1v6d

The crystal structure of the trypsin complex with synthetic heterochiral peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–231	未记录	PD(AIB)L(AIB)LA × 1 CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 TBF TERT-BUTYL FORMATE × 1 NME METHYLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；2M ammonium sulphate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1V6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKS CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST ACTIVE AUTOLYSATE FORM OF THE PORCINE ALPHA TRYPSIN 提交 1996-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–133（125 aa）链 B 134–231（98 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1AN1 LEECH-DERIVED TRYPTASE INHIBITOR/TRYPSIN COMPLEX 提交 1997-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 9–231（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% V/V 2-PROPANOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5 ROOM TEMPERATURE 27 MONTHS FOR GROWTH.	分辨率 2.03 Å R-free 0.228
1AVW COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1AVX COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.280
1C9P COMPLEX OF BDELLASTASIN WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1999-08-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-PROPANOL, 20% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.227
1EJA STRUCTURE OF PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH BDELLASTASIN, AN ANTISTASIN-TYPE INHIBITOR 提交 2000-03-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；298 K；4.0 M Na-formate, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1EPT REFINED 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE EPSILON-TRYPSIN 提交 1994-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–51（43 aa）链 B 52–133（82 aa）链 C 134–231（98 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1FMG CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH 0.04% POLYDOCANOL 提交 2000-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
1FN6 CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH 0.1% POLYDOCANOL 提交 2000-08-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1FNI CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH 0.01% POLYDOCANOL 提交 2000-08-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
1H9H COMPLEX OF EETI-II WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.50 Å R-free 0.276
1H9I COMPLEX OF EETI-II MUTANT WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.90 Å R-free 0.175
1LDT COMPLEX OF LEECH-DERIVED TRYPTASE INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-05-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；10% PEG 6000, 2.3M PHOSPHATE, PH 8.0	分辨率 1.90 Å
1MCT THE REFINED 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN PORCINE BETA-TRYPSIN AND MCTI-A, A TRYPSIN INHIBITOR OF SQUASH FAMILY 提交 1992-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1QQU CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH BOUND ACETATE ION 提交 1999-06-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.63 Å R-free 0.255
1S5S Porcine trypsin complexed with guanidine-3-propanol inhibitor 提交 2004-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PG3 GUANIDINE-3-PROPANOL × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；298 K；1.8M MgSO4, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00	分辨率 1.40 Å R-free 0.181
1S6F PORCINE TRYPSIN COVALENT COMPLEX WITH BORATE AND GUANIDINE-3 INHIBITOR 提交 2004-01-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 SBP [3-(1,3,2-DIOXABOROLAN-2-YLOXY)PROPYL]GUANIDINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
1S6H PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH GUANIDINE-3-PROPANOL INHIBITOR 提交 2004-01-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4BZ 4-(HYDROXYMETHYL)BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.179
1S81 PORCINE TRYPSIN WITH NO INHIBITOR BOUND 提交 2004-01-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
1S82 PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH BORATE AND ETHYLENE GLYCOL 提交 2004-01-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SBE 1,3,2-DIOXABOROLAN-2-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.214
1S83 PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH 4-AMINO PROPANOL 提交 2004-01-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 4HA 4-HYDROXYBUTAN-1-AMINIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.178
1S84 PORCINE TRYPSIN COVALENT COMPLEX WITH 4-AMINO BUTANOL, BORATE AND ETHYLENE GLYCOL 提交 2004-01-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DYB 4-(1,3,2-DIOXABOROLAN-2-YLOXY)BUTAN-1-AMINIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.177
1S85 PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH P-HYDROXYMETHYL BENZAMIDINE AND BORATE 提交 2004-01-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 SBZ [4-(1,3,2-DIOXABOROLAN-2-YLOXY)METHYL]BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.8M MgCl2, 50mM HEPES, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å
1TFX COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN 提交 1997-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å
1TX6 trypsin:BBI complex 提交 2004-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–231（223 aa）链 B 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.59；291 K；PEG 8000, sodium citrate, DTT, pH 5.59, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TX6 trypsin:BBI complex 提交 2004-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 9–231（223 aa）链 D 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.59；291 K；PEG 8000, sodium citrate, DTT, pH 5.59, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1UHB Crystal structure of porcine alpha trypsin bound with auto catalyticaly produced native peptide at 2.15 A resolution 提交 2003-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–133（125 aa）链 B 134–231（98 aa）链 P 177–185（9 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；1.5M ammonium sulphate, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
1YF4 Crystal Structure of trypsin-vasopressin complex 提交 2004-12-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；acetate buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.98 Å R-free 0.226
1Z7K Crystal Structure of Trypsin- Ovomucoid turkey egg white inhibitor complex 提交 2005-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1.5M ammonium sulphate, 10mM zinc acetate, 50mM Acetate buffer, pH 5.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.188
2A31 Trypsin in complex with borate 提交 2005-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 BO4 BORATE ION × 2 PG3 GUANIDINE-3-PROPANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；MgSO4, HEPES, CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.25 Å R-free 0.162
2A32 Trypsin in complex with benzene boronic acid 提交 2005-06-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG3 GUANIDINE-3-PROPANOL × 1 PBC PHENYL BORONIC ACID × 2 BO4 BORATE ION × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；MgSO4, HEPES, CaCl2, the crystal while grown at pH 8.0 was soaked in a solution at pH 10.5 before freezing and data collection. pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.50 Å R-free 0.188
3MYW The Bowman-Birk type inhibitor from mung bean in ternary complex with porcine trypsin 提交 2010-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 9–231（223 aa）链 B 9–231（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.2M sodium potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å
4AN7 Kunitz type trypsin inhibitor complex with porcine trypsin 提交 2012-03-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE, 20% PEG3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.246
