1kj3

Mhc Class I H-2Kb molecule complexed with pKB1 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 22–299 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1 × 1 (O08582) BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P01887) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 22–299 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1 × 1 (O08582) BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P01887) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、139 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–279; UniProt 22–299 作者链 I; PDB构建体 1–279; UniProt 22–299

NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1

物种未注明

UniProt O08582

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 161–168 未记录 H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN × 1 (P01901) BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P01887) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 161–168 未记录 H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN × 1 (P01901) BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P01887) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GTPB1_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 161–168 作者链 Q; PDB构建体 1–8; UniProt 161–168

BETA-2 MICROGLOBULIN

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 21–119 未记录 H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN × 1 (P01901) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1 × 1 (O08582) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 21–119 未记录 H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN × 1 (P01901) NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1 × 1 (O08582) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119 作者链 M; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kj3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kj3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kj3
沉积日期 deposition_date2001-12-04
结构标题 titleMhc Class I H-2Kb molecule complexed with pKB1 peptide
关键词 keywordsMHC CLASS I, H-2KB, PMHC COMPLEX, ALLOGENEIC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.29
零角强度 I(0) i0129098000.00
分子量 molecular_weight89408.0 kDa
排除体积 excluded_volume111250 ų
包络体积 envelope_volume153310 ų
水化壳体积 shell_volume38178 ų
包络直径 envelope_diameter109.3
壳层 Rg shell_rg40.73
包络 Rg envelope_rg32.12
形状 Rg shape_rg33.28
总 Rg total_rg33.92
总原子数 total_atoms6306
残基数 n_residues771
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.8
Rg (实空间) rg_real33.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real1.2910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal129100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9100
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.9
偏度 Skewness skewness0.079
峰度 Kurtosis kurtosis-0.690
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12610000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.879

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1kj3h1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1kj3h2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1kj3h3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1kj3i1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1kj3i2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1kj3l_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1kj3m_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1kj3H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1kj3H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1kj3I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1kj3I02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1kj3L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1kj3M00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)