AC-(D)PHE-PRO-BORO-N-BUTYL-AMIDINO-GLYCINE-OH 提交 1994-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DI3 AC-(D)PHE-PRO-BORO-N-BUTYL-AMIDINO-GLYCINE-OH × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å
1LHF HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH AC-(D)PHE-PRO-BORO-HOMOLYS-OH 提交 1994-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DI4 AC-(D)PHE-PRO-BOROHOMOLYS-OH × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1LHG HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH AC-(D)PHE-PRO-BOROORNITHINE-OH 提交 1994-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DI5 AC-(D)PHE-PRO-BOROHOMOORNITHINE-OH × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å
1MH0 Crystal structure of the anticoagulant slow form of thrombin 提交 2002-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 334–620（287 aa）
突变：R77aA NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；PEG 2000-Monomethyl ether, Tris-Cl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1MH0 Crystal structure of the anticoagulant slow form of thrombin 提交 2002-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 334–620（287 aa）
突变：R77aA NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；PEG 2000-Monomethyl ether, Tris-Cl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1MU6 Crystal Structure of Thrombin in Complex with L-378,622 提交 2002-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
未记录 CDA 2-(6-CHLORO-3-{[2,2-DIFLUORO-2-(2-PYRIDINYL)ETHYL]AMINO}-2-OXO-1(2H)-PYRAZINYL)-N-[(2-FLUORO-6-PYRIDINYL)METHYL]ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295 K；pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.99 Å R-free 0.235
1MU8 thrombin-hirugen_l-378,650 提交 2002-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
未记录 CDB 2-(6-CHLORO-3-{[2,2-DIFLUORO-2-(2-PYRIDINYL)ETHYL]AMINO}-2-OXO-1(2H)-PYRAZINYL)-N-[(2-FLUORO-3-METHYL-6-PYRIDINYL)METHYL]ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295 K；pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å
1MUE Thrombin-Hirugen-L405,426 提交 2002-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
未记录 CDD 2-(6-CHLORO-3-{[2,2-DIFLUORO-2-(1-OXIDO-2-PYRIDINYL)ETHYL]AMINO}-2-OXO-1(2H)-PYRAZINYL)-N-[(2-FLUOROPHENYL)METHYL]ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å
1NM6 thrombin in complex with selective macrocyclic inhibitor at 1.8A 提交 2003-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa）
未记录 L86 (11S)-11-BENZYL-6-CHLORO-1,2,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19-DODECAHYDRO-5,9-METHANO-2,5,8,10,13,17-BENZOHEXAAZACYCLOHENI COSINE-3,24-DIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
1NO9 Design of weakly basic thrombin inhibitors incorporating novel P1 binding functions: molecular and X-ray crystallographic studies. 提交 2003-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Heavy Chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：Light Chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 4ND N4-(N,N-DIPHENYLCARBAMOYL)-AMINOGUANIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 4000, Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.204
1NRN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.10 Å
1NRO CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.10 Å
1NRP CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1NRQ CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1NRR Crystallographic structures of Thrombin complexed with Thrombin receptor peptides: Existence of expected and novel binding modes 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1NRS CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1NT1 thrombin in complex with selective macrocyclic inhibitor 提交 2003-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa）
未记录 T76 (6R,21AS)-17-CHLORO-6-CYCLOHEXYL-2,3,6,7,10,11,19,20-OCTAHYDRO-1H,5H-PYRROLO[1,2-K][1,4,8,11,14]BENZOXATETRAAZA-CYCLOHEPTADECINE-5,8,12,21(9H,13H,21AH)-TETRONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å
1NU7 Staphylocoagulase-Thrombin Complex 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 332–359（28 aa） 片段：UNP residues 332-359
链 B 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622
未记录 0ZJ N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 HG MERCURY (II) ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100mM imidazole, 200mM sodium formate, 12%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1NU7 Staphylocoagulase-Thrombin Complex 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 332–359（28 aa） 片段：UNP residues 332-359
链 F 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622
未记录 0ZJ N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 HG MERCURY (II) ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100mM imidazole, 200mM sodium formate, 12%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1NU9 Staphylocoagulase-Prethrombin-2 complex 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 332–622（291 aa）
未记录 0ZJ N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 HG MERCURY (II) ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100mM imidazole, 200mM sodium formate, 12%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
1NU9 Staphylocoagulase-Prethrombin-2 complex 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 332–622（291 aa）
未记录 0ZJ N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 HG MERCURY (II) ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100mM imidazole, 200mM sodium formate, 12%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.253
1NY2 Human alpha thrombin inhibited by RPPGF and hirugen 提交 2003-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 328–363（36 aa） 片段：light chain A
链 2 364–622（259 aa） 片段：heavy chain B
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K, temperature 298K
分辨率 2.30 Å
1NZQ D-Phe-Pro-Arg-Type Thrombin Inhibitor 提交 2003-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain
未记录 162 (2-{2-[(5-CARBAMIMIDOYL-1-METHYL-1H-PYRROL-3-YLMETHYL)-CARBAMOYL]-PYRROL-1-YL} -1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-OXO-ETHYLAMINO)-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.18 Å R-free 0.242
1O0D Human Thrombin complexed with a d-Phe-Pro-Arg-type Inhibitor and a C-terminal Hirudin derived exo-site inhibitor 提交 2003-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain
未记录 163 (2-{2-[(5-CARBAMIMIDOYL-1-METHYL-1H-PYRROL-2-YLMETHYL)-CARBAMOYL]-PYRROL-1-YL}- 1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-OXO-ETHYLAMINO)-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.44 Å R-free 0.252
1O0D Human Thrombin complexed with a d-Phe-Pro-Arg-type Inhibitor and a C-terminal Hirudin derived exo-site inhibitor 提交 2003-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain
未记录 163 (2-{2-[(5-CARBAMIMIDOYL-1-METHYL-1H-PYRROL-2-YLMETHYL)-CARBAMOYL]-PYRROL-1-YL}- 1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-OXO-ETHYLAMINO)-ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.44 Å R-free 0.252
1O2G Elaborate Manifold of Short Hydrogen Bond Arrays Mediating Binding of Active Site-Directed Serine Protease Inhibitors 提交 2003-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 696 3-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-1H-INDOL-2-YL}-1,1'-BIPHENYL-2-OLATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
分辨率 1.58 Å R-free 0.250
1O5G Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CR9 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-6-FLUORO-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-[(2-METHYLCYCLOHEXYL)OXY]BENZENOLATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 7.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.238
1OOK Crystal Structure of the Complex of Platelet Receptor GPIb-alpha and Human alpha-Thrombin 提交 2003-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN A CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN B CHAIN
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 6000, Ammonium Phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
1OYT COMPLEX OF RECOMBINANT HUMAN THROMBIN WITH A DESIGNED FLUORINATED INHIBITOR 提交 2003-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 FSN (3ASR,4RS,8ASR,8BRS)-4-(2-(4-FLUOROBENZYL)-1,3-DIOXODEACAHYDROPYRROLO[3,4-A] PYRROLIZIN-4-YL)BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.67 Å R-free 0.205
1P8V CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PLATELET RECEPTOR GPIB-ALPHA AND ALPHA-THROMBIN AT 2.6A 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 333–361（29 aa） 片段：Alpha Thrombin, light chain
链 C 364–621（258 aa） 片段：Alpha Thrombin, heavy chain
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；291 K；14% PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.00
分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1PPB THE REFINED 1.9 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN: INTERACTION WITH D-PHE-PRO-ARG CHLOROMETHYLKETONE AND SIGNIFICANCE OF THE TYR-PRO-PRO-TRP INSERTION SEGMENT 提交 1991-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.92 Å
1QBV CRYSTAL STRUCTURE OF THROMBIN COMPLEXED WITH AN GUANIDINE-MIMETIC INHIBITOR 提交 1999-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
未记录 PPX [PHENYLALANINYL-PROLINYL]-[2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)-ETHYL]-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；277.15 K；PEG 8000, phosphate, NaCl, NAN3, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.80 Å
1QHR NOVEL COVALENT ACTIVE SITE THROMBIN INHIBITORS 提交 1999-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–36（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 157 6-(2-HYDROXY-CYCLOPENTYL)-7-OXO-HEPTANAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
分辨率 2.20 Å
1QJ1 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：ALPHA THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：ALPHA THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 166 6-CARBAMIMIDOYL-2-[2-HYDROXY-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
分辨率 2.00 Å
1QJ6 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 167 6-CARBAMIMIDOYL-2-[2-HYDROXY-5-(3-METHOXY-PHENYL)-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
分辨率 2.20 Å
1QJ7 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 GR1 6-CARBAMIMIDOYL-2-[5-(3-DIETHYLCARBAMOYL-PHENYL)-2-HYDROXY-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
分辨率 2.20 Å
1QUR HUMAN ALPHA-THROMBIN IN COMPLEX WITH BIVALENT, BENZAMIDINE-BASED SYNTHETIC INHIBITOR 提交 1999-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 macro seeding；280 K；100 mM Tris/HCl, 300-500 mM NaCl, 22-32% (w/v) PEG 8000, macro seeding, temperature 280K
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1RD3 2.5A Structure of Anticoagulant Thrombin Variant E217K 提交 2003-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
链 C 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：E217K 突变：E217K PO4 PHOSPHATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；sodium tris, potassium phosphate, glycerol, PEG 8000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1RD3 2.5A Structure of Anticoagulant Thrombin Variant E217K 提交 2003-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：E217K PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；sodium tris, potassium phosphate, glycerol, PEG 8000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1RD3 2.5A Structure of Anticoagulant Thrombin Variant E217K 提交 2003-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：E217K PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；sodium tris, potassium phosphate, glycerol, PEG 8000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1RIW Thrombin in complex with natural product inhibitor Oscillarin 提交 2003-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–510（147 aa） 片段：residues 37-183
链 C 518–622（105 aa） 片段：residues 185-286
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 OSC (2R,3AS,6R,7AS)-N-(2-{1-[AMINO(IMINO)METHYL]-2,5-DIHYDRO-1H-PYRROL-3-YL}ETHYL)-6-HYDROXY-1-{N-[(2S)-2-HYDROXY-3-PHENYLPROPANOYL]PHENYLALANYL}OCTAHYDRO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.04 Å R-free 0.232
1SB1 Novel Non-Covalent Thrombin Inhibitors Incorporating P1 4,5,6,7-Tetrahydrobenzothiazole Arginine Side Chain Mimetics 提交 2004-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：heavy chain, residues 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：light chain, residues 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 165 N-(BENZYLSULFONYL)-3-CYCLOHEXYLALANYL-N-(2-AMINO-1,3-BENZOTHIAZOL-6-YL)PROLINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.224
1SFQ Fast form of thrombin mutant R(77a)A bound to PPACK 提交 2004-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 B 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
突变：R(77a)A 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；PEG monomethyl ether 2000, Bis-Tris, sodium chloride, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.221
1SFQ Fast form of thrombin mutant R(77a)A bound to PPACK 提交 2004-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 E 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
突变：R(77a)A 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；PEG monomethyl ether 2000, Bis-Tris, sodium chloride, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.221
1SG8 Crystal structure of the procoagulant fast form of thrombin 提交 2004-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 B 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
突变：R(77a)A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；19% PEG 2000-MME, 0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1SG8 Crystal structure of the procoagulant fast form of thrombin 提交 2004-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 E 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
突变：R(77a)A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；19% PEG 2000-MME, 0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1SG8 Crystal structure of the procoagulant fast form of thrombin 提交 2004-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 B 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
链 D 328–363（36 aa） 片段：thrombin light chain (A)
链 E 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain (B)
突变：R(77a)A 突变：R(77a)A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；19% PEG 2000-MME, 0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1SGI Crystal structure of the anticoagulant slow form of thrombin 提交 2004-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN (A)
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN (B)
突变：R(77a)A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% PEG 2000-MME, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1SGI Crystal structure of the anticoagulant slow form of thrombin 提交 2004-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN (A)
链 E 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN (B)
突变：R(77a)A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% PEG 2000-MME, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1SHH Slow form of Thrombin Bound with PPACK 提交 2004-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN (A)
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN (B)
突变：R77aA 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；16-22% PEG monomethyl ether 2000, 50 mM Bis-tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.55 Å R-free 0.216
1SHH Slow form of Thrombin Bound with PPACK 提交 2004-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN (A)
链 E 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN (B)
突变：R77aA 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；16-22% PEG monomethyl ether 2000, 50 mM Bis-tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.55 Å R-free 0.216
1SL3 crystal structue of Thrombin in complex with a potent P1 heterocycle-Aryl based inhibitor 提交 2004-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 170 (2-[6-CHLORO-3-{[2,2-DIFLUORO-2-(1-OXIDOPYRIDIN-2-YL)ETHYL]AMINO}-2-OXOPYRAZIN-1(2H)-YL]-N-[5-CHLORO-2-(1H-TETRAZOL-1-YL)BENZYL]ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.81 Å R-free 0.240
1SR5 ANTITHROMBIN-ANHYDROTHROMBIN-HEPARIN TERNARY COMPLEX STRUCTURE 提交 2004-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 328–363（36 aa） 片段：light chain (residues 328-363)
