1qsw

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A HUMAN LYSOZYME MUTANT W64C C65A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN LYSOZYME MUTANT

物种未注明

UniProt P61626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–148 突变:W64C, C65A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;SODIUM PHOSPHATE, NACL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K 分辨率 1.85 Å R-free 0.261
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–148 突变:W64C, C65A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;SODIUM PHOSPHATE, NACL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K 分辨率 1.85 Å R-free 0.261
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 19–148 突变:W64C, C65A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;SODIUM PHOSPHATE, NACL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K 分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 19–148 突变:W64C, C65A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;SODIUM PHOSPHATE, NACL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K 分辨率 1.85 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 201 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148 作者链 B; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148 作者链 C; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148 作者链 D; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qsw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qsw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qsw
沉积日期 deposition_date1999-06-24
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A HUMAN LYSOZYME MUTANT W64C C65A
关键词 keywordshydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.89
零角强度 I(0) i062626100.00
分子量 molecular_weight58375.0 kDa
排除体积 excluded_volume71214 ų
包络体积 envelope_volume96391 ų
水化壳体积 shell_volume25763 ų
包络直径 envelope_diameter129.4
壳层 Rg shell_rg35.55
包络 Rg envelope_rg37.00
形状 Rg shape_rg36.87
总 Rg total_rg36.84
总原子数 total_atoms4080
残基数 n_residues520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.8
Rg (实空间) rg_real36.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58
I(0) (实空间) i0_real6.2630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6799
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.668
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5722000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.524; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.242; Smooth: 0.025

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qswa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1qswb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1qswc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1qswd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qswA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qswB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qswC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1qswD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)