SAXSdb — 2a1n

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a1n
沉积日期 deposition_date	2005-06-20
结构标题 title	Crystal structure of ferrous dioxygen complex of D251N cytochrome P450cam
关键词 keywords	cytochrome P450, CYP, dioxygen complex, oxy, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.72 Å
零角强度 I(0) i0	132424000.00
分子量 molecular_weight	93082.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116610 Å³
包络体积 envelope_volume	138790 Å³
水化壳体积 shell_volume	34874 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.04 Å
包络 Rg envelope_rg	34.56 Å
形状 Rg shape_rg	34.72 Å
总 Rg total_rg	35.00 Å
总原子数 total_atoms	6548
残基数 n_residues	812
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8246
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.504

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450-cam
分子量 formula_weight	46687.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.15.1
突变 mutation	D251N/C334A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7055

MTTETIQSNANLAPLPPHVPEHLVFDFDMYNPSNLSAGVQEAWAVLQESNVPDLVWTRCNGGHWIATRGQLIREAYEDYRHFSSECPFIPREAGEAYDFIPTSMDPPEQRQFRALANQVVGMPVVDKLENRIQELACSLIESLRPQGQCNFTEDYAEPFPIRIFMLLAGLPEEDIPHLKYLTDQMTRPDGSMTFAEAKEALYDYLIPIIEQRRQKPGTDAISIVANGQVNGRPITSDEAKRMCGLLLVGGLNTVVNFLSFSMEFLAKSPEHRQELIERPERIPAACEELLRRFSLVADGRILTSDYEFHGVQLKKGDQILLPQMLSGLDERENAAPMHVDFSRQKVSHTTFGHGSHLCLGQHLARREIIVTLKEWLTRIPDFSIAPGAQIQHKSGIVSGVQALPLVWDPATTKAV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CAMPHOR
分子量 formula_weight	152.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	507

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2a1na_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	d2a1nb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2a1nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	2a1nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	67.010 Å
晶胞边长 b length_b	62.130 Å
晶胞边长 c length_c	95.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	33.510 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/a1/2a1n/2a1n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/2a1n/2a1n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/2a1n/2a1n.dat

Crystal structure of ferrous dioxygen complex of D251N cytochrome P450cam

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution