1piq

CRYSTAL STRUCTURE OF GCN4-PIQ, A TRIMERIC COILED COIL WITH BURIED POLAR RESIDUES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQ)

物种未注明

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 249–279 片段:COILED-COIL DOMAIN 突变:L5I, V9I, L12I, N16Q, L19I, V23I, L26I, V30I 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM: 75 MM NAAC PH4.5, 20 MM MGCL2 AND 23% MPD 分辨率 1.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 162 个其他 PDB 条目、200 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCN4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–32; UniProt 249–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1piq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1piq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1piq
沉积日期 deposition_date1998-09-25
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF GCN4-PIQ, A TRIMERIC COILED COIL WITH BURIED POLAR RESIDUES
关键词 keywordsION BINDING, BURIED POLAR RESIDUE, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.18
零角强度 I(0) i0369143.00
分子量 molecular_weight3847.0 kDa
排除体积 excluded_volume4882 ų
包络体积 envelope_volume6307 ų
水化壳体积 shell_volume4926 ų
包络直径 envelope_diameter51.8
壳层 Rg shell_rg16.32
包络 Rg envelope_rg14.83
形状 Rg shape_rg14.08
总 Rg total_rg15.09
总原子数 total_atoms268
残基数 n_residues31
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.5
Rg (实空间) rg_real14.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real3.6910e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7340e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal369100.0000
解质量估计 total_estimate0.7073
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary10.3
偏度 Skewness skewness0.723
峰度 Kurtosis kurtosis-0.058
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26120.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.389; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.026; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1piqa_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)