1xji

Bacteriorhodopsin crystallized in bicelles at room temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xji
沉积日期 deposition_date	2004-09-23
结构标题 title	Bacteriorhodopsin crystallized in bicelles at room temperature
关键词 keywords	membrane protein bacteriorhodopsin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.32 Å
零角强度 I(0) i0	7732930.00
分子量 molecular_weight	26707.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36126 Å³
包络体积 envelope_volume	38803 Å³
水化壳体积 shell_volume	17802 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.49 Å
包络 Rg envelope_rg	18.76 Å
形状 Rg shape_rg	18.28 Å
总 Rg total_rg	19.63 Å
总原子数 total_atoms	1890
残基数 n_residues	225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7733000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.308
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriorhodopsin
分子量 formula_weight	26686.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1916

AQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGTILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVWWAISTAAMLYILYVLFFGFTSKAESMRPEVASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAGIVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSRAIFGEAEAPEPSAGDGAAATS

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	614.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1xjia_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.1 — Bacteriorhodopsin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1xjiA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.658 Å
晶胞边长 b length_b	102.515 Å
晶胞边长 c length_c	128.243 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	90.000 Å
R 因子 r_factor	0.2282
R_work r_work	0.2258
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/xj/1xji/1xji.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xj/1xji/1xji.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xj/1xji/1xji.dat