4DOQ Crystal structure of the complex of Porcine Pancreatic Trypsin with 1/2SLPI 提交 2012-02-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–231（223 aa）	未记录	XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG4000, 0.1M Na-Citrate, 200mM Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
4DOQ Crystal structure of the complex of Porcine Pancreatic Trypsin with 1/2SLPI 提交 2012-02-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 9–231（223 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG4000, 0.1M Na-Citrate, 200mM Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
4DOQ Crystal structure of the complex of Porcine Pancreatic Trypsin with 1/2SLPI 提交 2012-02-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 9–231（223 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG4000, 0.1M Na-Citrate, 200mM Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
5XW1 Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, PRN, at pH10 提交 2017-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–133（133 aa）片段：UNP residues 1-133 链 B 134–231（98 aa）片段：UNP residues 134-231	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；300 K；0.1M CHES PH10, 70% MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.173
5XW8 Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, PRN, at pH 7 提交 2017-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–133（133 aa）片段：UNP residues 1-133 链 B 134–231（98 aa）片段：UNP residues 134-231	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；0.1M HEPES pH 7.5, 70% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.178
5XW9 Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, PRY, at pH 7 提交 2017-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–133（133 aa）片段：UNP residues 1-133 链 B 134–231（98 aa）片段：UNP residues 134-231	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；0.1M HEPES pH 7.5, 70% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.194
5XWA Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, PRY, at pH 10 提交 2017-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–133（133 aa）片段：UNP residues 1-133 链 B 134–231（98 aa）片段：UNP residues 134-231	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；300 K；0.1M CHES pH 10, 70% MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.182
5XWJ Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, TRE, at pH 7 提交 2017-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；0.1M HEPES pH7.5, 70% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.182
5XWJ Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, TRE, at pH 7 提交 2017-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；0.1M HEPES pH7.5, 70% MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.182
5XWL Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, TRE, at pH 10 提交 2017-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；300 K；0.1M CHES pH 10, 70% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.194
5XWL Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, TRE, at pH 10 提交 2017-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；300 K；0.1M CHES pH 10, 70% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.194
9CT1 Complex between the porcine trypsin and M271 a Kunitz-STI from Solanum tuberosum 提交 2024-07-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.6；293 K；0.085 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 0.17 M Ammonium acetate, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v Glycerol	分辨率 2.42 Å R-free 0.244
9CT1 Complex between the porcine trypsin and M271 a Kunitz-STI from Solanum tuberosum 提交 2024-07-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.6；293 K；0.085 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 0.17 M Ammonium acetate, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v Glycerol	分辨率 2.42 Å R-free 0.244
9PCT Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown from PEG Complexed with Crystallization Additives III 提交 2025-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 3 FLC CITRATE ANION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 GOL GLYCEROL × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 5 MLT D-MALATE × 3 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 ACT ACETATE ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with 0.6 ml reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops 3 ul of reservoir, 2 ul of additive mix ( TACSIMATE, glycerol, sucrose, sorbitol), 3 ul of 40 mg/ml stock protein solution buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES.	分辨率 1.41 Å R-free 0.170
9PD9 The Structure of Porcine Trypsin in Complex with Crystallization Additives I 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 4 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 15 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 8 OXL OXALATE ION × 1 A1CHW 4-aminobenzene-1-sulfonic acid × 1 OXM OXAMIC ACID × 6 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates. Reservoirs 30% PEG 3350. Drops 3.0 ul of reservoir, plus 2 ul additives oxalic acid, sulfanilic acid, 4-amino benzoic acid mix, plus 3.0 ul of 40 mg/ml stock protein solution of 0.1 M HEPES at pH 6.5.	分辨率 1.28 Å R-free 0.147
9PDA Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 3 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 CA CALCIUM ION × 1 MLI MALONATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic acid, oxaloacetic acid, pyromellitic acid), and 3 ul of a 40 mg/ml protein stock	分辨率 1.18 Å R-free 0.230
9PDA Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–231（231 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 3 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 18 CA CALCIUM ION × 1 MLI MALONATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PMA PYROMELLITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic acid, oxaloacetic acid, pyromellitic acid), and 3 ul of a 40 mg/ml protein stock	分辨率 1.18 Å R-free 0.230
9PDA Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–231（231 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 3 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 15 CA CALCIUM ION × 1 MLI MALONATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic acid, oxaloacetic acid, pyromellitic acid), and 3 ul of a 40 mg/ml protein stock	分辨率 1.18 Å R-free 0.230
9PDA Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown From PEG and Complexed With Crystallization Additives IV 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–231（231 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 3 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 20 CA CALCIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PMA PYROMELLITIC ACID × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates with reservoirs of 30% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.1 M HEPES. Drops composed of 3 ul reservoir, 2 ul of additive mix (oxalic acid, malic acid, oxaloacetic acid, pyromellitic acid), and 3 ul of a 40 mg/ml protein stock	分辨率 1.18 Å R-free 0.230
9PDC Porcine Trypsin grown from PEG and Complexed with Crystallization Additives II 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–231（231 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 28 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 10 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates. Reservoirs 30% PEG 3350 buffered with 0.1 M HEPES at pH 6.5. Drops 3 ul of reservoir, 2 ul of additive mix ( TACSIMATE, PEG 3350), 3 ul of 40 mg/ml stock protein solution buffered with 0.1 M HEPES pH 6.5.	分辨率 1.27 Å R-free 0.154