链 C 364–622（259 aa） 片段：heavy chain (residues 364-622)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GU4 2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；291 K；PEG 3350, tri-sodium citrate, pH 8.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 3.10 Å R-free 0.278
1T4U Crystal Structure Analysis of a novel Oxyguanidine bound to Thrombin 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：sequence database residues 364-622
链 L 334–359（26 aa） 片段：sequence database residues 334-359
未记录 81A 2-METHANESULFONYL-BENZENESULFONIC ACID 3-METHYL-5-((1-AMIDINOAMINOOXYMETHYL-CYCLOPROPYL)METHYLOXY)-PHENYLESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1T4V Crystal Structure Analysis of a novel Oxyguanidine bound to Thrombin 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：sequence database residues 364-622
链 L 334–359（26 aa） 片段：sequence database residues 334-359
未记录 14A N-ALLYL-5-AMIDINOAMINOOXY-PROPYLOXY-3-CHLORO-N-CYCLOPENTYLBENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1TA2 Crystal structure of thrombin in complex with compound 1 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 176 1-(2-AMINO-3,3-DIPHENYL-PROPIONYL)-PYRROLIDINE-3-CARBOXYLIC ACID 2,5-DICHLORO-BENZYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, Sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å
1TA6 Crystal structure of thrombin in complex with compound 14b 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 177 1-[2-AMINO-2-CYCLOHEXYL-ACETYL]-PYRROLIDINE-3-CARBOXYLIC ACID 5-CHLORO-2-(2-ETHYLCARBAMOYL-ETHOXY)-BENZYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, Sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å
1TB6 2.5A Crystal Structure of the Antithrombin-Thrombin-Heparin Ternary Complex 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain, serine protease
链 L 315–363（49 aa） 片段：thrombin light chain
突变：S195A MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；296 K；PEG 3350, lithium citrate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1TBZ HUMAN THROMBIN WITH ACTIVE SITE N-METHYL-D PHENYLALANYL-N-[5-(AMINOIMINOMETHYL)AMINO]-1-{{BENZOTHIAZOLYL)CARBONYL] BUTYL]-L-PROLINAMIDE TRIFLUROACETATE AND EXOSITE-HIRUGEN 提交 1998-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 00Q D-phenylalanyl-N-{(1S)-1-[(S)-1,3-benzothiazol-2-yl(hydroxy)methyl]-4-carbamimidamidobutyl}-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop - macroseeding；pH 7.3；0.1M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.3, 27-28% PEG 8000. HANGING DROPS AND MACROSEEDING ., vapor diffusion - hanging drop - macroseeding
分辨率 2.30 Å
1THP STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN Y225P MUTANT BOUND TO D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE 提交 1999-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：Y225P 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
1THR STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXES WITH A DESIGNED AND A NATURAL EXOSITE INHIBITOR 提交 1993-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1THS STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXES WITH A DESIGNED AND A NATURAL EXOSITE INHIBITOR 提交 1993-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1THS STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXES WITH A DESIGNED AND A NATURAL EXOSITE INHIBITOR 提交 1993-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1TMB MOLECULAR BASIS FOR THE INHIBITION OF HUMAN ALPHA-THROMBIN BY THE MACROCYCLIC PEPTIDE CYCLOTHEONAMIDE A 提交 1993-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1TMT CHANGES IN INTERACTIONS IN COMPLEXES OF HIRUDIN DERIVATIVES AND HUMAN ALPHA-THROMBIN DUE TO DIFFERENT CRYSTAL FORMS 提交 1994-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1TMU Changes in interactions in complexes of hirudin derivatives and human alpha-thrombin due to different crystal forms 提交 1994-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：residues 364-622
链 L 333–360（28 aa） 片段：residues 328-363
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1TOM ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN 提交 1996-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 MIN METHYL-PHE-PRO-AMINO-CYCLOHEXYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1TQ0 Crystal structure of the potent anticoagulant thrombin mutant W215A/E217A in free form 提交 2004-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 333–363（31 aa） 片段：light chain
链 B 364–620（257 aa） 片段：heavy chain
链 C 333–363（31 aa） 片段：light chain
链 D 364–620（257 aa） 片段：heavy chain
突变：W215A/E217A 突变：W215A/E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；0.1 M CAPS, 0.2 M lithium sulfate, 0.12 M sodium dihydrogen phosphate, 0.53 M dipotassium hydrogen phosphate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
1TQ0 Crystal structure of the potent anticoagulant thrombin mutant W215A/E217A in free form 提交 2004-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 333–363（31 aa） 片段：light chain
链 B 364–620（257 aa） 片段：heavy chain
突变：W215A/E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；0.1 M CAPS, 0.2 M lithium sulfate, 0.12 M sodium dihydrogen phosphate, 0.53 M dipotassium hydrogen phosphate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
1TQ0 Crystal structure of the potent anticoagulant thrombin mutant W215A/E217A in free form 提交 2004-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 333–363（31 aa） 片段：light chain
链 D 364–620（257 aa） 片段：heavy chain
突变：W215A/E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；0.1 M CAPS, 0.2 M lithium sulfate, 0.12 M sodium dihydrogen phosphate, 0.53 M dipotassium hydrogen phosphate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
1TQ7 Crystal structure of the anticoagulant thrombin mutant W215A/E217A bound to PPACK 提交 2004-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 320–363（44 aa） 片段：light chain
链 B 364–620（257 aa） 片段：heavy chain
突变：W215A/E217A ZN ZINC ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG 8000, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
1TWX Crystal structure of the thrombin mutant D221A/D222K 提交 2004-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 334–361（28 aa） 片段：light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：heavy chain
突变：D221A/D222K NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.1 M sodium phosphate, 26% PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.268
1UMA ALPHA-THROMBIN (HIRUGEN) COMPLEXED WITH NA-(N,N-DIMETHYLCARBAMOYL)-ALPHA-AZALYSINE 提交 1996-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IN2 N,N-DIMETHYLCARBAMOYL-ALPHA-AZALYSINE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1UVS BOVINE THROMBIN--BM51.1011 COMPLEX 提交 1996-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 I11 [[CYCLOHEXANESULFONYL-GLYCYL]-3[PYRIDIN-4-YL-AMINOMETHYL]ALANYL]PIPERIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.280
1VR1 Specifity for Plasminogen Activator Inhibitor-1 提交 1998-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
1VZQ Complex of thrombin with designed inhibitor 7165 提交 2004-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：SERINE PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 364-620
链 L 334–360（27 aa） 片段：RESIDUES 334-360
未记录 SHY 4-[(3AS,4R,7R,8AS,8BR)-2-(1,3-BENZODIOXOL-5-YLMETHYL)-7-HYDROXY-1,3-DIOXODECAHYDROPYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL]BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.40
分辨率 1.54 Å R-free 0.209
1W7G Alpha-thrombin complex with sulfated hirudin (residues 54-65) and L- Arginine template inhibitor CS107 提交 2004-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
链 L 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
未记录 MIU N-{(1S)-1-{[4-(3-AMINOPROPYL)PIPERAZIN-1-YL]CARBONYL}-4-[(DIAMINOMETHYLENE)AMINO]BUTYL}-3-(TRIFLUOROMETHYL)BENZENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；VAPOUR DIFFUSION HANGING DROP 20% P5KMME 0.1M HEPES PH7.5 0.3M NACL THROMBIN 10MG/ML HIRUDIN 3MM AND CS107 16MM, PH 7.50
分辨率 1.65 Å R-free 0.272
1WAY Active site thrombin inhibitors 提交 2004-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 L02 4-[3-(4-CHLOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-5-YL]PIPERIDINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.02 Å R-free 0.231
1WBG Active site thrombin inhibitors 提交 2004-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 L03 3-(4-CHLOROPHENYL)-5-(METHYLTHIO)-4H-1,2,4-TRIAZOLE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PH 7.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.265
1XM1 Nonbasic Thrombin Inhibitor Complex 提交 2004-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–622（295 aa）
未记录 GAH N-{[(2S)-1-(N-{[4-({[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}METHYL)CYCLOHEXYL]CARBONYL}-3-CYCLOHEXYL-L-ALANYL)AZETIDIN-2-YL]CARBONYL}-L-TYROSYL-N~6~-[AMINO(IMINO)METHYL]-L-LYSINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M potassium phosphate, 20%(w/v) PEG 6000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.266
1XMN Crystal structure of thrombin bound to heparin 提交 2004-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
链 E 328–363（36 aa）
链 F 364–622（259 aa）
链 G 328–363（36 aa）
链 H 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 4 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Sodium Citrate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1XMN Crystal structure of thrombin bound to heparin 提交 2004-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Sodium Citrate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1XMN Crystal structure of thrombin bound to heparin 提交 2004-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 328–363（36 aa）
链 H 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Sodium Citrate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1XMN Crystal structure of thrombin bound to heparin 提交 2004-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 328–363（36 aa）
链 F 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Sodium Citrate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1XMN Crystal structure of thrombin bound to heparin 提交 2004-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Sodium Citrate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1YPE Thrombin Inhibitor Complex 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 UIP (1R,3AS,4R,8AS,8BR)-4-(2-BENZO[1,3]DIOXOL-5-YLMETHYL-1-ETHYL-3-OXO-DECAHYDRO-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL)-BENZAMIDINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phasphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.81 Å R-free 0.235
1YPG Thrombin Inhibitor Complex 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 UIR (1R,3AS,4R,8AS,8BR)-4-(2-BENZO[1,3]DIOXOL-5-YL-1-CYCLOPROPYL-3-OXO-DECAHYDRO-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL)-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.248
1YPJ Thrombin Inhibitor Complex 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 UIB (1R,3AS,4R,8AS,8BR)-4-{5-(PHENYL[1,3]DIOXOL-5-YLMETHYL)-4-ETHYL-2,3,3-TRIMETHYL-6-OXO-OCTAHYDRO-PYRROLO[3,4-C]PYRROL-1-YL}-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.78 Å R-free 0.239
1YPK Thrombin Inhibitor Complex 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 CCR [N-[N-(4-METHOXY-2,3,6-TRIMETHYLPHENYLSULFONYL)-L-ASPARTYL]-D-(4-AMIDINO-PHENYLALANYL)]-PIPERIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.78 Å R-free 0.239
1YPL X-ray crystal structure of thrombin inhibited by synthetic cyanopeptide analogue RA-1008 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 RA8 N-(BENZYLSULFONYL)-L-LEUCYL-N-(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BUTYL)-L-PROLINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.263
1YPM X-ray crystal structure of thrombin inhibited by synthetic cyanopeptide analogue RA-1014 提交 2005-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 RA4 N-(4-NITROBENZOYL)-L-LEUCYL-N-(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BUTYL)-L-PROLINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.260
1Z71 thrombin and P2 pyridine N-oxide inhibitor complex structure 提交 2005-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 L17 L17 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；peg8k, sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.254
1Z8I Crystal structure of the thrombin mutant G193A bound to PPACK 提交 2005-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 324–361（38 aa） 片段：sequence database residues 324-361
链 B 364–622（259 aa） 片段：sequence database residues 364-622
突变：G193A ZN ZINC ION × 4 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；20% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M zinc acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1Z8J Crystal structure of the thrombin mutant G193P bound to PPACK 提交 2005-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 322–361（40 aa） 片段：sequence database residues 322-361
链 B 364–622（259 aa） 片段：sequence database residues 364-622
突变：G193P ZN ZINC ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；20% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M zinc acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1Z8J Crystal structure of the thrombin mutant G193P bound to PPACK 提交 2005-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 322–361（40 aa） 片段：sequence database residues 322-361
链 B 364–622（259 aa） 片段：sequence database residues 364-622
突变：G193P ZN ZINC ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；20% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M zinc acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1ZGI thrombin in complex with an oxazolopyridine inhibitor 21 提交 2005-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 382 (R)-2-(2-(1H-1,2,4-TRIAZOL-1-YL)BENZYL)-N-(2,2-DIFLUORO-2-(PIPERIDIN-2-YL)ETHYL)OXAZOLO[4,5-C]PYRIDIN-4-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEK8K, Sodium Phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
1ZGV Thrombin in complex with an oxazolopyridine inhibitor 2 提交 2005-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 501 N7-BUTYL-N2-(5-CHLORO-2-METHYLPHENYL)-5-METHYL[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIMIDINE-2,7-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEK8K, Sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.228
1ZRB Thrombin in complex with an azafluorenyl inhibitor 23b 提交 2005-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin
未记录 062 3-AZA-9-HYDROXY-9-FLUORENYLCARBONYL-L-PROLYL-2-AMINOMETHYL-5-CHLOROBENZYLAMIDE, N-OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.279
2A0Q Structure of thrombin in 400 mM potassium chloride 提交 2005-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–363（30 aa）
链 B 364–620（257 aa）
突变：R77A NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG-MME 2000, potassium chloride, Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
2A0Q Structure of thrombin in 400 mM potassium chloride 提交 2005-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 334–363（30 aa）
链 D 364–620（257 aa）
突变：R77A K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG-MME 2000, potassium chloride, Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
2A0Q Structure of thrombin in 400 mM potassium chloride 提交 2005-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 334–363（30 aa）
链 B 364–620（257 aa）
链 C 334–363（30 aa）
链 D 364–620（257 aa）
突变：R77A 突变：R77A NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG-MME 2000, potassium chloride, Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.240
2A2X Orally Active Thrombin Inhibitors in Complex with Thrombin Inh12 提交 2005-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 330–363（34 aa）
未记录 NA9 N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({6-[AMINO(IMINO)METHYL]PYRIDIN-3-YL}METHYL)-N~2~-METHYL-L-ALANINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.44 Å R-free 0.221
2A2X Orally Active Thrombin Inhibitors in Complex with Thrombin Inh12 提交 2005-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 330–363（34 aa）
未记录 NA9 N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({6-[AMINO(IMINO)METHYL]PYRIDIN-3-YL}METHYL)-N~2~-METHYL-L-ALANINAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.44 Å R-free 0.221
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
链 D 328–363（36 aa）
链 E 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2AFQ 1.9 angstrom crystal structure of wild-type human thrombin in the sodium free state 提交 2005-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 332–360（29 aa） 片段：Light Chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Heavy Chain
链 C 332–360（29 aa） 片段：Light Chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Heavy Chain
未记录 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, magnesium acetate, lithium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.93 Å R-free 0.229
2ANK orally active thrombin inhibitors in complex with thrombin and an exosite decapeptide 提交 2005-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 330–363（34 aa）
未记录 N12 N-[(1R)-2-[(1-{[({6-[AMINO(IMINO)METHYL]PYRIDIN-3-YL}METHYL)AMINO]CARBONYL}CYCLOPENTYL)AMINO]-1-(CYCLOHEXYLMETHYL)-2-OXOETHYL]GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 400, Na-acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.46 Å R-free 0.211
2ANM Ternary complex of an orally active thrombin inhibitor with human thrombin and a c-terminal hirudin derived exo-sit inhibitor 提交 2005-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：Thrombin heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
未记录 CDO 2-((R)-1-((S)-2-(N-(6-CARBAMIMIDOYLPYRIDIN-3-YL)METHYLCARBAMOYL)-2H-PYRROL-1(5H)-YL)-3-CYCLOHEXYL-1-OXOPROPAN-2-YLAMINO)ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.250
2B5T 2.1 Angstrom structure of a nonproductive complex between antithrombin, synthetic heparin mimetic SR123781 and two S195A thrombin molecules 提交 2005-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 315–363（49 aa） 片段：thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain, serine protease
链 C 315–363（49 aa） 片段：thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain, serine protease
突变：S195A 突变：S195A GOL GLYCEROL × 12 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；PEG3350, glycerol, ammonium sulfate, (crystallized with NaCl and tris, but not in cryoprotectant), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
2B5T 2.1 Angstrom structure of a nonproductive complex between antithrombin, synthetic heparin mimetic SR123781 and two S195A thrombin molecules 提交 2005-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 315–363（49 aa） 片段：thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain, serine protease
链 C 315–363（49 aa） 片段：thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：thrombin heavy chain, serine protease
突变：S195A 突变：S195A GOL GLYCEROL × 12 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；PEG3350, glycerol, ammonium sulfate, (crystallized with NaCl and tris, but not in cryoprotectant), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
2BDY thrombin in complex with inhibitor 提交 2005-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–622（289 aa） 片段：Heavy and light chain, residues 334-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 UNB N-(4-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-2-[2-HYDROXY-6-METHYL-3-(NAPHTHALENE-1-SULFONYLAMINO)-PHENYL]-ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；27% PEG8000, 0.1M sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.61 Å R-free 0.225
2BVR Human thrombin complexed with fragment-based small molecules occupying the S1 pocket 提交 2005-07-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–509（146 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 H 516–622（107 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：SMALL SUBUNIT, RESIDUES 328-363
未记录 4CP 2-[2-(4-CHLORO-PHENYLSULFANYL)-ACETYLAMINO]-3-(4-GUANIDINO-PHENYL)-PROPIONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.25 Å R-free 0.229
2BVS Human thrombin complexed with fragment-based small molecules occupying the S1 pocket 提交 2005-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：SMALL SUBUNIT, RESIDUES 328-363
未记录 2CE N-[2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ETHYL]-2-[2-(4-CHLORO-PHENYLSULFANYL)-ACETYLAMINO]-3-(4-GUANIDINO-PHENYL)-PROPIONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.40 Å R-free 0.219
2BVX Design and Discovery of Novel, Potent Thrombin Inhibitors with a Solubilizing Cationic P1-P2-Linker 提交 2005-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：SMALL SUBUNIT, RESIDUES 328-363
未记录 5CB N-(5-CHLORO-BENZO[B]THIOPHEN-3-YLMETHYL)-2-[6-CHLORO-OXO-3-(2-PYRIDIN-2-YL-ETHYLAMINO)-2H-PYRAZIN-1-YL]-ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å R-free 0.306
2BXT Design and Discovery of Novel, Potent Thrombin Inhibitors with a Solubilizing Cationic P1-P2-Linker 提交 2005-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：SMALL SUBUNIT, RESIDUES 328-363
未记录 C2D 6-CHLORO-1-(2-{[(5-CHLORO-1-BENZOTHIEN-3-YL)METHYL]AMINO}ETHYL)-3-[(2-PYRIDIN-2-YLETHYL)AMINO]-1,4-DIHYDROPYRAZIN-2-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.83 Å R-free 0.225
2BXU Design and Discovery of Novel, Potent Thrombin Inhibitors with a Solubilizing Cationic P1-P2-Linker 提交 2005-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：LARGE SUBUNIT, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：SMALL SUBUNIT, RESIDUES 328-363
未记录 C1D 1-(2-{[(6-AMINO-2-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL]AMINO}ETHYL)-6-CHLORO-3-[(2,2-DIFLUORO-2-PYRIDIN-2-YLETHYL)AMINO]-1,4-DIHYDROPYRAZIN-2-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
2C8W thrombin inhibitors 提交 2005-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 C7M (2S,3R)-N-[5-CHLORO-2-(2,3-DIHYDRO-1H-TETRAZOL-1-YL)BENZYL]-3-HYDROXY-4-{[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}-1-PHENYLBUTA N-2-AMINIUM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 1.96 Å R-free 0.219
2C8X thrombin inhibitors 提交 2005-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 C5M N-{(2R,3S)-3-[(3-CHLOROBENZYL)AMINO]-2-HYDROXY-4-PHENYLBUTYL}-4-METHOXY-2,3,6-TRIMETHYLBENZENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.17 Å R-free 0.229
2C8Y thrombin inhibitors 提交 2005-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 NA SODIUM ION × 1 C3M N-[(2R,3S)-3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYLBUTYL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2C8Z thrombin inhibitors 提交 2005-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 C2A 1-(3-CHLOROPHENYL)METHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.14 Å R-free 0.246
2C90 thrombin inhibitors 提交 2005-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 C1M 1-(4-CHLOROPHENYL)-1H-TETRAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.25 Å R-free 0.306
2C93 thrombin inhibitors 提交 2005-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：FRAGMENT ALPHA THROMBIN, RESIDUES 364-622
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 C4M N-[(2R,3S)-3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYLBUTYL]-4-METHOXY-2,3,6-TRIMETHYLBENZENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；PH 7.30
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2CF8 Complex of recombinant human thrombin with an inhibitor 提交 2006-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361
未记录 ESH 4- [(1R,3AS,4R,8AS,8BR)- 2- (4-CHLOROBENZYL)- 1- ISOPROPYL- 3- OXODECAHYDROPYRROLO[3,4- A]PYRROLIZIN- 4- YL]BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.40
分辨率 1.30 Å R-free 0.199
2CF9 Complex of recombinant human thrombin with an inhibitor 提交 2006-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361
未记录 348 4-[(1R,3AS,4R,8AS,8BR)-1-ISOPROPYL-2-(4-METHOXYBENZYL)-3-OXODECAHYDROPYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL]BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.40
分辨率 1.79 Å R-free 0.198
2CN0 Complex of Recombinant Human Thrombin with a Designed Inhibitor 提交 2006-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：RESIDUES 334-361
未记录 F25 4-(1R,3AS,4R,8AS,8BR)-[1-DIFLUOROMETHYL-2-(4-FLUOROBENZYL)-3-OXODECAHYDROPYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-4-YL]BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.40
分辨率 1.30 Å R-free 0.204
2FEQ orally active thrombin inhibitors 提交 2005-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 34P N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({4-[(E)-AMINO(IMINO)METHYL]-1,3-THIAZOL-2-YL}METHYL)-L-PROLINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；298 K；PEG 8000, Na-acetate, Tris, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298.0K
分辨率 2.44 Å R-free 0.242
2FEQ orally active thrombin inhibitors 提交 2005-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 34P N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({4-[(E)-AMINO(IMINO)METHYL]-1,3-THIAZOL-2-YL}METHYL)-L-PROLINAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；298 K；PEG 8000, Na-acetate, Tris, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298.0K
分辨率 2.44 Å R-free 0.242
2FES Orally active thrombin inhibitors 提交 2005-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 3SP N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({5-[(E)-AMINO(IMINO)METHYL]THIEN-2-YL}METHYL)-L-PROLINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 8000, Na-acetet, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.220
2GDE Thrombin in complex with inhibitor 提交 2006-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 SN3 (R)-3-((2S,3R)-1-((2S,3AR,5S,6S,7AS)-2-(2-(1-CARBAMIMIDOYL-2,5-DIHYDRO-1H-PYRROL-3-YL)ETHYLCARBAMOYL)-5,6-DIHYDROXYOCTA HYDRO-1H-INDOL-1-YL)-3-CHLORO-4-METHYL-1-OXOPENTAN-2-YLAMINO)-2-METHOXY-3-OXOPROPYL HYDROGEN SULFATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
2GP9 Crystal structure of the slow form of thrombin in a self-inhibited conformation 提交 2006-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN heavy CHAIN
突变：D102N EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；18% PEG 20000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.87 Å R-free 0.218
2H9T Crystal structure of human alpha-thrombin in complex with suramin 提交 2006-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain, residues 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain, residues 328-363
未记录 SVR 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；100 mM tris, 25 % tert-butanol, 0.16 mM thrombin:suramin complex, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2HGT STRUCTURE OF THE HIRUGEN AND HIRULOG 1 COMPLEXES OF ALPHA-THROMBIN 提交 1991-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
2HNT CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF HUMAN GAMMA-THROMBIN 提交 1994-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 364–433（70 aa）
链 E 437–517（81 aa）
链 F 518–622（105 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
2HPP Structures of the noncovalent complexes of human and bovine prothrombin fragment 2 with human ppack-thrombin 提交 1993-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：UNP residues 328-363
未记录 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
2HPQ Structures of the noncovalent complexes of human and bovine prothrombin fragment 2 with human ppack-thrombin 提交 1993-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
链 P 213–291（79 aa） 片段：Activation peptide fragment 2
未记录 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
2HWL Crystal structure of thrombin in complex with fibrinogen gamma' peptide 提交 2006-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
链 C 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：R77AA 突变：R77AA NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG 4000, 100 mM HEPES sodium salt buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
2JH0 Human Thrombin Hirugen Inhibitor complex 提交 2007-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
链 D 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-622
未记录 701 (2R)-2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}PROPENE-1-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；PH 6.80
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
2JH5 Human Thrombin Hirugen Inhibitor complex 提交 2007-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
链 D 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-622
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 895 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；PH 6.80
分辨率 2.50 Å R-free 0.231
2JH6 Human Thrombin Hirugen Inhibitor complex 提交 2007-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
链 D 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-622
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 894 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHANESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；PH 6.80
分辨率 2.21 Å R-free 0.196
2OD3 Human thrombin chimera with human residues 184a, 186, 186a, 186b, 186c and 222 replaced by murine thrombin equivalents. 提交 2006-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：Y184aF, P186V, D186aN, E186bD, G186cT, D222K 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG 3350, 0.2M lithium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.230
2PGB Inhibitor-free human thrombin mutant C191A-C220A 提交 2007-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain, 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain, 364-622
突变：C191A, C220A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；25% PEG 4000, 0.2 M Lithium Sulfate and 0.1 M TRIS- HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.54 Å R-free 0.217
2PGQ Human thrombin mutant C191A-C220A in complex with the inhibitor PPACK 提交 2007-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–363（45 aa） 片段：residues 319-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：residues 364-622
突变：C191A, C220A ZN ZINC ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；20% PEG 3350 and 0.2 M Zinc Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.3
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
2PKS Thrombin in complex with inhibitor 提交 2007-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 334–360（27 aa） 片段：Residues 335-361
链 B 364–510（147 aa） 片段：Residues 364-510
链 C 518–619（102 aa） 片段：Residues 518-619
未记录 NA SODIUM ION × 1 G44 4-({[4-(3-METHYLBENZOYL)PYRIDIN-2-YL]AMINO}METHYL)BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；27% PEG8000, 0.1M SODIUM PHOSPHATE, PH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.259
2PW8 Crystal structure of sulfo-hirudin complexed to thrombin 提交 2007-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris, 20% PEG2K, 0.01M Nickel Chloride. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.233
2R2M 2-(2-Chloro-6-Fluorophenyl)Acetamides as Potent Thrombin Inhibitors 提交 2007-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 334–359（26 aa） 片段：unp residues 334-359
链 B 364–622（259 aa）
未记录 I50 N-[2-({[amino(imino)methyl]amino}oxy)ethyl]-2-{6-chloro-3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-2-fluorophenyl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.214
2THF STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN Y225F MUTANT BOUND TO D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE 提交 1999-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：Y225F 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
2UUF Thrombin-hirugen binary complex at 1.26A resolution 提交 2007-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K, 500MM NACL.
分辨率 1.26 Å R-free 0.194
2UUJ Thrombin-hirugen-gw473178 ternary complex at 1.32A resolution 提交 2007-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 896 N-ETHYL-N-ISOPROPYL-3-METHYL-5-{[(2S)-2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)PROPYL]OXY}BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K, 500MM NACL.
分辨率 1.32 Å R-free 0.211
2UUK Thrombin-hirugen-gw420128 ternary complex at 1.39A resolution 提交 2007-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：RESIDUES 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：RESIDUES 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 897 N-[3-(TERT-BUTYLAMINO)-3-OXOPROPYL]-N-ISOPROPYL-3-METHYL-5-{[(2S)-2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)PROPYL]OXY}BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K,500MM NACL.
分辨率 1.39 Å R-free 0.173
2V3H Thrombin with 3-cycle no F 提交 2007-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361
未记录 I25 (2R)-({4-[AMINO(IMINO)METHYL]PHENYL}AMINO){3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYLPHENYL}ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.79 Å R-free 0.207
2V3O Thrombin with 3-cycle with F 提交 2007-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：CATALYTIC, RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361
未记录 I26 (2R)-[(4-CARBAMIMIDOYLPHENYL)AMINO]{3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYL-2-FLUOROPHENYL}ETHANOIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.79 Å R-free 0.212
2ZC9 Thrombin in complex with Inhibitor 提交 2007-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.58 Å R-free 0.233
2ZDA Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.73 Å R-free 0.228
2ZDV Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 37U D-phenylalanyl-N-(3-fluorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.72 Å R-free 0.243
2ZF0 Exploring Thrombin S1 Pocket 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 51U D-phenylalanyl-N-(3-methylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
2ZFF Exploring Thrombin S1-pocket 提交 2008-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 53U D-phenylalanyl-N-benzyl-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.47 Å R-free 0.203
2ZFP Thrombin Inibition 提交 2008-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 19U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.298
2ZFQ Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 45U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(2-(cyclopentyloxy)ethanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
2ZFR Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 46U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(2-(cyclohexyloxy)ethanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.253
2ZG0 Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 50U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-cyclohexylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.243
2ZGB Thrombin Inhibition 提交 2008-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 21U D-leucyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2ZGX Thrombin Inhibition 提交 2008-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 29U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZHE Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 13U N-cyclooctylglycyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.298
2ZHF Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 49U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-cyclopentylpropanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.98 Å R-free 0.261
2ZHQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 27U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-phenylpropanoyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.96 Å R-free 0.272
2ZHW Exploring thrombin S3 pocket 提交 2008-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 12U N-cycloheptylglycyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, sodium chloride, PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.02 Å R-free 0.292
2ZI2 Thrombin Inhibition 提交 2008-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 24U 1-butanoyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZIQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 26U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZNK Thrombin Inhibition 提交 2008-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 31U D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZO3 Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 33U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.250
3B23 Crystal structure of thrombin-variegin complex: Insights of a novel mechanism of inhibition and design of tunable thrombin inhibitors 提交 2011-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；100mM HEPES buffer pH 7.4, 20-25% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3B9F 1.6 A structure of the PCI-thrombin-heparin complex 提交 2007-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
链 L 315–363（49 aa） 片段：Thrombin light chain
突变：S195A (chymotrypsin numbering) SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；11% PEG 3350, 0.12M MgSO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3BEF Crystal structure of thrombin bound to the extracellular fragment of PAR1 提交 2007-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 320–363（44 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
突变：D102N NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 30% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.20 Å R-free 0.248
3BEF Crystal structure of thrombin bound to the extracellular fragment of PAR1 提交 2007-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 320–363（44 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 E 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
突变：D102N NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 30% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.20 Å R-free 0.248
3BEI Crystal structure of the slow form of thrombin in a self_inhibited conformation 提交 2007-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 320–363（44 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
突变：D102N NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；12.5% PEG 4000, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.55 Å R-free 0.215
3BF6 Thrombin:suramin complex 提交 2007-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363
未记录 SVR 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；100 mM Tris, 25% v/v t-butanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.282
3BIU Human thrombin-in complex with UB-THR10 提交 2007-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 333–361（29 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 10U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(2-(cyclopentylamino)ethanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
3BIV Human thrombin-in complex with UB-THR11 提交 2007-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 333–361（29 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 11U (S)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(2-(cyclohexylamino)ethanoyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；phosphate buffer, sodium chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.264
3BV9 Structure of Thrombin Bound to the Inhibitor FM19 提交 2008-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 333–363（31 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：R(77a)A IOD IODIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；20% PEG 3350, 100 mM Bis/Tris, 200 mM NaI, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.80 Å R-free 0.239
3C1K Crystal structure of thrombin in complex with inhibitor 15 提交 2008-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 335–621（287 aa） 片段：alpha-thrombin, Peptidase S1
未记录 T15 2-{3-[(benzylsulfonyl)amino]-6-methyl-2-oxopyridin-1(2H)-yl}-N-({1-[2-(tert-butylamino)-2-oxoethyl]-4-methyl-1H-imidazol-5-yl}methyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEK8K, Sodium phosphate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.84 Å
3C27 Cyanofluorophenylacetamides as Orally Efficacious Thrombin Inhibitors 提交 2008-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 334–359（26 aa） 片段：unp residues 334-359
链 B 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622
未记录 DKK N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{6-cyano-3-[(2,2-difluoro-2-pyridin-2-ylethyl)amino]-2-fluorophenyl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å R-free 0.215
3D49 Thrombin Inhibition 提交 2008-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.237
3DA9 Crystal structure of thrombin in complex with inhibitor 提交 2008-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：UNP residues 328-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622
未记录 NA SODIUM ION × 1 44U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-propyl-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；The drop was made by mixing 1.5 ul of the thrombin-hirudin complex and 1.5 ul of reservior solution containing: Phosphate buffer pH7.3, 28% PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
3DD2 Crystal structure of an RNA aptamer bound to human thrombin 提交 2008-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa）
链 L 332–361（30 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ACY ACETIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 8000, Magnesium Acetate, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
3DHK Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.73 Å R-free 0.249
3DT0 Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 16U N-(3-chlorobenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3DUX Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 64U 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.247
3E6P Crystal structure of human meizothrombin desF1 提交 2008-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain: UNP residues 364-622
链 L 206–363（158 aa） 片段：Activation peptide fragment 2 and thrombin light chain: UNP residues 206-363
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 DFK D-PHENYLALANYL-N-[(1S)-4-{[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-1-(CHLOROACETYL)BUTYL]-L-PROLINAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M Na2(SO4), 23% PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3EE0 Crystal Structure of the W215A/E217A Mutant of Human Thrombin (space group P2(1)2(1)2(1)) 提交 2008-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：W215A, E217A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M MES, 30% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.75 Å R-free 0.323
3EGK KNOBLE Inhibitor 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 M18 {(2S)-1-[N-(tert-butoxycarbonyl)glycyl]pyrrolidin-2-yl}methyl (3-chlorophenyl)acetate × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.312
3EQ0 Thrombin Inhibitor 提交 2008-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.53 Å R-free 0.249
3F68 Thrombin Inhibition 提交 2008-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：UNP residues 364-622, Thrombin heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：UNP residues 328-363, Thrombin light chain
未记录 91U N-acetyl-3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.256
3GIC Structure of thrombin mutant delta(146-149e) in the free form 提交 2009-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 20000, 100 mM Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.220
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 315–363（49 aa） 片段：Thrombin light-chain, UNP residues 315-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy-chain, UNP residues 364-622
突变：S195A SO4 SULFATE ION × 7 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 315–363（49 aa） 片段：Thrombin light-chain, UNP residues 315-363
链 D 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy-chain, UNP residues 364-622
突变：S195A SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 315–363（49 aa） 片段：Thrombin light-chain, UNP residues 315-363
链 F 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy-chain, UNP residues 364-622
突变：S195A SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3HAT ACTIVE SITE MIMETIC INHIBITION OF THROMBIN 提交 1994-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
3HKJ Crystal structure of human thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 333–363（31 aa） 片段：Light chain: UNP residues 333-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 364-622
突变：W215A, E217A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3HKJ Crystal structure of human thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 333–363（31 aa） 片段：Light chain: UNP residues 333-363
链 E 364–622（259 aa） 片段：Heavy chain: UNP residues 364-622
突变：W215A, E217A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3HTC THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF RECOMBINANT HIRUDIN AND HUMAN ALPHA-THROMBIN 提交 1993-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
3JZ1 Crystal structure of human thrombin mutant N143P in E:Na+ form 提交 2009-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：N143P NA SODIUM ION × 4 NO3 NITRATE ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.2M NaNO3 and 20% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.216
3JZ1 Crystal structure of human thrombin mutant N143P in E:Na+ form 提交 2009-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：N143P NA SODIUM ION × 2 NO3 NITRATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.2M NaNO3 and 20% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.216
3JZ2 Crystal structure of human thrombin mutant N143P in E* form 提交 2009-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：N143P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1M imidazole and 7% PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.246
3K65 Crystal Structure of Prethombin-2/Fragment-2 Complex 提交 2009-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 199–314（116 aa） 片段：residues 199-314
链 B 315–622（308 aa） 片段：residues 315-622
突变：S525A BU1 1,4-BUTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；10% Buffer 1 mix, 10% Alcohols mix, 40% EDO-P8K mix, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.229
3LDX Discovery and Clinical Evaluation of RWJ-671818, a Thrombin Inhibitor with an Oxyguanidine P1 Motif 提交 2010-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NLI N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-6-methyl-2-oxopyrazin-1(2H)-yl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å R-free 0.224
3LU9 Crystal structure of human thrombin mutant S195A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 318–363（46 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；200mM K/Na tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
3LU9 Crystal structure of human thrombin mutant S195A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 318–363（46 aa）
链 E 364–622（259 aa）
突变：S195A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；200mM K/Na tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
3NXP Crystal structure of human prethrombin-1 提交 2010-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 199–622（424 aa） 片段：UNP residues 199-622
突变：R271A, R284A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl, pH 8.5 and 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.20 Å R-free 0.226
3P17 Thrombin Inhibition by Pyridin Derivatives 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 99P D-phenylalanyl-N-(pyridin-3-ylmethyl)-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.43 Å R-free 0.176
3P6Z Structural basis of thrombin mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 30 mM Ca2+, 30 mM Mg2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3P6Z Structural basis of thrombin mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 6 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 30 mM Ca2+, 30 mM Mg2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 B 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 D 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 F 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 328–363（36 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN
未记录 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3PMH Mechanism of Sulfotyrosine-Mediated Glycoprotein Ib Interaction with Two Distinct alpha-Thrombin Sites 提交 2010-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；16% PEG 6000, 0.2M ammonium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3PO1 Thrombin in complex with Benzothiazole Guanidine 提交 2010-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 334–360（27 aa）
链 B 364–510（147 aa）
链 C 518–619（102 aa）
未记录 MKY ethyl [(2Z)-2-(carbamimidoylimino)-6-hydroxy-1,3-benzothiazol-3(2H)-yl]acetate × 1 NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；298 K；0.05 M sodium phosphate, 28% PEG8000, pH 7.3, EVAPORATION, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.260
3QDZ Crystal structure of the human thrombin mutant D102N in complex with the extracellular fragment of human PAR4. 提交 2011-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 333–363（31 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：D102N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.364
3QDZ Crystal structure of the human thrombin mutant D102N in complex with the extracellular fragment of human PAR4. 提交 2011-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 333–363（31 aa）
链 D 364–622（259 aa）
突变：D102N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6 M tri-sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.364
3QGN The allosteric E*-E equilibrium is a key property of the trypsin fold 提交 2011-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 333–363（31 aa） 片段：unp residues 333-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：unp residues 364-622
突变：N143P IOD IODIDE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；0.2 M NH4I and 20 % PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.239
3QLP X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a modified thrombin binding aptamer (mTBA) 提交 2011-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% w/v PEG 20000, 0.2M ammonium sulfate, 3% n-propanol, 0.1 M sodium acetate pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.14 Å R-free 0.237
3QTO Thrombin Inhibition by Pyridin Derivatives 提交 2011-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 10P D-phenylalanyl-N-[(1-methylpyridinium-3-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phophate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.52 Å R-free 0.165
3QTV Thrombin Inhibition by Pyridin Derivatives 提交 2011-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 06P D-phenylalanyl-N-[(1-methylpyridinium-4-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.63 Å R-free 0.176
3QWC Thrombin Inhibition by Pyridin Derivatives 提交 2011-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 98P D-phenylalanyl-N-[(4-chloro-1-methylpyridinium-3-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.75 Å R-free 0.179
3QX5 Thrombin Inhibition by Pyridin Derivatives 提交 2011-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 02P D-phenylalanyl-N-[(4-chloro-1-methylpyridinium-2-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.35 Å R-free 0.156
3R3G Structure of human thrombin with residues 145-150 of murine thrombin. 提交 2011-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 333–363（31 aa） 片段：UNP Residues 333-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：UNP Residues 364-622
突变：K508R, A513T, V515I, G516N, K517E, G518I NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5 and 20% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
3R3G Structure of human thrombin with residues 145-150 of murine thrombin. 提交 2011-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 333–363（31 aa） 片段：UNP Residues 333-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：UNP Residues 364-622
突变：K508R, A513T, V515I, G516N, K517E, G518I NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5 and 20% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
3RLW Human Thrombin in complex with MI328 提交 2011-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S28 N-(benzylsulfonyl)glycyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.69 Å R-free 0.192
3RLY Human Thrombin in complex with MI329 提交 2011-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S29 N-(benzylsulfonyl)-D-alanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.51 Å R-free 0.172
3RM0 Human Thrombin in complex with MI354 提交 2011-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S54 N-(benzylsulfonyl)-D-valyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.34 Å R-free 0.166
3RM2 Human Thrombin in complex with MI003 提交 2011-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S00 N-(benzylsulfonyl)-3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.23 Å R-free 0.163
3RML Human Thrombin in complex with MI331 提交 2011-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M31 N-(benzylsulfonyl)glycyl-N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.53 Å R-free 0.186
3RMM Human Thrombin in complex with MI332 提交 2011-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M32 N-(benzylsulfonyl)-D-alanyl-N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.179
3RMN Human Thrombin in complex with MI341 提交 2011-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M41 N-(benzylsulfonyl)-D-valyl-N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.78 Å R-free 0.185
3RMO Human Thrombin in complex with MI004 提交 2011-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S04 N-(benzylsulfonyl)-3-cyclohexyl-D-alanyl-N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.40 Å R-free 0.165
3S7H Structure of thrombin mutant Y225P in the E* form 提交 2011-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 329–363（35 aa） 片段：Thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：Y225P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；295 K；0.1 M Tris and 8% PEG 8000 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.204
3S7K Structure of thrombin mutant Y225P in the E form 提交 2011-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 329–363（35 aa） 片段：Thrombin light chain
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：Y225P K POTASSIUM ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295 K；0.2 M K Formate, 20 % PEG 3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.217
3S7K Structure of thrombin mutant Y225P in the E form 提交 2011-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 329–363（35 aa） 片段：Thrombin light chain
链 D 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
突变：Y225P K POTASSIUM ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295 K；0.2 M K Formate, 20 % PEG 3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.217
3SHA Human Thrombin In Complex With UBTHR97 提交 2011-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P97 D-phenylalanyl-N-[(4-chloropyridin-3-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.52 Å R-free 0.190
3SHC Human Thrombin In Complex With UBTHR101 提交 2011-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 B01 D-phenylalanyl-N-[(4-chloropyridin-2-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
3SI3 Human Thrombin In Complex With UBTHR103 提交 2011-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 B03 D-phenylalanyl-N-(pyridin-2-ylmethyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.55 Å R-free 0.181
3SI4 Human Thrombin In Complex With UBTHR104 提交 2011-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 B04 D-phenylalanyl-N-[(1-methylpyridinium-2-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.27 Å R-free 0.159
3SQE Crystal structure of prethrombin-2 mutant S195A in the alternative form 提交 2011-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 333–622（290 aa） 片段：unp residues 333-622
突变：S195A GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, 11% PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.206
3SQH Crystal structure of prethrombin-2 mutant S195A in the the open form 提交 2011-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 333–622（290 aa） 片段：unp residues 333-622
突变：S195A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, 11% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 8.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
3SV2 Human Thrombin In Complex With UBTHR105 提交 2011-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 P05 D-phenylalanyl-N-(pyridin-4-ylmethyl)-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.30 Å R-free 0.165
3T5F Human Thrombin In Complex With MI340 提交 2011-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M34 N-(benzylsulfonyl)-D-leucyl-N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.45 Å R-free 0.172
3TU7 Human alpha-thrombin complexed with N-(methylsulfonyl)-D-phenylalanyl-N-((1-carbamimidoyl-4-piperidinyl)methyl)-l-prolinamide (BMS-189664) 提交 2011-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain
链 L 328–363（36 aa） 片段：Thrombin light chain
未记录 0BM N-(methylsulfonyl)-D-phenylalanyl-N-[(1-carbamimidoylpiperidin-4-yl)methyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.230
3U69 Unliganded wild-type human thrombin 提交 2011-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：unp residues 364-622
链 L 334–363（30 aa） 片段：unp residues 334-363
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BCN BICINE × 1 NA SODIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；50mM Tris, 50mM Bicine, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 11.5% MPD, 11.5% PEG 1000, 11.5% PEG 3350 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.167
3U8O Human thrombin complexed with D-Phe-Pro-D-Arg-D-Thr 提交 2011-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 334–363（30 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；50mM Tris, 50mM Bicine, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 11.5% MPD, 11.5% PEG-1000, 11.5% PEG-3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.28 Å R-free 0.149
3U8R Human thrombin complexed with D-Phe-Pro-D-Arg-Ile 提交 2011-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 334–363（30 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；50mM Tris, 50mM Bicine, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 11.5% MPD, 11.5% PEG-1000, 11.5% PEG-3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.47 Å R-free 0.161
3U8T Human thrombin complexed with D-Phe-Pro-D-Arg-Cys 提交 2011-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 334–360（27 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；50mM Tris, 50mM Bicine, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 11.5% MPD, 11.5% PEG-1000, 11.5% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 8.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.195
3U98 Human Thrombin In Complex With MI001 提交 2011-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BJA (2S)-1-[(2R)-2-(benzylsulfonylamino)-5-guanidino-pentanoyl]-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.45 Å R-free 0.187
3U9A Human Thrombin In Complex With MI330 提交 2011-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 S33 (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloranyl-phenyl]methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)sulfonylamino]-4-[(4-cyanophenyl)methylamino]-4-oxidanylidene-butanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.58 Å R-free 0.196
