SAXSdb — 1k21

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k21
沉积日期 deposition_date	2001-09-26
结构标题 title	HUMAN THROMBIN-INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.98 Å
零角强度 I(0) i0	19751900.00
分子量 molecular_weight	33982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42604 Å³
包络体积 envelope_volume	47903 Å³
水化壳体积 shell_volume	21314 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.15 Å
包络 Rg envelope_rg	18.36 Å
形状 Rg shape_rg	17.97 Å
总 Rg total_rg	19.02 Å
总原子数 total_atoms	2387
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7305
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.088
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8304000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.295; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.962

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Prothrombin
分子量 formula_weight	4096.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	2634

TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

Entity 2 polymer

描述 description	Prothrombin
分子量 formula_weight	29780.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

Entity 3 polymer

描述 description	Hirudin variant-2
分子量 formula_weight	1534.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

NGDFEEIPEEYL

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	;{[(1R)-2-((2S)-2-{[(3-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}PROPYL)AMINO]CARBONYL}PIPERIDINYL)-1-(CYCLOHEXYLMETHYL)-2-OXOETHYL]AMINO}ACETIC ACID ;
分子量 formula_weight	438.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1k21.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1k21H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1k21H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	69.619 Å
晶胞边长 b length_b	71.546 Å
晶胞边长 c length_c	71.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/k2/1k21/1k21.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/1k21/1k21.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/1k21/1k21.dat

HUMAN THROMBIN-INHIBITOR COMPLEX

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)