1u8c

A novel adaptation of the integrin PSI domain revealed from its crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-V

Homo sapiens

UniProt P06756

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 7 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–987 片段:residues 31-987 Integrin beta-3 × 1 (P05106) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;PEG, MES, CA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.367

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITAV_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–957; UniProt 31–987

Integrin beta-3

Homo sapiens

UniProt P05106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 7 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–718 片段:residues 27-718 Integrin alpha-V × 1 (P06756) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;PEG, MES, CA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.367

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–692; UniProt 27–718

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1u8c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1u8c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1u8c
沉积日期 deposition_date2004-08-05
结构标题 titleA novel adaptation of the integrin PSI domain revealed from its crystal structure
关键词 keywordsPSI domain, integrin, vitronectrin receptor, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.92
零角强度 I(0) i0469860000.00
分子量 molecular_weight173090.0 kDa
排除体积 excluded_volume214910 ų
包络体积 envelope_volume301490 ų
水化壳体积 shell_volume62572 ų
包络直径 envelope_diameter139.3
壳层 Rg shell_rg46.15
包络 Rg envelope_rg39.18
形状 Rg shape_rg39.91
总 Rg total_rg40.30
总原子数 total_atoms12115
残基数 n_residues1526
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.2
Rg (实空间) rg_real40.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real4.6990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal469900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8985
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.3
偏度 Skewness skewness0.148
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49280000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.935

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd1u8ca1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.15 — Integrin domains
家族 Family familyb.1.15.1 — Integrin domains
结构域编号 domain_idd1u8ca2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.15 — Integrin domains
家族 Family familyb.1.15.1 — Integrin domains
结构域编号 domain_idd1u8ca3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.15 — Integrin domains
家族 Family familyb.1.15.1 — Integrin domains
结构域编号 domain_idd1u8ca4
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.8 — Integrin alpha N-terminal domain
家族 Family familyb.69.8.1 — Integrin alpha N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1u8cb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.15 — Integrin domains
家族 Family familyb.1.15.1 — Integrin domains
结构域编号 domain_idd1u8cb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamilyc.62.1 — vWA-like
家族 Family familyc.62.1.1 — Integrin A (or I) domain
结构域编号 domain_idd1u8cb3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.200 — Integrin beta tail domain
超家族 Superfamily superfamilyd.200.1 — Integrin beta tail domain
家族 Family familyd.200.1.1 — Integrin beta tail domain
结构域编号 domain_idd1u8cb4
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.6 — Integrin beta EGF-like domains
结构域编号 domain_idd1u8cb5
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.6 — Integrin beta EGF-like domains
结构域编号 domain_idd1u8cb6
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.16 — Trefoil/Plexin domain-like
超家族 Superfamily superfamilyg.16.2 — Plexin repeat
家族 Family familyg.16.2.1 — Plexin repeat

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id1u8cA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Integrin alpha, N-terminal
结构域编号 domain_id1u8cA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460 — Integrin domains. Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1u8cA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1510 — ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1u8cA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1530 — ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4
结构域编号 domain_id1u8cB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
结构域编号 domain_id1u8cB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1510 — ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1u8cB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
结构域编号 domain_id1u8cB04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id1u8cB05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id1u8cB06
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)