2b11

Crystal structure of the protein-protein complex between F82W cytochrome c and cytochrome c peroxidase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 68–361 突变:F82W Cytochrome c iso-1 × 1 (P00044) ZNH PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 3350, NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.293
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 68–361 突变:F82W Cytochrome c iso-1 × 1 (P00044) HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 3350, NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 175 个其他 PDB 条目、192 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCPR_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–294; UniProt 68–361 作者链 C; PDB构建体 1–294; UniProt 68–361

Cytochrome c iso-1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00044

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–108 突变:F82W Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 (P00431) ZNH PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 3350, NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.293
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–108 突变:F82W Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 (P00431) HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 3350, NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYC1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 D; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2b11

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2b11
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2b11
沉积日期 deposition_date2005-09-15
结构标题 titleCrystal structure of the protein-protein complex between F82W cytochrome c and cytochrome c peroxidase
关键词 keywordscytochrome, electron transfer, OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.73
零角强度 I(0) i0135222000.00
分子量 molecular_weight93609.0 kDa
排除体积 excluded_volume116940 ų
包络体积 envelope_volume151500 ų
水化壳体积 shell_volume36947 ų
包络直径 envelope_diameter118.7
壳层 Rg shell_rg40.39
包络 Rg envelope_rg34.33
形状 Rg shape_rg34.73
总 Rg total_rg35.13
总原子数 total_atoms6612
残基数 n_residues804
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.4
Rg (实空间) rg_real35.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real1.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal135200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8780
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.1
偏度 Skewness skewness0.344
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22940000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.898

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2b11a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like
结构域编号 domain_idd2b11b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd2b11c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like
结构域编号 domain_idd2b11d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2b11A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2b11A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2
结构域编号 domain_id2b11B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2b11C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2b11C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2
结构域编号 domain_id2b11D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)