2jdi

Ground state structure of F1-ATPase from bovine heart mitochondria (Bovine F1-ATPase crystallised in the absence of azide)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA × 3 （P00829） ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 （P05631） ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 （P05630） ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN × 1 （P05632） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 44–553

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM × 3 （P19483） ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 （P05631） ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 （P05630） ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN × 1 （P05632） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–4； UniProt 47–50 作者链 D； PDB构建体 5–482； UniProt 51–528 作者链 E； PDB构建体 1–4； UniProt 47–50 作者链 E； PDB构建体 5–482； UniProt 51–528 作者链 F； PDB构建体 1–4； UniProt 47–50 作者链 F； PDB构建体 5–482； UniProt 51–528

ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA × 3 （P00829） ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 （P05630） ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN × 1 （P05632） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–273； UniProt 26–298

ATP SYNTHASE DELTA CHAIN

物种未注明

UniProt P05630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA × 3 （P00829） ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 （P05631） ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN × 1 （P05632） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPD_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 23–168

ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN

物种未注明

UniProt P05632

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA × 3 （P00829） ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 （P05631） ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 （P05630） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP5E_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jdi
沉积日期 deposition_date	2007-01-09
结构标题 title	Ground state structure of F1-ATPase from bovine heart mitochondria (Bovine F1-ATPase crystallised in the absence of azide)
关键词 keywords	ATP PHOSPHORYLASE, HYDROLASE, ATP SYNTHESIS; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2jdi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2jdi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2jdi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.34 Å
Rg（电子密度）	42.68 Å
总 Rg	43.03 Å
原子数	24071
残基数	3142
排除体积	430650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2jdi__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM
分子量 formula_weight	55301.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	26426

QKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLGKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	51757.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

AAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN
分子量 formula_weight	30300.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKADIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGAIHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE DELTA CHAIN
分子量 formula_weight	15074.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AEAAAAQAPAAGPGQMSFTFASPTQVFFNSANVRQVDVPTQTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEANEALVKALE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN
分子量 formula_weight	5662.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.34
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

VAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAMKTSGSTIKIVKVKKE

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2322

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

SCOP 2.08 (22 domains)

结构域编号 domain_id	d2jdia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdia2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdia3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdib1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdib2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdib3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdic1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdic2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdic3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdid1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdid2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdid3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdie1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdie2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdie3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdif1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.69 — Left-handed superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.69.1 — C-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	a.69.1.1 — C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdif2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.49 — Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	b.49.1 — N-terminal domain of alpha and beta (or A/B) subunits of rotary ATPases
家族 Family family	b.49.1.1 — N-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase

结构域编号 domain_id	d2jdif3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.11 — RecA protein-like (ATPase-domain)

结构域编号 domain_id	d2jdig_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.49 — Pyruvate kinase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.49.2 — ATP synthase (F1-ATPase), gamma subunit
家族 Family family	c.49.2.1 — ATP synthase (F1-ATPase), gamma subunit

结构域编号 domain_id	d2jdih1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.10 — Epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain
家族 Family family	a.2.10.1 — Epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2jdih2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.93 — Epsilon subunit of F1F0-ATP synthase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.93.1 — Epsilon subunit of F1F0-ATP synthase N-terminal domain
家族 Family family	b.93.1.1 — Epsilon subunit of F1F0-ATP synthase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2jdii_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.8 — Epsilon subunit of mitochondrial F1F0-ATP synthase
家族 Family family	a.137.8.1 — Epsilon subunit of mitochondrial F1F0-ATP synthase

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id	2jdiA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2jdiA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2jdiB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2jdiB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2jdiC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2jdiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2jdiD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2jdiD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2jdiE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2jdiE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2jdiF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2jdiF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2jdiF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2jdiG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	2jdiG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

结构域编号 domain_id	2jdiH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — ATP Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal

结构域编号 domain_id	2jdiH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	105.610 Å
晶胞边长 b length_b	123.130 Å
晶胞边长 c length_c	261.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2200

Ground state structure of F1-ATPase from bovine heart mitochondria (Bovine F1-ATPase crystallised in the absence of azide)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE DELTA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jdi__assembly_1__model_1

2jdi__assembly_1__model_1 | I(q)

2jdi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

SCOP 2.08 (22 domains)

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)