3UTU High affinity inhibitor of human thrombin 提交 2011-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 1TS (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloro-4-methoxybenzene)sulfonamido]-3-{[(4-cyanophenyl)methyl]carbamoyl}propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.271
3UWJ Human Thrombin In Complex With MI353 提交 2011-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 TIF N-(benzylsulfonyl)-D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；15% PEG 8000, 20mM sodium phosphate, 175mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
3VXE Human alpha-thrombin-Bivalirudin complex at PD5.0 提交 2012-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；10% W/V PEG 4000, 100mm sodium acetate pD5.0 at room temperature, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.25 Å R-free 0.178
3VXF X/N Joint refinement of Human alpha-thrombin-Bivalirudin complex PD5 提交 2012-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 实验方法未声明
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY A SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AFTER MACROSEEDING. 2% (W/V) TO 10% (W/V) PEG4000, 100MM SODIUM ACETATE PD5.0. THE INITIAL CONCENTRATION OF THROMBIN-BIVALIRUDIN COMPLEX WAS 5MG/ML, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率未提供
4AX9 Human thrombin complexed with Napsagatran, RO0466240 提交 2012-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
链 L 334–361（28 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 N5N 2-[[(2S)-4-[[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]methylamino]-2-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-4-oxidanylidene-butanoyl] -cyclopropyl-amino]ethanoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.196
4AYV Human thrombin - inhibitor complex 提交 2012-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 332–361（30 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 332-361
链 B 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
未记录 9MQ {Benzyl-[(S)-3-[((S)-1-carbamimidoyl-piperidin-3-ylmethyl)-carbamoyl]-2-(naphthalene-2-sulfonylamino)-propionyl]-amino}-acetic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.192
4AYY Human thrombin - inhibitor complex 提交 2012-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 332–361（30 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 332-361
链 B 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
未记录 9MX (R)-1-[(S)-3-[((S)-1-Carbamimidoyl-piperidin-3-ylmethyl)-carbamoyl]-2-(naphthalene-2-sulfonylamino)-propionyl]-4-methyl-piperidine-2-carboxylic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.197
4AZ2 Human thrombin - inhibitor complex 提交 2012-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 332–361（30 aa） 片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 332-361
链 B 364–620（257 aa） 片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620
未记录 9MU (R)-N-((S)-1-CARBAMIMIDOYL-PIPERIDIN-3-YLMETHYL)-2-(NAPHTHALENE-2-SULFONYLAMINO)-3-PHENYL-PROPIONAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.190
4BAH Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.94 Å R-free 0.194
4BAK Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M67 (2S)-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)-1-[(2R)-2-CYCLOHEXYL-2-{[2-OXO-2-(PROPYLAMINO)ETHYL]AMINO}ACETYL]AZETIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.94 Å R-free 0.203
4BAM Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MM9 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.88 Å R-free 0.195
4BAN Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M6S (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.87 Å R-free 0.203
4BAO Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 MVF (2S)-1-[(2R)-2-[(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)amino]-2-cyclohexyl-ethanoyl]-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.87 Å R-free 0.218
4BAQ Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M4Z (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.89 Å R-free 0.221
4BOH Madanins (MEROPS I53) are cleaved by thrombin and factor Xa 提交 2013-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 25% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
4BOH Madanins (MEROPS I53) are cleaved by thrombin and factor Xa 提交 2013-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 364–622（259 aa）
链 B 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, 25% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
4CH2 Low-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM SODIUM FORMATE, 16% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.60 Å R-free 0.187
4CH2 Low-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM SODIUM FORMATE, 16% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.60 Å R-free 0.187
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 328–363（36 aa）
链 F 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 328–363（36 aa）
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4
分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4DIH X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and thrombin binding aptamer in the presence of sodium ions 提交 2012-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Heavy chain fragment (UNP Residues 364-622)
链 L 328–363（36 aa） 片段：Light chain fragment (UNP Residues 328-363)
未记录 ZN ZINC ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10-15% w/v polyethylene glycol 8000, 0.05 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
4DII X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and thrombin binding aptamer in the presence of potassium ions 提交 2012-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：Heavy chain (UNP Residues 364-622)
链 L 328–363（36 aa） 片段：Light chain (UNP Residues 328-363)
未记录 ZN ZINC ION × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10-15% w/v polyethylene glycol 8000, 0.05 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.226
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 332–363（32 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.218
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 332–363（32 aa）
链 D 364–622（259 aa）
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.218
4DY7 Crystal structures of protease nexin-1 in complex with S195A thrombin 提交 2012-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 315–363（49 aa） 片段：UNP residues 315-363
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195A ACT ACETATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；295 K；0.14M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4DY7 Crystal structures of protease nexin-1 in complex with S195A thrombin 提交 2012-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 315–363（49 aa） 片段：UNP residues 315-363
链 E 364–622（259 aa）
突变：S195A CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；295 K；0.14M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.268
4E05 Anophelin from the malaria vector inhibits thrombin through a novel reverse-binding mechanism 提交 2012-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain (UNP residues 364-622)
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain (UNP residues 328-363)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.201
4E06 Anophelin from the malaria vector inhibits thrombin through a novel reverse-binding mechanism 提交 2012-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：heavy chain (UNP residues 364-622)
链 L 328–363（36 aa） 片段：light chain (UNP residues 328-363)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.208
4E7R Thrombin in complex with 3-amidinophenylalanine inhibitor 提交 2012-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0NW 3-[(2S)-3-[4-(2-aminoethyl)piperidin-1-yl]-2-{[(2',4'-dichlorobiphenyl-3-yl)sulfonyl]amino}-3-oxopropyl]benzenecarboximidamide × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20MM SODIUM PHOSPHATE, 175MM SODIUM CHLORIDE, PH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.25 Å R-free 0.223
4E7R Thrombin in complex with 3-amidinophenylalanine inhibitor 提交 2012-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 364–622（259 aa）
链 M 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0NW 3-[(2S)-3-[4-(2-aminoethyl)piperidin-1-yl]-2-{[(2',4'-dichlorobiphenyl-3-yl)sulfonyl]amino}-3-oxopropyl]benzenecarboximidamide × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；277.15 K；15% PEG8000, 20MM SODIUM PHOSPHATE, 175MM SODIUM CHLORIDE, PH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.25 Å R-free 0.223
4H6S Crystal structure of thrombin mutant E14eA/D14lA/E18A/S195A 提交 2012-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 333–363（31 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：E14eA,D14lA,E18A,S195A NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；0.2M NH4Cl and 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.19 Å R-free 0.259
4H6T Crystal structure of prethrombin-2 mutant E14eA/D14lA/E18A/S195A 提交 2012-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 317–622（306 aa）
突变：E14eA,D14lA,E18A,S195A PO4 PHOSPHATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；295 K；0.2M KH2PO4 and 20% PEG 3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
4HFP Structure of thrombin mutant S195a bound to the active site inhibitor argatroban 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 333–363（31 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 15U (2R,4R)-4-methyl-1-(N~2~-{[(3S)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}-L-arginyl)piperidine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Na acetate pH 4.6 and 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.238
4HFP Structure of thrombin mutant S195a bound to the active site inhibitor argatroban 提交 2012-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 333–363（31 aa）
链 D 364–622（259 aa）
突变：S195A NA SODIUM ION × 1 15U (2R,4R)-4-methyl-1-(N~2~-{[(3S)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}-L-arginyl)piperidine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Na acetate pH 4.6 and 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.238
4HTC THE REFINED STRUCTURE OF THE HIRUDIN-THROMBIN COMPLEX 提交 1993-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
4HTC THE REFINED STRUCTURE OF THE HIRUDIN-THROMBIN COMPLEX 提交 1993-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
4HZH Structure of recombinant Gla-domainless prothrombin mutant S525A 提交 2012-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–622（533 aa） 片段：UNP residues 90-622
突变：S525A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris-Hcl, pH 8.5 and 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.30 Å R-free 0.329
4HZH Structure of recombinant Gla-domainless prothrombin mutant S525A 提交 2012-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 90–622（533 aa） 片段：UNP residues 90-622
突变：S525A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris-Hcl, pH 8.5 and 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.30 Å R-free 0.329
4I7Y Crystal Structure of Human Alpha Thrombin in Complex with a 27-mer Aptamer Bound to Exosite II 提交 2012-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN (UNP Residues 364-622)
链 L 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN (UNP Residues 328-363)
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；14% PEG 3350, 0.2 M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4LOY Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D57, 5-Chlorothiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-methyl-3-(2- oxopyrrolidin-1-yl)benzenesulfonylamino]-3-(4-methylpiperazin-1- yl)-3-oxopropyl]amide (SAR107375) 提交 2013-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–620（257 aa） 片段：unp residues 364-620
链 L 334–360（27 aa） 片段：unp residues 334-360
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 6XS 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-chloro-5-fluoro-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-(4-methyl-piperazin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；278 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.77 Å R-free 0.208
4LXB Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 提交 2013-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.61 Å R-free 0.228
4LZ1 X-ray structure of the complex between human thrombin and the TBA deletion mutant lacking thymine 12 nucleobase 提交 2013-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 K POTASSIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；PEG 3350 25%, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis/Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.190
4LZ4 X-ray structure of the complex between human thrombin and the TBA deletion mutant lacking thymine 3 nucleobase 提交 2013-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60% Tacsimate, 1-3% MPEG 5K or PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.56 Å R-free 0.227
4LZ4 X-ray structure of the complex between human thrombin and the TBA deletion mutant lacking thymine 3 nucleobase 提交 2013-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60% Tacsimate, 1-3% MPEG 5K or PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.56 Å R-free 0.227
4MLF Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin 提交 2013-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 331–363（33 aa） 片段：Thrombin light chain (UNP residues 331-363)
链 B 364–622（259 aa） 片段：Thrombin heavy chain (UNP residues 364-622)
突变：D102N NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
4NZQ Crystal structure of Ca2+-free prothrombin deletion mutant residues 146-167 提交 2013-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–188（145 aa）
链 A 211–622（412 aa）
突变：deletion mutant residues 146-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：deletion mutant residues 146-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG300, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.81 Å R-free 0.279
4O03 Crystal structure of Ca2+ bound prothrombin deletion mutant residues 146-167 提交 2013-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–188（145 aa）
链 A 211–622（412 aa）
突变：deletion mutant residues 146-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：deletion mutant residues 146-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 10% PEG 4000 and 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.38 Å R-free 0.279
4RKJ Crystal structure of thrombin mutant S195T (free form) 提交 2014-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 330–363（34 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195T K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；0.2 M K formate and 21% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4RKO Crystal structure of thrombin mutant S195T bound with PPACK 提交 2014-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 322–363（42 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：S195T 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, 15% PEG 6000 and 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.84 Å R-free 0.202
4RN6 Structure of prethrombin-2 mutant s195a bound to the active site inhibitor argatroban 提交 2014-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 333–622（290 aa） 片段：UNP residues 333-622
突变：S195A 15U (2R,4R)-4-methyl-1-(N~2~-{[(3S)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}-L-arginyl)piperidine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM TRIS PH 8.5, 200 mM LI2SO4 AND 30% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.343
4RN6 Structure of prethrombin-2 mutant s195a bound to the active site inhibitor argatroban 提交 2014-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 333–622（290 aa） 片段：UNP residues 333-622
突变：S195A 15U (2R,4R)-4-methyl-1-(N~2~-{[(3S)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}-L-arginyl)piperidine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM TRIS PH 8.5, 200 mM LI2SO4 AND 30% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.343
4THN THE CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-THROMBIN-HIRUNORM IV COMPLEX REVEALS A NOVEL SPECIFICITY SITE RECOGNITION MODE. 提交 1998-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.50 Å
4UD9 Thrombin in complex with 5-chlorothiophene-2-carboxamide 提交 2014-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-622
链 L 333–360（28 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-360
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FQI 5-CHLORO-2-THIOPHENECARBOXAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.12 Å R-free 0.141
4UDW Thrombin in complex with 1-(2R)-2-amino-3-phenyl-propanoyl-N-(2, 5dichlorophenyl)methylpyrrolidine-2-carboxamide 提交 2014-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-620
链 L 333–360（28 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-360
未记录 NA SODIUM ION × 2 N6L D-phenylalanyl-N-(2,5-dichlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.16 Å R-free 0.141
4UE7 Thrombin in complex with 1-amidinopiperidine 提交 2014-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-621
链 L 333–360（28 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-360
未记录 IOD IODIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.13 Å R-free 0.139
4UEH Thrombin in complex with benzamidine 提交 2014-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-361
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.16 Å R-free 0.138
4UFD Thrombin in complex with 4-(((1-((2S)-1-((2R)-2-(benzylsulfonylamino)- 3-phenyl-propanoyl)pyrrolidin-2-yl)-1-oxo-ethyl)amino)methyl) benzamidine 提交 2015-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 S49 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-3-phenyl-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.43 Å R-free 0.159
4UFE Thrombin in complex with (2R)-2-(benzylsulfonylamino)-N-(2-((4- carbamimidoylphenyl)methylamino)-2-oxo-butyl)-3-phenyl-propanamide 提交 2015-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 3ZD (2R)-N-[(2S)-1-[(4-carbamimidoylphenyl)methylamino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-3-phenyl-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]propanamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, PH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.182
4UFF Thrombin in complex with (2R)-2-(benzylsulfonylamino)-N-(2-((4- carbamimidoylphenyl)methylamino)-2-oxo-ethyl)-N-methyl-3-phenyl- propanamide 提交 2015-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 6V2 (2R)-2-(benzylsulfonylamino)-N-(2-((4-carbamimidoylphenyl)methylamino)-2-oxo-ethyl)-N-methyl-3-phenyl-propanamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.55 Å R-free 0.187
4UFG Thrombin in complex with (2R)-2-(benzylsulfonylamino)-N-((1S)-2-((4- carbamimidoylphenyl)methylamino)-1-methyl-2-oxo-ethyl)-N-methyl-3- phenyl-propanamide ethane 提交 2015-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 D6J (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-2-[methyl-[(2R)-3-phenyl-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]propanoyl]amino]butanamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.65 Å R-free 0.186
4YES Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium 提交 2015-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 45S N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris
分辨率 1.50 Å R-free 0.234
5A2M Thrombin Inhibitor 提交 2015-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-361
未记录 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 WX5 (2S)-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]pentanoyl]-N-[[5-chloranyl-2-(hydroxymethyl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS&METHODS OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.159
5AF9 Thrombin in complex with 4-Methoxy-N-(2-pyridinyl)benzamide 提交 2015-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：THROMBIN LIGHT CHAIN, UNP RESIDUES 333-361
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SJR 4-methoxy-N-(pyridin-2-yl)benzamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.18 Å R-free 0.137
5AFY Thrombin in complex with 3-chloro-benzamide 提交 2015-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 WCE 3-CHLORO-BENZAMIDE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.12 Å R-free 0.138
5AFZ Thrombin in complex with (2R)-2-(benzylsulfonylamino)-N-(2-((4- carbamimidoylphenyl)methylamino)-2-oxo-propyl)-3-phenyl-propanamide 提交 2015-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 UET N-(BENZYLSULFONYL)-D-PHENYLALANYL-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)GLYCINAMIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIALS AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.53 Å R-free 0.174
5AHG Thrombin in complex with ((4-chlorophenyl)sulfamoyl))diemethylamine 提交 2015-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa） 片段：RESIDUES 364-621
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 Y4L ((4-Chlorophenyl)sulfamoyl))dimethylamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE MATERIAL AND METHODS SECTION OF PUBLICATION, pH 7.5
分辨率 1.24 Å R-free 0.144
5CMX X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a duplex/quadruplex 31-mer DNA aptamer 提交 2015-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium malonate pH 7, 18 % PEG 3350
分辨率 2.98 Å R-free 0.231
5DO4 Thrombin-RNA aptamer complex 提交 2015-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；5% [w/v] PEG-6000, 2.5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 50 mM HEPES
分辨率 1.86 Å R-free 0.224
5E8E Crystal structure of thrombin bound to an exosite 1-specific IgA Fab 提交 2015-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa） 片段：COAGULATION FACTOR II
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；298 K；100MM SODIUM PHOSPHATE/CITRATE, PH 4.2, 40% PEG300
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
5EDK Crystal structure of prothrombin deletion mutant residues 146-167 ( Form II ). 提交 2015-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–622（579 aa）
突变：Deletion mutant residues 146-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；293 K；0.2 M di-Na hydrogen phosphate and 20% PEG 3350
分辨率 3.21 Å R-free 0.323
5EDM Crystal structure of prothrombin deletion mutant residues 154-167 ( Form I ) 提交 2015-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–622（579 aa）
突变：deletion mutant residues 154-167 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH 6.5 and 1.6 M MgSO4
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
5EW1 Human thrombin sandwiched between two DNA aptamers: HD22 and HD1-deltaT3 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；28% MPEG 2000, 0.1 M Bis/Tris pH 6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.208
5EW2 Human thrombin sandwiched between two DNA aptamers: HD22 and HD1-deltaT12 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；18% PEG 3350, 0.2 M Sodium Formate, 2% acetonitrile
分辨率 3.59 Å R-free 0.268
5GDS HIRUNORMS ARE TRUE HIRUDIN MIMETICS. THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX 提交 1997-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；THE CRYSTALS OF THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX WERE GROWN, AS DESCRIBED BY SKRZYPEZAK ET AL. (1991) J. MOL. BIOL.,221,1379-1393 BY VAPOR DIFFUSION METHODS AT 4 C. A 6 MICROLITER DROP, CONTAINING 0.05 M SODIUM HEPES (PH 7.0) 10% (W/V) PEG 4000 0.02% NAN3, 20 MG/ML. THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX WAS EQUILIBRATED AGAINST A PRECIPITATING SOLUTION CONTAINING 0.1 M SODIUM HEPES (PH 7.0) 20% (W/V) PEG 4000 0.04% NAN3. CRYSTAL OF THROMBIN:HIRUGEN COMPLEX WERE CRUSHED AND INDIVIDUAL SEEDS WERE USED FOR CROSS-SEEDING EXPERIMENTS., vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.10 Å
5GIM Crystal structure of thrombin-avathrin complex 提交 2016-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.1M HEPES, 20-25% PEG 8000
分辨率 2.09 Å R-free 0.216
5JDU Crystal structure for human thrombin mutant D189A 提交 2016-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–363（33 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：D189A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；200 mM KCl and 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.206
5JDU Crystal structure for human thrombin mutant D189A 提交 2016-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 331–363（33 aa）
链 D 364–622（259 aa）
突变：D189A CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；200 mM KCl and 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.206
5JFD Thrombin in complex with (S)-N-(2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl)-1-((benzylsulfonyl)-D-arginyl)pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NACl, 27% PEG 8000,
分辨率 1.46 Å R-free 0.163
5JZY Thrombin in complex with (S)-1-((R)-2-amino-3-cyclohexylpropanoyl)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 6OV 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.27 Å R-free 0.142
5L6N Disulfated madanin-thrombin complex 提交 2016-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MMT buffer pH 7.0, 30% (w/v) PEG 1500
分辨率 1.63 Å R-free 0.199
5LCE Thrombin in complex with (S)-1-((R)-2-amino-3-cyclohexylpropanoyl)-N-(5-chloro-2-(hydroxymethyl)benzy l)pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 6TH (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-cyclohexyl-propanoyl]-~{N}-[[5-chloranyl-2-(hydroxymethyl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.39 Å R-free 0.168
5LPD Thrombin in complex with (S)-1-((R)-2-amino-3-cyclohexylpropanoyl)-N-(2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl) pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 71U (2~{S})-~{N}-[[2-(aminomethyl)-5-chloranyl-phenyl]methyl]-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-cyclohexyl-propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.50 Å R-free 0.170
5MJT Thrombin Mutant A190S in complex with (S) -1 - ((R) -2-amino-3,3-diphenylpropanoyl) -N- (3-chlorobenzyl) pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.40 Å R-free 0.172
5MLS Thrombin Mutant A190S in complex with (S)-1-(D-phenylalanyl)-N-(3-chlorobenzyl)pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.62 Å R-free 0.180
5MM6 Thrombin Mutant A190S in complex with (S)-1-(D-phenylalanyl)-N-(4-carbamimidoylbenzyl)pyrrolidine-2-carboxamide 提交 2016-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.29 Å R-free 0.142
5NHU HUMAN ALPHA THROMBIN COMPLEXED WITH ANOPHELES GAMBIAE cE5 ANTICOAGULANT 提交 2017-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；Drops consisting of equal volumes (1 microliter) of protein complex (at 6.4 mg/mL) and precipitant solution (0.1M PCTP pH 5.0, 25% w/v PEG 1500) equilibrated against a 300 microliter reservoir.
