SAXSdb — 1t08

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t08
沉积日期 deposition_date	2004-04-07
结构标题 title	Crystal structure of beta-catenin/ICAT helical domain/unphosphorylated APC R3
关键词 keywords	beta-catenin; Wnt signal; APC; 20mer repeat; Wnt signaling, cell adhesion-cell cycle COMPLEX; cell adhesion/cell cycle
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.06 Å
零角强度 I(0) i0	61683700.00
分子量 molecular_weight	62436.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78378 Å³
包络体积 envelope_volume	100900 Å³
水化壳体积 shell_volume	27385 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.19 Å
包络 Rg envelope_rg	35.39 Å
形状 Rg shape_rg	35.06 Å
总 Rg total_rg	35.16 Å
总原子数 total_atoms	4370
残基数 n_residues	571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7135
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.660
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.299
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.391; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.264; Smooth: 0.838

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-catenin
分子量 formula_weight	56583.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4697

AELATRAIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQLSKKEASRHAIMRSPQMVSAIVRTMQNTNDVETARCTAGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIPALVKMLGSPVDSVLFYAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITTDCLQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYTYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIVEAGGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQEGMEGLLGTLVQLLGSDDINVVTCAAGILSNLTCNNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDREDITEPAICALRHLTSRHQEAEMAQNAVRLHYGLPVVVKLLHPPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQGAIPRLVQLLVRAHQDTQRRTSMGGTQQQFVEGVRMEEIVEGCTGALHILARDVHNRIVIRGLNTIPLFVQLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEAEGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAVLFRMSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-catenin-interacting protein 1
分子量 formula_weight	5239.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GKSPEEMYIQQKVRVLLMLRKMGSNLTASEEEFLRTYAGVVNSQLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Adenomatous polyposis coli protein
分子量 formula_weight	1633.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DADTLLHFATESTPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	327

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1t08a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.1 — Armadillo repeat

结构域编号 domain_id	d1t08b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.161 — beta-catenin-interacting protein ICAT
超家族 Superfamily superfamily	a.161.1 — beta-catenin-interacting protein ICAT
家族 Family family	a.161.1.1 — beta-catenin-interacting protein ICAT

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1t08A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	1t08B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Beta-catenin-interacting ICAT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.472 Å
晶胞边长 b length_b	96.712 Å
晶胞边长 c length_c	86.395 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.720 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/t0/1t08/1t08.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/1t08/1t08.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/1t08/1t08.dat

Crystal structure of beta-catenin/ICAT helical domain/unphosphorylated APC R3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)