2sni

STRUCTURAL COMPARISON OF TWO SERINE PROTEINASE-PROTEIN INHIBITOR COMPLEXES. EGLIN-C-SUBTILISIN CARLSBERG AND CI-2-SUBTILISIN NOVO

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUBTILISIN NOVO

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00782

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 108–382 未记录 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2 × 1 (P01053) CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUBT_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–275; UniProt 108–382

CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2

Hordeum sp.

UniProt P01053

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–83 未记录 SUBTILISIN NOVO × 1 (P00782) CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ICI2_HORVU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–83; UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2sni

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2sni
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2sni
沉积日期 deposition_date1988-09-05
结构标题 titleSTRUCTURAL COMPARISON OF TWO SERINE PROTEINASE-PROTEIN INHIBITOR COMPLEXES. EGLIN-C-SUBTILISIN CARLSBERG AND CI-2-SUBTILISIN NOVO
关键词 keywordsCOMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR), COMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR) complex; COMPLEX (PROTEINASE/INHIBITOR)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.04
零角强度 I(0) i021093100.00
分子量 molecular_weight34897.0 kDa
排除体积 excluded_volume43622 ų
包络体积 envelope_volume48568 ų
水化壳体积 shell_volume21127 ų
包络直径 envelope_diameter65.9
壳层 Rg shell_rg25.89
包络 Rg envelope_rg19.34
形状 Rg shape_rg19.04
总 Rg total_rg19.93
总原子数 total_atoms2453
残基数 n_residues339
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.6
Rg (实空间) rg_real19.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.1090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21090000.0000
解质量估计 total_estimate0.7917
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3
偏度 Skewness skewness0.299
峰度 Kurtosis kurtosis-0.154
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7416000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2snie_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases
结构域编号 domain_idd2snii_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyd.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family familyd.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2sniE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain
结构域编号 domain_id2sniI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)