2g9j

Complex of TM1a(1-14)Zip with TM9a(251-284): a model for the polymerization domain ("overlap region") of tropomyosin, Northeast Structural Genomics Target OR9

Method: SOLUTION NMR Dmax: 86.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tropomyosin 1 alpha chain

Rattus norvegicus

UniProt Q63609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–14 链 B; UniProt 1–14 链 C; UniProt 251–284 链 D; UniProt 251–284 片段:TM9a(251-284) 突变:N279K 片段:TM1a(1-14)Zip 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.5;10 K;离子强度(mmCIF原始值)0.14;压力 ambient NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U-15N withTM9a(251-284)U15N, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U15N/U13C with TM9a(251-284) unlabled, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U15N/U13C with TM9a(251-284) unlabled, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 99.9% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 99.9% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip unlabeled with TM9a(251-284)U15N/U13C, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 or in 99.9% deuterium oxide | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 or in 99.9% deuterium oxide NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip unlabeled with TM9a(251-284)U15N/U13C, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide 99.9% deuterium oxide, pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide 99.9% deuterium oxide, pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14), one chain labeled U15N/U13C the other chain unlabeled, with unlabeled TM9a(251-284), 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM9a(251-284), one chain labeled U15N/U13C the other chain unlabeled, with unlabele TM1a(1-14)Zip, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPM1_RAT
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–37; UniProt 251–284 作者链 D; PDB构建体 4–37; UniProt 251–284 作者链 A; PDB构建体 2–15; UniProt 1–14 作者链 B; PDB构建体 2–15; UniProt 1–14

Tropomyosin 1 alpha chain/General control protein GCN4

Rattus norvegicus, Saccharomyces cerevisiae

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 264–281 链 B; UniProt 264–281 片段:TM1a(1-14)Zip Tropomyosin 1 alpha chain × 2 (Q63609) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.5;10 K;离子强度(mmCIF原始值)0.14;压力 ambient NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U-15N withTM9a(251-284)U15N, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U15N/U13C with TM9a(251-284) unlabled, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip U15N/U13C with TM9a(251-284) unlabled, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 99.9% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 99.9% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip unlabeled with TM9a(251-284)U15N/U13C, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 or in 99.9% deuterium oxide | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 or in 99.9% deuterium oxide NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14)Zip unlabeled with TM9a(251-284)U15N/U13C, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide 99.9% deuterium oxide, pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide 99.9% deuterium oxide, pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM1a(1-14), one chain labeled U15N/U13C the other chain unlabeled, with unlabeled TM9a(251-284), 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 NMR样品组成:1mM complex of TM9a(251-284), one chain labeled U15N/U13C the other chain unlabeled, with unlabele TM1a(1-14)Zip, 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 | 100 mM NaCl, 10 mM sodium phospate 10% deuterium oxide pH 6.5 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 162 个其他 PDB 条目、200 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCN4_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–33; UniProt 264–281 作者链 B; PDB构建体 16–33; UniProt 264–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g9j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g9j
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g9j
沉积日期 deposition_date2006-03-06
结构标题 titleComplex of TM1a(1-14)Zip with TM9a(251-284): a model for the polymerization domain ("overlap region") of tropomyosin, Northeast Structural Genomics Target OR9
关键词 keywords;TROPOMYOSIN, PEPTIDE COMPLEX, OVERLAP COMPLEX, INTERMOLECULAR JUNCTION, N-TERMINAL:C-TERMINAL INTERFACE, PARALLEL COILED COIL, POLYMERIZATION DOMAIN, STRUCTURAL PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.05
零角强度 I(0) i0370081000.00
分子量 molecular_weight161430.0 kDa
排除体积 excluded_volume202560 ų
包络体积 envelope_volume47940 ų
水化壳体积 shell_volume17338 ų
包络直径 envelope_diameter92.1
壳层 Rg shell_rg30.23
包络 Rg envelope_rg27.74
形状 Rg shape_rg24.07
总 Rg total_rg24.15
总原子数 total_atoms22950
残基数 n_residues1400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.9
Rg (实空间) rg_real24.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real3.7010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal370000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6617
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.6
偏度 Skewness skewness0.763
峰度 Kurtosis kurtosis-0.052
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha543000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.315; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.054; Smooth: 0.600

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2g9ja1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd2g9ja2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2g9jb1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd2g9jb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2g9jc1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.5 — Tropomyosin
家族 Family familyh.1.5.1 — Tropomyosin
结构域编号 domain_idd2g9jc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2g9jd1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.5 — Tropomyosin
家族 Family familyh.1.5.1 — Tropomyosin
结构域编号 domain_idd2g9jd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)