分辨率 1.45 Å R-free 0.203
5NHU HUMAN ALPHA THROMBIN COMPLEXED WITH ANOPHELES GAMBIAE cE5 ANTICOAGULANT 提交 2017-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 364–622（259 aa）
链 B 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；Drops consisting of equal volumes (1 microliter) of protein complex (at 6.4 mg/mL) and precipitant solution (0.1M PCTP pH 5.0, 25% w/v PEG 1500) equilibrated against a 300 microliter reservoir.
分辨率 1.45 Å R-free 0.203
5NHU HUMAN ALPHA THROMBIN COMPLEXED WITH ANOPHELES GAMBIAE cE5 ANTICOAGULANT 提交 2017-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 364–622（259 aa）
链 D 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；Drops consisting of equal volumes (1 microliter) of protein complex (at 6.4 mg/mL) and precipitant solution (0.1M PCTP pH 5.0, 25% w/v PEG 1500) equilibrated against a 300 microliter reservoir.
分辨率 1.45 Å R-free 0.203
5TO3 Crystal structure of thrombin mutant W215A/E217A fused to EGF456 of thrombomodulin via a 31-residue linker and bound to PPACK 提交 2016-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–363（46 aa）
链 B 364–621（258 aa）
突变：W215A, E217A 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES and 20% PEG 8000
分辨率 2.34 Å R-free 0.255
5Z5W VFR12 in complex with LPS micelles 提交 2018-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 606–617（12 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM Thrombin C-terminal Peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5Z5X HVF18 in complex with LPS micelles 提交 2018-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–622（18 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM HVF18, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6BJR Crystal structure of prothrombin mutant S101C/A470C 提交 2017-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–622（579 aa）
突变：S101C, A470C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；100 mM Bicine, pH 8.5 and 16% PEG3350
分辨率 6.00 Å R-free 0.293
6C2W Crystal structure of human prothrombin mutant S101C/A470C 提交 2018-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 44–622（579 aa）
突变：S101C, A470C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；277 K；100 mM Bicine, pH 9.0 and 11% PEG 3350
分辨率 4.12 Å R-free 0.333
6C2W Crystal structure of human prothrombin mutant S101C/A470C 提交 2018-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 44–622（579 aa）
突变：S101C, A470C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；277 K；100 mM Bicine, pH 9.0 and 11% PEG 3350
分辨率 4.12 Å R-free 0.333
6CYM Reversible Covalent Direct Thrombin Inhibitors 提交 2018-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 364–622（259 aa）
链 B 334–361（28 aa）
未记录 71F 2-methoxybenzoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；294 K；For complex formation, 2 mg human alpha-thrombin (7.1 mg/mL in 50% v/v glycerol) were mixed with 0.5 mM Compound 1 in DMSO and dialyzed overnight into a solution of 20 mM sodium citrate and 1.3 mM Na2SO4 (pH 5.8). After dialysis, another 0.5 mM compound were added and left to incubate at room temperature for 1 h. The protein was centrifuged for 5 min at 4 deg C and 8000x RCF. The pellet, including about 120 uL of buffer, was mixed with 100 uL of a solution containing 50 mM sodium phosphate (pH 7.3), 190 mM sodium chloride, and 0.2 mM Compound 1. The crystal used for data collection was grown from the JCSG+ screen in well A10. The crystal was grown at 20 deg C using a MRC 3-well plate and in a 150 + 150 nL drop with a reservoir of 0.2 M potassium formate and 20% w/v PEG-3350.
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6CYM Reversible Covalent Direct Thrombin Inhibitors 提交 2018-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 364–622（259 aa）
链 D 334–361（28 aa）
未记录 71F 2-methoxybenzoic acid × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；294 K；For complex formation, 2 mg human alpha-thrombin (7.1 mg/mL in 50% v/v glycerol) were mixed with 0.5 mM Compound 1 in DMSO and dialyzed overnight into a solution of 20 mM sodium citrate and 1.3 mM Na2SO4 (pH 5.8). After dialysis, another 0.5 mM compound were added and left to incubate at room temperature for 1 h. The protein was centrifuged for 5 min at 4 deg C and 8000x RCF. The pellet, including about 120 uL of buffer, was mixed with 100 uL of a solution containing 50 mM sodium phosphate (pH 7.3), 190 mM sodium chloride, and 0.2 mM Compound 1. The crystal used for data collection was grown from the JCSG+ screen in well A10. The crystal was grown at 20 deg C using a MRC 3-well plate and in a 150 + 150 nL drop with a reservoir of 0.2 M potassium formate and 20% w/v PEG-3350.
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6EO6 X-ray structure of the complex between human alpha-thrombin and modified 15-mer DNA aptamer containing 5-(3-(2-(1H-indol-3-yl)acetamide-N-yl)-1-propen-1-yl)-2'-deoxyuridine residue 提交 2017-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；18% W/V PEG4000, 20% V/V 2-PROPANOL, 0.2 M SODIUM CITRATE
分辨率 1.69 Å R-free 0.168
6EO7 X-ray structure of the complex between human alpha-thrombin and modified 15-mer DNA aptamer containing 5-(3-(acetamide-N-yl)-1-propen-1-yl)-2'-deoxyuridine residue 提交 2017-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；25% W/V PEG4000, 24% V/V 2-PROPANOL, 0.2 M SODIUM CITRATE
分辨率 2.24 Å R-free 0.208
6EO8 Crystal structure of thrombin in complex with a novel glucose-conjugated potent inhibitor 提交 2017-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 2FN N-(2-{[5-(5-chlorothiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]methoxy}-6-[3-(beta-D-glucopyranosyloxy)propoxy]phenyl)-1-(propan-2-yl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 4000, 0.1M HEPES pH7.0, 0.75M NaCl, 0.04% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.94 Å R-free 0.248
6EO9 Crystal structure of thrombin in complex with a novel glucose-conjugated potent inhibitor 提交 2017-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 2OJ N-(2-{[5-(5-chlorothiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]methoxy}-6-{3-[(2,3,4,6-tetra-O-acetyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]propoxy}phenyl)-1-(propan-2-yl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 4000, 0.1M HEPES pH7.0, 0.75M NaCl, 0.04% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, temperature 293K
分辨率 1.84 Å R-free 0.248
6EVV X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and NU172, a duplex/quadruplex 26-mer DNA aptamer, in the presence of potassium ions. 提交 2017-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–360（33 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Tacsimate 50 % v/v, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.205
6FJT 4-chloro-benzamidine in complex with thrombin 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa）
链 L 333–360（28 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DKQ 4-chloranylbenzenecarboximidamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20 mM NaH2PO4, pH 7.5 350 mM NaCl 2mM benzamidine at a concentration of 10 mg/mL thrombin
分辨率 1.27 Å R-free 0.151
6GBW Thrombin in complex with MI2100 ((S)-N-(2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl)-1-((benzylsulfonyl)-L-arginyl)pyrrolidine-2-carboxamide) 提交 2018-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EU5 (2~{S})-~{N}-[[2-(aminomethyl)-5-chloranyl-phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-5-carbamimidamido-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350 mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.45 Å R-free 0.165
6GN7 X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and NU172, a duplex/quadruplex 26-mer DNA aptamer, in the presence of sodium ions. 提交 2018-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Tacsimate 50 % v/v, pH 7.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.203
6GWE Crystal structure of Thrombin bound to P2 macrocycle 提交 2018-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 364–622（259 aa）
链 B 328–363（36 aa）
未记录 ODB (10S,14S,17R)-14-(3-carbamimidamidopropyl)-3-[[2-(hydroxymethyl)phenyl]methyl]-5,12,15-tris(oxidanylidene)-19-thia-3,6,13,16-tetrazatricyclo[19.4.0.0^{6,10}]pentacosa-1(21),22,24-triene-17-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% ethylene glycol 100 mM MES pH 6.2 15% w/v PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
6GWE Crystal structure of Thrombin bound to P2 macrocycle 提交 2018-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 ODB (10S,14S,17R)-14-(3-carbamimidamidopropyl)-3-[[2-(hydroxymethyl)phenyl]methyl]-5,12,15-tris(oxidanylidene)-19-thia-3,6,13,16-tetrazatricyclo[19.4.0.0^{6,10}]pentacosa-1(21),22,24-triene-17-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% ethylene glycol 100 mM MES pH 6.2 15% w/v PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
6HSX Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-diaminopyridine derivative 提交 2018-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOZ (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[[2,6-bis(azanyl)pyridin-4-yl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate pH 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000
分辨率 1.56 Å R-free 0.183
6I51 Thrombin in complex with fragment J02 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 F05 1H-isoindol-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20 mM NaH2PO4, pH 7.5 350 mM NaCl 2 mM benzamidine at a conc. of 10 mg/ml thrombin
分辨率 1.40 Å R-free 0.169
6P9U Crystal structure of human thrombin mutant W215A 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 333–363（31 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：W215A ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10 mM ZnSO4, 100 mM MES and 25% PEG 550 MME
分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6P9U Crystal structure of human thrombin mutant W215A 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 333–363（31 aa）
链 D 364–622（259 aa）
突变：W215A ZN ZINC ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10 mM ZnSO4, 100 mM MES and 25% PEG 550 MME
分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6P9U Crystal structure of human thrombin mutant W215A 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 333–363（31 aa）
链 F 364–622（259 aa）
突变：W215A ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10 mM ZnSO4, 100 mM MES and 25% PEG 550 MME
分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6P9U Crystal structure of human thrombin mutant W215A 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 333–363（31 aa）
链 H 364–622（259 aa）
突变：W215A ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10 mM ZnSO4, 100 mM MES and 25% PEG 550 MME
分辨率 3.30 Å R-free 0.308
6PX5 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MEIZOTHROMBIN DESF1 MUTANT S195A bound with PPACK 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 364–622（259 aa）
链 X 212–363（152 aa）
突变：S195A ZN ZINC ION × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10 mM zinc sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, 25% PEG 550 MME
分辨率 2.40 Å R-free 0.282
6PXJ Crystal structure of human thrombin mutant I16T 提交 2019-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；200 mM Mg formate, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6PXJ Crystal structure of human thrombin mutant I16T 提交 2019-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；200 mM Mg formate, 20% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6PXQ Crystal structure of human thrombin mutant D194A 提交 2019-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 331–363（33 aa）
链 B 364–622（259 aa）
突变：D194A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；200 mM di-Na phosphate and 20% PEG 3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
6ROT Thrombin in complex with MI2105 提交 2019-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 KDQ (2~{S})-~{N}-[[5-chloranyl-2-(hydroxymethyl)phenyl]methyl]-1-[2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]ethanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.34 Å R-free 0.157
6T3M Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-p-phenol derivative 提交 2019-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MD8 (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(4-hydroxyphenyl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4 (pH 7.5), 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.38 Å R-free 0.158
6T3Q Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-2-aminopyridine derivative 提交 2019-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 M6Q (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(2-azanylpyridin-4-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4 (pH 7.5), 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.33 Å R-free 0.146
6T4A Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-p-aminopyridine derivative 提交 2019-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 J5K (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(6-azanylpyridin-3-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4 (pH 7.5), 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.31 Å R-free 0.148
6T52 Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-imidazole derivative 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MJH (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[2-(1~{H}-imidazol-4-yl)ethyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.45 Å R-free 0.161
6T53 Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-p-benzylamine derivative 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 K73 (2~{S})-~{N}-[[4-(aminomethyl)phenyl]methyl]-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.35 Å R-free 0.151
6T54 Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-2-bromothiophene Derivative 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MJK (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(5-bromanylthiophen-2-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.57 Å R-free 0.170
6T55 Thrombin in Complex with Methylbenzylamine 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 02N 1-(4-methylphenyl)methanamine × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.39 Å R-free 0.172
6T56 Thrombin in Complex with Benzylamine 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 ABN BENZYLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.31 Å R-free 0.163
6T57 Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-N-amidinopiperidine Derivative 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 J3I (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(1-carbamimidoylpiperidin-4-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 1.57 Å R-free 0.213
6T7H Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle N14-PR4-A 提交 2019-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MRQ (14S,17R)-14-(3-carbamimidamidopropyl)-3-(furan-2-ylmethyl)-5,12,15-tris(oxidanylidene)-19-thia-3,6,13,16-tetrazatricyclo[19.4.0.0^{6,10}]pentacosa-1(25),7,9,21,23-pentaene-17-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18 % w/v PEG 4000 0.1 M Tris pH 9.0 0.3 M Sodium acetate trihydrate 20 % v/v Ethylene glycol
分辨率 2.32 Å R-free 0.239
6T7H Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle N14-PR4-A 提交 2019-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MRQ (14S,17R)-14-(3-carbamimidamidopropyl)-3-(furan-2-ylmethyl)-5,12,15-tris(oxidanylidene)-19-thia-3,6,13,16-tetrazatricyclo[19.4.0.0^{6,10}]pentacosa-1(25),7,9,21,23-pentaene-17-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18 % w/v PEG 4000 0.1 M Tris pH 9.0 0.3 M Sodium acetate trihydrate 20 % v/v Ethylene glycol
分辨率 2.32 Å R-free 0.239
6T89 Thrombin in complex with (S)-N-(tert-butyl)-4-(3-(3-carbamimidoylphenyl)-2-((2',4'-dimethoxy-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)propanoyl)piperazine-1-carboxamide (MI-498) 提交 2019-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 MUQ 4-[(2~{S})-3-(3-carbamimidoylphenyl)-2-[[3-(4-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)phenyl]sulfonylamino]propanoyl]-~{N}-methyl-piperazine-1-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350 mM NaCl 27 % PEG 8000
分辨率 2.00 Å R-free 0.215
6T8A Thrombin in complex with diphenyl ((4-carbamimidoylphenyl)((S)-1-((R)-3-cyclohexyl 2-((phenylmethyl)sulfonamido)propanoyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phosphonate (MI-492) 提交 2019-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 MUZ [(~{R})-(4-carbamimidoylphenyl)-[[(2~{S})-1-[(2~{R})-3-cyclohexyl-2-[(phenylmethyl)sulfonylamino]propanoyl]pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]methyl]-phenoxy-phosphinous acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350 mM NaCl 27 % PEG 8000
分辨率 1.62 Å R-free 0.185
6TDT Thrombin in Complex with a D-DiPhe-Pro-p-pyridine derivative 提交 2019-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 LXW (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3,3-diphenyl-propanoyl]-~{N}-(pyridin-4-ylmethyl)pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM Sodium dihydrogen phosphate, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.53 Å R-free 0.177
6TKG Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - orthorhombic form at 12keV 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25 % (w/v) PEG 3350
分辨率 1.35 Å R-free 0.195
6TKH Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - orthorhombic form at 7keV 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25 % (w/v) PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.200
