2qad

Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp160

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	T-cell surface glycoprotein CD4 × 2 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 2 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 2 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MALONIC ACID × 4 1,2-ETHANEDIOL × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1Y2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–33； UniProt 88–120 作者链 A； PDB构建体 38–322； UniProt 195–479 作者链 E； PDB构建体 1–33； UniProt 88–120 作者链 E； PDB构建体 38–322； UniProt 195–479

T-cell surface glycoprotein CD4

Homo sapiens

UniProt P01730

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Envelope glycoprotein gp160 × 2 （P35961） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 2 （Q6GMX8） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 2 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MALONIC ACID × 4 1,2-ETHANEDIOL × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–181； UniProt 26–206 作者链 F； PDB构建体 1–181； UniProt 26–206

anti-HIV-1 antibody 412d light chain

Homo sapiens

UniProt Q6GMX8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 1 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Envelope glycoprotein gp160 × 2 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 2 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain × 2 （A4F255） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MALONIC ACID × 4 1,2-ETHANEDIOL × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMX8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–214； UniProt 23–236 作者链 G； PDB构建体 1–214； UniProt 23–236

anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain

Homo sapiens

UniProt A4F255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 1 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 1 （Q6GMX8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MALONIC ACID × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Envelope glycoprotein gp160 × 2 （P35961） T-cell surface glycoprotein CD4 × 2 （P01730） anti-HIV-1 antibody 412d light chain × 2 （Q6GMX8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MALONIC ACID × 4 1,2-ETHANEDIOL × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4F255_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 36–231； UniProt 33–228 作者链 H； PDB构建体 36–231； UniProt 33–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qad
沉积日期 deposition_date	2007-06-14
结构标题 title	Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4
关键词 keywords	viral protein/immune system, viral protein-immune system complex; viral protein/immune system
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qad__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qad__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.64 Å
Rg（电子密度）	39.71 Å
总 Rg	40.02 Å
原子数	7524
残基数	939
排除体积	133400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qad__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qad__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qad__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp160
分子量 formula_weight	36062.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14987

VTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTGGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNDKKFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEIVIRSENFTNNAKTIIVQLNESVVINCTRPNNNTRKSINIGPGRALYTTGEIIGDIRQAHCNLSKTQWENTLEQIAIKLKEQFGNNKTIIFNPSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFTWNDTRKLNNTGRNITLPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGKDTNGTEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIE

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD4
分子量 formula_weight	20129.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIVVLAFQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	anti-HIV-1 antibody 412d light chain
分子量 formula_weight	23483.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNWLAWYQQKPGRAPKLLMYKASSLKSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQSDDFATYYCQQHDSSPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Human herpesvirus 4

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain
分子量 formula_weight	24839.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSNYAINWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFNIAHYAQRFQGRVSITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVFYCASPYPNDYNDYAPEEGMSWYFDLWGRGTLVTVSPASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Human herpesvirus 4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	31

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2qadb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2qadb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

结构域编号 domain_id	d2qadd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2qadd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2qadf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2qadf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

结构域编号 domain_id	d2qadh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2qadh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	2qadA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

结构域编号 domain_id	2qadB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

结构域编号 domain_id	2qadF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2qadH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	109.600 Å
晶胞边长 b length_b	53.021 Å
晶胞边长 c length_c	225.326 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2690

Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

anti-HIV-1 antibody 412d light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

anti-HIV-1 antibody 412d heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qad__assembly_1__model_1

2qad__assembly_1__model_1 | I(q)

2qad__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)