1qz7

Beta-catenin binding domain of Axin in complex with beta-catenin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qz7
沉积日期 deposition_date	2003-09-15
结构标题 title	Beta-catenin binding domain of Axin in complex with beta-catenin
关键词 keywords	Beta-catenin, Axin, protein-protein complex, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.77 Å
零角强度 I(0) i0	55592900.00
分子量 molecular_weight	58818.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73678 Å³
包络体积 envelope_volume	95074 Å³
水化壳体积 shell_volume	26218 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.34 Å
包络 Rg envelope_rg	33.60 Å
形状 Rg shape_rg	33.80 Å
总 Rg total_rg	33.89 Å
总原子数 total_atoms	4117
残基数 n_residues	541
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7349
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8277000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.592; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.307; Smooth: 0.470

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-catenin
分子量 formula_weight	58211.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4148

KHAVVNLINYQDDAELATRAIPELTKLLNDEDQVVVNKAAVMVHQLSKKEASRHAIMRSPQMVSAIVRTMQNTNDVETARCTAGTLHNLSHHREGLLAIFKSGGIPALVKMLGSPVDSVLFYAITTLHNLLLHQEGAKMAVRLAGGLQKMVALLNKTNVKFLAITTDCLQILAYGNQESKLIILASGGPQALVNIMRTYTYEKLLWTTSRVLKVLSVCSSNKPAIVEAGGMQALGLHLTDPSQRLVQNCLWTLRNLSDAATKQEGMEGLLGTLVQLLGSDDINVVTCAAGILSNLTCNNYKNKMMVCQVGGIEALVRTVLRAGDREDITEPAICALRHLTSRHQEAEMAQNAVRLHYGLPVVVKLLHPPSHWPLIKATVGLIRNLALCPANHAPLREQGAIPRLVQLLVRAHQDTQRRTSMGGTQQQFVEGVRMEEIVEGCTGALHILARDVHNRIVIRGLNTIPLFVQLLYSPIENIQRVAAGVLCELAQDKEAAEAIEAEGATAPLTELLHSRNEGVATYAAAVLFRMSED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Axin
分子量 formula_weight	7756.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SHKLPSGPPMHHFNSRYSETGCVGMQIRDAHEENPESILDEHVQRVMKTPGCQSPGTGRHSPKSRSPDGH

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qz7a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.1 — Armadillo repeat

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1qz7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.141 Å
晶胞边长 b length_b	75.041 Å
晶胞边长 c length_c	101.398 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.210 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/qz/1qz7/1qz7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qz/1qz7/1qz7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qz/1qz7/1qz7.dat

Beta-catenin binding domain of Axin in complex with beta-catenin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)