2adf

Crystal Structure and Paratope Determination of 82D6A3, an Antithrombotic Antibody Directed Against the von Willebrand factor A3-Domain

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Von Willebrand factor

Homo sapiens

UniProt P04275

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 82D6A3 IgG × 1 (P84751) 82D6A3 IgG × 1 (Q58EV6) ACETIC ACID × 1 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VWF_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–196; UniProt 1683–1874

82D6A3 IgG

物种未注明

UniProt P84751

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Von Willebrand factor × 1 (P04275) 82D6A3 IgG × 1 (Q58EV6) ACETIC ACID × 1 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HVM63_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 25–218; UniProt 25–220

82D6A3 IgG

物种未注明

UniProt Q58EV6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Von Willebrand factor × 1 (P04275) 82D6A3 IgG × 1 (P84751) ACETIC ACID × 1 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q58EV6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 5–209; UniProt 27–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2adf
沉积日期 deposition_date2005-07-20
结构标题 titleCrystal Structure and Paratope Determination of 82D6A3, an Antithrombotic Antibody Directed Against the von Willebrand factor A3-Domain
关键词 keywordson Willebrand factor, A3-domain, 82D6A3, collagen binding, paratope, epitope, antithrombotic, BLOOD CLOTTING-IMMUNE SYSTEM COMPLEX; BLOOD CLOTTING/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2adf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2adf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2adf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.61 Å
Rg(电子密度)30.18 Å
总 Rg30.82 Å
原子数4723
残基数616
排除体积83765 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2adf__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2adfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamilyc.62.1 — vWA-like
家族 Family familyc.62.1.1 — Integrin A (or I) domain
结构域编号 domain_idd2adfh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2adfl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2adfl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2adfA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — von Willebrand factor, type A domain
结构域编号 domain_id2adfH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2adfH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2adfL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2adfL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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7. 引用文献 (1)