共 44 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRYP_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 9–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v6d
沉积日期 deposition_date	2003-11-28
结构标题 title	The crystal structure of the trypsin complex with synthetic heterochiral peptide
关键词 keywords	Trypsin complex, synthetic peptide, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.44 Å
零角强度 I(0) i0	11334700.00
分子量 molecular_weight	24393.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30231 Å³
包络体积 envelope_volume	33565 Å³
水化壳体积 shell_volume	16880 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.1 Å
壳层 Rg shell_rg	22.76 Å
包络 Rg envelope_rg	16.70 Å
形状 Rg shape_rg	16.43 Å
总 Rg total_rg	17.44 Å
总原子数 total_atoms	1704
残基数 n_residues	225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6348
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2949000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 0.995; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trypsin
分子量 formula_weight	23493.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1864

IVGGYTCAANSIPYQVSLNSGSHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSRIQVRLGEHNIDVLEGNEQFINAAKIITHPNFNGNTLDNDIMLIKLSSPATLNSRVATVSLPRSCAAAGTECLISGWGNTKSSGSSYPSLLQCLKAPVLSDSSCKSSYPGQITGNMICVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGIVSWGYGCAQKNKPGVYTKVCNYVNWIQQTIAAN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PD(AIB)L(AIB)LA
分子量 formula_weight	697.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PDALALA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TERT-BUTYL FORMATE
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	METHYLAMINE
分子量 formula_weight	31.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1v6da_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1v6dA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1v6dA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.930 Å
晶胞边长 b length_b	53.719 Å
晶胞边长 c length_c	77.473 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.280 Å
R 因子 r_factor	0.1545
R_work r_work	0.1532
R_free r_free	0.1785

fit	/app/data/saxs_computation/v6/1v6d/1v6d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v6/1v6d/1v6d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v6/1v6d/1v6d.dat

The crystal structure of the trypsin complex with synthetic heterochiral peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)