1qrq

STRUCTURE OF A VOLTAGE-DEPENDENT K+ CHANNEL BETA SUBUNIT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (KV BETA2 PROTEIN)

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–360 链 B; UniProt 36–360 链 C; UniProt 36–360 链 D; UniProt 36–360 片段:BETA SUBUNIT CORE NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.50 分辨率 2.80 Å R-free 0.242
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–360 链 B; UniProt 36–360 链 C; UniProt 36–360 链 D; UniProt 36–360 片段:BETA SUBUNIT CORE NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.50 分辨率 2.80 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–325; UniProt 36–360 作者链 B; PDB构建体 1–325; UniProt 36–360 作者链 C; PDB构建体 1–325; UniProt 36–360 作者链 D; PDB构建体 1–325; UniProt 36–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qrq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qrq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qrq
沉积日期 deposition_date1999-06-15
结构标题 titleSTRUCTURE OF A VOLTAGE-DEPENDENT K+ CHANNEL BETA SUBUNIT
关键词 keywordsTIM BARREL, ALDO-KETO REDUCTASE, POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT, VOLTAGE-DEPENDENT POTASSIUM CHANNEL, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.58
零角强度 I(0) i0322912000.00
分子量 molecular_weight145320.0 kDa
排除体积 excluded_volume181520 ų
包络体积 envelope_volume219440 ų
水化壳体积 shell_volume50066 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg42.58
包络 Rg envelope_rg36.61
形状 Rg shape_rg36.58
总 Rg total_rg36.90
总原子数 total_atoms10196
残基数 n_residues1300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.3
Rg (实空间) rg_real37.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real3.2290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal322900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8792
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.0
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha136200000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.898

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qrqa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)
结构域编号 domain_idd1qrqb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)
结构域编号 domain_idd1qrqc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)
结构域编号 domain_idd1qrqd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qrqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id1qrqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id1qrqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id1qrqD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)