1ykt

Trypsin/Bpti complex mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin II

Rattus norvegicus

UniProt P00763

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–246 突变:S195A Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–91 未记录 Trypsin II × 1 (P00763) CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–56; UniProt 36–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ykt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ykt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ykt
沉积日期 deposition_date2005-01-18
结构标题 titleTrypsin/Bpti complex mutant
关键词 keywordsBPTI, Trypsin, mutant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.50
零角强度 I(0) i017532100.00
分子量 molecular_weight30403.0 kDa
排除体积 excluded_volume37470 ų
包络体积 envelope_volume42865 ų
水化壳体积 shell_volume19447 ų
包络直径 envelope_diameter61.9
壳层 Rg shell_rg24.92
包络 Rg envelope_rg18.78
形状 Rg shape_rg18.49
总 Rg total_rg19.42
总原子数 total_atoms2121
残基数 n_residues276
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real19.39
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real1.7530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17530000.0000
解质量估计 total_estimate0.8972
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.353
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha5309000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ykta_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1yktb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1yktA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1yktA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1yktB00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)