1nvx

Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming protein p21/H-RAS-1

Homo sapiens

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–166 链 R; UniProt 1–166 片段:RESIDUES 1-166 突变:A59G Son of sevenless protein homolog 1 × 1 (Q07889) MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;2-8% PEG 4000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.20 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166 作者链 R; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

Son of sevenless protein homolog 1

Homo sapiens

UniProt Q07889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 566–1046 片段:residues 566-10466, including the RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT Transforming protein p21/H-RAS-1 × 2 (P01112) MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;2-8% PEG 4000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.20 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–481; UniProt 566–1046

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nvx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nvx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nvx
沉积日期 deposition_date2003-02-04
结构标题 titleStructural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS
关键词 keywordsProto-oncogene, GTP-binding, Guanine-nucleotide releasing factor, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.77
零角强度 I(0) i0133263000.00
分子量 molecular_weight91215.0 kDa
排除体积 excluded_volume114120 ų
包络体积 envelope_volume140950 ų
水化壳体积 shell_volume39108 ų
包络直径 envelope_diameter103.1
壳层 Rg shell_rg37.24
包络 Rg envelope_rg29.76
形状 Rg shape_rg29.77
总 Rg total_rg30.46
总原子数 total_atoms6418
残基数 n_residues780
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.0
Rg (实空间) rg_real30.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.3330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9036
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.9
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.509
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38460000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1nvxq_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1nvxr_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1nvxs_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.117 — Ras GEF
超家族 Superfamily superfamilya.117.1 — Ras GEF
家族 Family familya.117.1.1 — Ras GEF

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1nvxQ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1nvxR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1nvxS01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1
结构域编号 domain_id1nvxS02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)