6TKI Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - tetragonal form at 12.7keV 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.01 M magnesium sulfate, 2 M ammonium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
6TKJ Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - tetragonal form at 7keV 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.01 M magnesium sulfate, 2 M ammonium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.244
6TKL Non-cleavable tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 28 % (w/v) PEG 3350
分辨率 1.30 Å R-free 0.176
6V5T Crystal structure of human prethrombin-2 with tryptophans replaced by 5-F-tryptophan 提交 2019-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 333–622（290 aa） 片段：Light and heavy chain, residues 333-622
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 25% PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6V64 Crystal structure of human thrombin bound to ppack with tryptophans replaced by 5-F-tryptophan 提交 2019-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–363（30 aa） 片段：residues 334-363
链 B 364–622（259 aa） 片段：residues 364-622
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Na/K tartrate pH 7.5 14% PEG 3350
分辨率 2.29 Å R-free 0.277
6Y02 Thrombin in complex with 13k 提交 2020-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 O5Z (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(5-bromanylfuran-2-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.48 Å R-free 0.164
6Y9H Thrombin in complex with D-Phe-Pro-m-Trifluoromethylbenzylamide derivative (phe2) 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.48 Å R-free 0.170
6YB6 Thrombin in complex with D-Phe-Pro-3-chloro-1,3-dihydroxybenzylamide derivative (13c) 提交 2020-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.33 Å R-free 0.153
6YHG Thrombin in complex with D-Phe-Pro-m-methoxybenzylamide derivative (16a) 提交 2020-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 DPN D-PHENYLALANINE × 1 PRO PROLINE × 1 SZ4 1-(3-methoxyphenyl)methanamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.33 Å R-free 0.145
6YHJ Thrombin in complex with D-Phe-Pro-2-chlorothiophen derivative (16e) 提交 2020-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 OQZ (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(5-chloranylthiophen-2-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.44 Å R-free 0.154
6YMP Thrombin in complex with 3-((5-(tert-butyl)isoxazol-3-yl)methyl)oxetan-3-amine (j54) 提交 2020-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 D6Y 3-[(5-tert-butyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]oxetan-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.42 Å R-free 0.154
6YN3 Thrombin in complex with 4-hydroxybenzamide (j89) 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 HBD 4-HYDROXYBENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.49 Å R-free 0.167
6YQV Thrombin in complex with 5-chlorothiophene-2-sulfonamide (j94) 提交 2020-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 8K2 5-chloranylthiophene-2-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.45 Å R-free 0.163
6YSJ Thrombin in complex with 2-amino-1-(4-bromophenyl)ethan-1-one (j10) 提交 2020-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 47A 2-amino-1-(4-bromophenyl)ethanone × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.45 Å R-free 0.168
6YSX Thrombin in complex with 4-amino-N-(5-methylisoxazol-3-yl)benzenesulfonamide (j80) 提交 2020-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 08D Sulfamethoxazole × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.48 Å R-free 0.162
6Z48 Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE 提交 2020-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X1V 5-chloranyl-N-[[(4S,15R)-2,5,13,16-tetrakis(oxidanylidene)-15-propan-2-yl-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/sodium HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD
分辨率 2.27 Å R-free 0.242
6Z48 Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE 提交 2020-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X1V 5-chloranyl-N-[[(4S,15R)-2,5,13,16-tetrakis(oxidanylidene)-15-propan-2-yl-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/sodium HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD
分辨率 2.27 Å R-free 0.242
6Z48 Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE 提交 2020-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X1V 5-chloranyl-N-[[(4S,15R)-2,5,13,16-tetrakis(oxidanylidene)-15-propan-2-yl-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/sodium HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD
分辨率 2.27 Å R-free 0.242
6Z48 Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle X1vE 提交 2020-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 328–363（36 aa）
链 F 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X1V 5-chloranyl-N-[[(4S,15R)-2,5,13,16-tetrakis(oxidanylidene)-15-propan-2-yl-9,10-dithia-3,6,14,17-tetrazabicyclo[17.3.1]tricosa-1(22),19(23),20-trien-4-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/sodium HEPES pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD
分辨率 2.27 Å R-free 0.242
6Z8V X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a thrombin binding aptamer variant (TBA-3L), which contains 1-beta-D-lactopyranosyl residue in the side chain of Thy3 at N3. 提交 2020-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；200 mM KCl, 35% v/v pentaerythritol propoxylate, 50 mM HEPES, pH 7.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.206
6Z8W X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a thrombin binding aptamer variant (TBA-3G), which contains 1-beta-D-glucopyranosyl residue in the side chain of Thy3 at N3. 提交 2020-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；200 mM KCl, 35% v/v pentaerythritol propoxylate, 50 mM HEPES, pH 7.5
分辨率 1.73 Å R-free 0.207
6Z8X X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a thrombin binding aptamer variant (TBA-3Leu), which contains leucyl amide in the side chain of Thy3 at N3. 提交 2020-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；18% v/v 2-propanol, 18% w/v PEG 4000, 100 mM tri-sodium citrate, pH 5.6
分辨率 2.53 Å R-free 0.291
6ZGO Thrombin in complex with D-Phe-Pro-2-chlorofuran derivative (13l) 提交 2020-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 QKE (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(5-chloranylfuran-2-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate ph 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.225
6ZUG Crystal Structure of Thrombin in complex with compound10 提交 2020-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–621（258 aa）
链 L 333–361（29 aa）
未记录 QPW 2-[(3-chlorophenyl)methylamino]-7-methoxy-~{N}-[[(3~{S})-oxolan-3-yl]methyl]-~{N}-propyl-1,3-benzoxazole-5-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
6ZUH Crystal Structure of Thrombin in complex with compound17 提交 2020-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 N6H [2-[(3-chlorophenyl)methylamino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-(2,2-dimethylmorpholin-4-yl)methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
6ZUN Crystal Structure of Thrombin in complex with compound20a 提交 2020-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 QQ5 [2-[(3-chlorophenyl)methylamino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-[(3~{R},4~{R})-3-methyl-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.79 Å R-free 0.262
6ZUU Crystal structure of Thrombin in complex with compound30 提交 2020-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 QQN [2-[(3-chlorophenyl)methylamino]-4-methoxy-1,3-benzoxazol-6-yl]-[(3~{R},4~{R})-3-methyl-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6ZUW Crystal Structure of Thrombin in complex with compound40 提交 2020-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 QQK [2-[[(1~{R})-1-(3-chlorophenyl)ethyl]amino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-[(2~{S},5~{R})-5-ethyl-2-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-morpholin-4-yl]methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
6ZUX Crystal Structure of Thrombin in complex with compound42a 提交 2020-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 QQE [2-[[(1~{R})-1-(3-chlorophenyl)ethyl]amino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-[(2~{S},5~{S})-5-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-morpholin-4-yl]methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.94 Å R-free 0.206
6ZV7 Crystal Structure of Thrombin in complex with compound42b 提交 2020-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 QQW [2-[[(1~{R})-1-(3-chlorophenyl)ethyl]amino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-[(2~{R},5~{R})-5-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-morpholin-4-yl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.94 Å R-free 0.190
6ZV8 Crystal Structure of Thrombin in complex with compound51 提交 2020-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THE MAJORITY OF THE SEQUENCE
链 L 328–363（36 aa） 片段：POTENIALLY THE FIRST EXON
未记录 QQT [2-[[(1~{S})-1-(3-chlorophenyl)-2-fluoranyl-ethyl]amino]-7-methoxy-1,3-benzoxazol-5-yl]-[(2~{S},5~{S})-5-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-morpholin-4-yl]methanone × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.02 M phosphate buffer pH 7.5, 27% PEG 8000, 100 mM NaCl
分辨率 1.70 Å R-free 0.247
7AC9 Thrombin in complex with D-arginine (j77) 提交 2020-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DAR D-ARGININE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.5 350mM NaCl 27% PEG 8000
分辨率 1.39 Å R-free 0.163
7KME CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITED WITH SEL2711. 提交 1999-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；pH 7.30
分辨率 2.10 Å
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 328–363（36 aa）
链 C 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 328–363（36 aa）
链 E 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 328–363（36 aa）
链 G 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 328–363（36 aa）
链 J 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7MJ5 complex of human thrombin with XC-43 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 328–363（36 aa）
链 M 364–622（259 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M magnesium acetate, 9 % PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.193
7NTU X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and two duplex/quadruplex aptamers: NU172 and HD22_27mer 提交 2021-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；26% w/v PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7NTU X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and two duplex/quadruplex aptamers: NU172 and HD22_27mer 提交 2021-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；26% w/v PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7PHX Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - acid-stable sulfotyrosine analogue 提交 2021-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
7SR9 Human alpha-thrombin with 180- and 220- loops replaced with homologous loops from protein C 提交 2021-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 329–363（35 aa） 片段：UNP residues 328-363
链 B 364–619（256 aa） 片段：UNP residues 364-622
突变：Y184A I, K 184B L, K186D, P186 deleted, D186A deleted, E186B deleted, G188Q, D 221A G, R221L, D222L, G223H, K224N SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 30% PEG4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.227
7TPP Cryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angstrom resolution 提交 2022-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 44–622（579 aa） 片段：UNP residues 44-622
突变：S525A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7ZKL X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form alpha 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 JL0 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate × 1 JKR 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Tacsimate 46% v/v, pH 7.0
分辨率 3.18 Å R-free 0.231
7ZKM X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form beta 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 JL0 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate × 2 JKR 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；PEG 4000 20% w/v, 2-propanol 20% v/v, trisodium citrate 0.1 M, pH 5.6
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
7ZKN X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form gamma 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 JL0 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate × 2 JKR 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350 25% w/v, ammonium acetate 0.2 M, Bis-Tris 0.1 M, pH 6.5
分辨率 3.03 Å R-free 0.243
7ZKN X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form gamma 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 JL0 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate × 2 JKR 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350 25% w/v, ammonium acetate 0.2 M, Bis-Tris 0.1 M, pH 6.5
分辨率 3.03 Å R-free 0.243
7ZKO X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form delta 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 JL0 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate × 1 JKR 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350 30% w/v, 0.2 M sodium malonate, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.295
8ASE Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle T3 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NWR (8~{S},14~{S},18~{E})-8-[(4-chlorophenyl)methyl]-3,21-dithia-7,10,16-triazatricyclo[21.2.2.1^{10,14}]octacosa-1(26),18,23(27),24-tetraene-6,9,15-trione × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium sulfate, 25% w/v PEG 3350 pH 5.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.250
8ASE Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle T3 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NWR (8~{S},14~{S},18~{E})-8-[(4-chlorophenyl)methyl]-3,21-dithia-7,10,16-triazatricyclo[21.2.2.1^{10,14}]octacosa-1(26),18,23(27),24-tetraene-6,9,15-trione × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium sulfate, 25% w/v PEG 3350 pH 5.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.250
8ASF Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle T1 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 328–363（36 aa）
未记录 NWF 5-chloranyl-~{N}-[[(9~{S},15~{R})-8,14,17-tris(oxidanylidene)-3,20-dithia-7,13,16-triazatetracyclo[20.2.2.1^{5,7}.1^{9,13}]octacosa-1(25),22(26),23-trien-15-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM sodium acetate, 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 8% w/v PEG 3350, pH 4.5
分辨率 2.58 Å R-free 0.240
8ASF Crystal structure of Thrombin in complex with macrocycle T1 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NWF 5-chloranyl-~{N}-[[(9~{S},15~{R})-8,14,17-tris(oxidanylidene)-3,20-dithia-7,13,16-triazatetracyclo[20.2.2.1^{5,7}.1^{9,13}]octacosa-1(25),22(26),23-trien-15-yl]methyl]thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM sodium acetate, 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 8% w/v PEG 3350, pH 4.5
分辨率 2.58 Å R-free 0.240
8BW5 X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and the duplex/quadruplex aptamer M08s-1_41mer 提交 2022-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa） 片段：THROMBIN HEAVY CHAIN, UNP RESIDUES 364-622
链 L 328–363（36 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 8000 20% w/v, magnesium acetate 0.2 M, sodium cacodylate 0.1 M, pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
8BWW Targeting Toll-like receptor-driven systemic inflammation by engineering an innate structural fold into drugs 提交 2022-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–622（18 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 1.6 mM sHVF18, 50 % v/v TFE, 10 % v/v D2O, 200 uM DSS, 0.02 % v/v sodium azide, trifluoroethanol/water | trifluoroethanol/water
分辨率未提供
8KME CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITED WITH SEL2770. 提交 1999-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 328–363（36 aa） 片段：LIGHT CHAIN
链 2 364–622（259 aa） 片段：HEAVY CHAIN
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；0.1 M SODIUM PHASPATE BUFFER, PH 7.3 28 % PEG 8000
分辨率 2.10 Å
8RTN Human thrombin in complex with a trivalent inhibitor 提交 2024-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–622（622 aa）
链 L 1–622（622 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M lithium citrate tribasic tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.51 Å R-free 0.213
8TQS Complex of human thrombin (S195A) bound to a bivalent inhibitor comprised of DNA Aptamer HD22 conjugated to Dabigatran with a linker. 提交 2023-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 320–360（41 aa）
突变：S195A MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 4CC N-[(2-{[(4-carbamimidoylphenyl)amino]methyl}-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)carbonyl]-N-pyridin-2-yl-beta-alanine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1 M MES monohydrate pH 6, 22% (v/v) polyethylene glycol 400 (Hampton PEGRx1 #08)
分辨率 2.21 Å R-free 0.245
8UF7 Cryo-EM structure of POmAb, a Type-I anti-prothrombin antiphospholipid antibody, bound to kringle-1 of human prothrombin 提交 2023-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 44–622（579 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9C50 Replacement of a single residue changes the primary specificity of thrombin 提交 2024-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 328–363（36 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M succinic acid, 15% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
9C50 Replacement of a single residue changes the primary specificity of thrombin 提交 2024-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 328–363（36 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M succinic acid, 15% PEG3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
9CLN Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 5 (Ad5)-hexon-FII complex at 3.9A resolution 提交 2024-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Z 1–622（622 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.13 Å
9CLS Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 6 (Ad6)-hexon-FII complex 提交 2024-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Z 1–622（622 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9CMO Cryo-EM model derived from localized reconstruction of Ad657-hexon-FII complex at 4.14A resolution 提交 2024-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Z 1–622（622 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.17 Å
9CTH Preliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano discs 提交 2024-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 44–622（579 aa） 片段：UNP residues 44-622
突变：S525A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.47 Å
9H5N Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP3, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–363（49 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 A1ISR ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-4-oxidanylidene-3-(2-phenylethanoylamino)butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium-HEPES, 100 mM MOPS pH 7.5, 100 mM amino acids (20 mM D-L glutamic acid monohydrate, 20mM D-L alanine, 20 mM glycine, 20mM D-L lysine monohydrochloride, 20mM D-L serine) 12,5% v/v MPD; 12,5% w/v PEG1000, 12,5% w/v PEG3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
9H5N Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP3, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 315–363（49 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 A1ISR ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-4-oxidanylidene-3-(2-phenylethanoylamino)butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium-HEPES, 100 mM MOPS pH 7.5, 100 mM amino acids (20 mM D-L glutamic acid monohydrate, 20mM D-L alanine, 20 mM glycine, 20mM D-L lysine monohydrochloride, 20mM D-L serine) 12,5% v/v MPD; 12,5% w/v PEG1000, 12,5% w/v PEG3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
9H79 Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP2, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 315–363（49 aa）
链 B 364–622（259 aa）
未记录 A1ITQ ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-3-[2-(3-chlorophenyl)ethanoylamino]-4-oxidanylidene-butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris, 200 mM Lithium chloride pH 8.0 and 20 % w/v PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
9H79 Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP2, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 315–363（49 aa）
链 D 364–622（259 aa）
未记录 A1ITQ ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-3-[2-(3-chlorophenyl)ethanoylamino]-4-oxidanylidene-butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris, 200 mM Lithium chloride pH 8.0 and 20 % w/v PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
9H79 Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP2, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 315–363（49 aa）
链 F 364–622（259 aa）
未记录 A1ITQ ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-3-[2-(3-chlorophenyl)ethanoylamino]-4-oxidanylidene-butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris, 200 mM Lithium chloride pH 8.0 and 20 % w/v PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
9H79 Crystal structure of Thrombin in complex with a Chlorothiophene-based inhibitor, CP2, discovered by a novel rapid nanoscale library screening. 提交 2024-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 315–363（49 aa）
链 H 364–622（259 aa）
未记录 A1ITQ ~{N}-[(3~{S})-4-[3-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanylpropylamino]-3-[2-(3-chlorophenyl)ethanoylamino]-4-oxidanylidene-butyl]-5-chloranyl-thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris, 200 mM Lithium chloride pH 8.0 and 20 % w/v PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
9R8Q Structure of thrombin bound to BAY 3389934 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 364–622（259 aa）
链 L 333–361（29 aa） 片段：RESIDUES 333-361
未记录 A1JDJ 2-(1-methylimidazol-2-yl)ethyl (2~{S})-3-[(5-chloranylthiophen-2-yl)carbonylamino]-2-[[2-ethyl-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]phenyl]sulfonylamino]propanoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.02M phosphate buffer at pH 7.5, 27% PEG 8000 and 100mM sodium chloride. Thrombin seeds were added to the final drop
分辨率 1.80 Å R-free 0.200
9YQ8 Cryo-EM complex of meizothrombinDESF1, factor Xa, and factor Va 提交 2025-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 364–620（257 aa）
链 L 214–361（148 aa） 片段：kringle 2/A-chain
突变：S525A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 475 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THRB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 3
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–148； UniProt 364–511 作者链 H； PDB构建体 149–253； UniProt 518–622 作者链 L； PDB构建体 1–27； UniProt 334–360

HIRUDIN I

物种未注明

UniProt P01050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 55–64 片段：RESIDUES 55 TO 64 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） THROMBIN × 1 （P00734） THROMBIN × 1 （P00734） PHV N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；PH 7.20 分辨率 1.75 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1H8I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AD8 COMPLEX OF THROMBIN WITH AND INHIBITOR CONTAINING A NOVEL P1 MOIETY 提交 1997-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–64（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 MDL [DEHYDROXY-N-METHYL-TYROSYL-PROLINYL]-[4,4,5,5,5-PENTAFLUORO-3-OXY-1-[3-INDOLYL]-PENT-2-YL]AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；A DROP WITH 1.62 MG/ML PROTEIN, 0.375 M NACL, 0.09 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), 0.5 MM AZIDE, 4.9 MM INHIBITOR AND 15% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AGAINST 30% (W/V)PEG8000 IN 0.08 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), USING A HANGING DROP SETUP., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å
1AY6 THROMBIN INHIBITOR FROM THEONALLA, CYCLOTHEANAMIDE-BASED MACROCYCLIC TRIPEPTIDE MOTIF 提交 1997-11-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–64（10 aa） 片段：residues 55-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 1ZV amino({3-[(3R,5R,14S,16S,21aR)-5,14-dihydroxy-1,4,17-trioxo-16-(2-phenylethyl)icosahydro-1H-pyrrolo[1,2-d][1,4,7,11]tetraazacyclononadecin-3-yl]propyl}amino)methaniminium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD. PHOSPHATE BUFFER PH 7.5. MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS
分辨率 1.80 Å
1BCU ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND PROFLAVIN 提交 1998-05-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–65（12 aa） 片段：RESIDUES 54-65 OF HIRUDIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PRL PROFLAVIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1H8D X-ray structure of the human alpha-thrombin complex with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–64（10 aa） 片段：RESIDUES 55 TO 64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PHW N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-{(1S,3E)-1-[dihydroxy(diphenoxy)-lambda~5~-phosphanyl]-4-methoxybut-3-en-1-yl}-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；20% PEG 8K, 0.05MM NAHPO4, 0.1M NACL, PH 7.20
分辨率 1.40 Å R-free 0.220
1HIC THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN 提交 1992-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–51（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1HXE SERINE PROTEASE 提交 1995-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–64（10 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1HXF HUMAN THROMBIN COMPLEX WITH HIRUDIN VARIANT 提交 1996-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–64（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
2HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2JOO The NMR Solution Structure of Recombinant RGD-hirudin 提交 2007-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 5 mM RGD-hirudin, 0.02mol/L Na2HPO4/NaH2PO4 buffer, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2PW8 Crystal structure of sulfo-hirudin complexed to thrombin 提交 2007-05-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 3–65（63 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris, 20% PEG2K, 0.01M Nickel Chloride. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.233
2V3O Thrombin with 3-cycle with F 提交 2007-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 56–65（10 aa） 片段：C-TERMINUS, RESIDUES 56-65
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） I26 (2R)-[(4-CARBAMIMIDOYLPHENYL)AMINO]{3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYL-2-FLUOROPHENYL}ETHANOIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.79 Å R-free 0.212
2ZC9 Thrombin in complex with Inhibitor 提交 2007-11-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.58 Å R-free 0.233
2ZDA Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.73 Å R-free 0.228
2ZDV Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 37U D-phenylalanyl-N-(3-fluorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.72 Å R-free 0.243
2ZF0 Exploring Thrombin S1 Pocket 提交 2007-12-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 51U D-phenylalanyl-N-(3-methylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
2ZFF Exploring Thrombin S1-pocket 提交 2008-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 53U D-phenylalanyl-N-benzyl-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.47 Å R-free 0.203
2ZFP Thrombin Inibition 提交 2008-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 19U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.298
2ZGB Thrombin Inhibition 提交 2008-01-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 21U D-leucyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2ZGX Thrombin Inhibition 提交 2008-01-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 29U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZHQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 27U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-phenylpropanoyl)-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.96 Å R-free 0.272
2ZI2 Thrombin Inhibition 提交 2008-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 24U 1-butanoyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZIQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 26U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZNK Thrombin Inhibition 提交 2008-04-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 31U D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZO3 Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-05-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 33U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.250
3D49 Thrombin Inhibition 提交 2008-05-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.237
3DHK Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-06-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.73 Å R-free 0.249
3DT0 Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 16U N-(3-chlorobenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3DUX Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 64U 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.247
3EGK KNOBLE Inhibitor 提交 2008-09-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） M18 {(2S)-1-[N-(tert-butoxycarbonyl)glycyl]pyrrolidin-2-yl}methyl (3-chlorophenyl)acetate × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.312
3EQ0 Thrombin Inhibitor 提交 2008-09-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：Residues 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.53 Å R-free 0.249
3LDX Discovery and Clinical Evaluation of RWJ-671818, a Thrombin Inhibitor with an Oxyguanidine P1 Motif 提交 2010-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–65（11 aa） 片段：residues 55-65
未记录 NLI N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-6-methyl-2-oxopyrazin-1(2H)-yl}acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å R-free 0.224
3UTU High affinity inhibitor of human thrombin 提交 2011-11-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 54–64（11 aa） 片段：UNP RESIDUES 54-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 1TS (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloro-4-methoxybenzene)sulfonamido]-3-{[(4-cyanophenyl)methyl]carbamoyl}propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.271
4AX9 Human thrombin complexed with Napsagatran, RO0466240 提交 2012-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 55–65（11 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 55-65
未记录 NA SODIUM ION × 2 N5N 2-[[(2S)-4-[[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]methylamino]-2-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-4-oxidanylidene-butanoyl] -cyclopropyl-amino]ethanoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.196
4BAH Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 53–64（12 aa） 片段：RESIDUES 62-71
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.94 Å R-free 0.194
4BAK Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 53–64（12 aa） 片段：RESIDUES 62-71
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M67 (2S)-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)-1-[(2R)-2-CYCLOHEXYL-2-{[2-OXO-2-(PROPYLAMINO)ETHYL]AMINO}ACETYL]AZETIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.94 Å R-free 0.203
4BAM Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 53–64（12 aa） 片段：RESIDUES 53-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MM9 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.88 Å R-free 0.195
4BAN Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 53–64（12 aa） 片段：RESIDUES 53-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M6S (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.87 Å R-free 0.203
4BAQ Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 53–64（12 aa） 片段：RESIDUES 53-64
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M4Z (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.89 Å R-free 0.221
4HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4LXB Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 提交 2013-07-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 53–65（13 aa） 片段：unp residues 53-65
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.61 Å R-free 0.228
4MLF Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin 提交 2013-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–65（65 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
4YES Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium 提交 2015-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 54–65（12 aa） 片段：UNP residues 54-65
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 45S N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris
分辨率 1.50 Å R-free 0.234
5HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
6HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–65（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 III 1–65（65 aa）
突变：C16U/C28U NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 III 1–65（65 aa）
突变：C6U/C14U NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.263
7A0F The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 III 1–65（65 aa）
突变：C22U/C39U NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl
分辨率 2.70 Å R-free 0.253

共 48 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITH1_HIRME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–10； UniProt 55–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h8i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h8i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h8i
沉积日期 deposition_date2001-02-08
结构标题 titleX-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor.
关键词 keywordsSERINE PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.90 Å
零角强度 I(0) i020074100.00
分子量 molecular_weight34283.0 kDa
排除体积 excluded_volume42964 ų
包络体积 envelope_volume47239 ų
水化壳体积 shell_volume21149 ų
包络直径 envelope_diameter58.7 Å
壳层 Rg shell_rg25.11 Å
包络 Rg envelope_rg18.23 Å
形状 Rg shape_rg17.91 Å
总 Rg total_rg18.89 Å
总原子数 total_atoms2412
残基数 n_residues289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.2 Å
Rg (实空间) rg_real18.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20070000.0000
解质量估计 total_estimate0.6540
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7 Å
偏度 Skewness skewness0.080
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7605000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.295; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1h8i.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1h8iH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1h8iH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)