2w6i

Low resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 4B.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–553 链 B; UniProt 1–553 链 C; UniProt 1–553 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 (P05630) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 (P05632) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 4.00 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553 作者链 B; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553 作者链 C; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–528 链 E; UniProt 1–528 链 F; UniProt 1–528 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 (P05630) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 (P05632) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 4.00 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPB_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528 作者链 E; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528 作者链 F; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–298 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 (P05630) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 (P05632) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 4.00 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPG_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298

F1-ATPASE DELTA SUBUNIT

物种未注明

UniProt P05630

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–168 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 (P05632) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 4.00 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPD_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–168; UniProt 1–168

ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P05632

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–51 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 (P05630) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 4.00 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5E_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–51; UniProt 1–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2w6i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2w6i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2w6i
沉积日期 deposition_date2008-12-18
结构标题 titleLow resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 4B.
关键词 keywords;ATP PHOSPHORYLASE (H+ TRANSPORTING), TRANSIT PEPTIDE, F1FO ATP SYNTHASE, ATP PHOSPHORYLASE, ATP SYNTHASE, ION TRANSPORT, MITOCHONDRION, ATP SYNTHESIS, UBL CONJUGATION, CF(1), P-LOOP, HYDROLASE, NUCLEOTIDE-BINDING, HYDROGEN ION TRANSPORT, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, ATP-BINDING ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.04
零角强度 I(0) i01668330000.00
分子量 molecular_weight344310.0 kDa
排除体积 excluded_volume433890 ų
包络体积 envelope_volume563700 ų
水化壳体积 shell_volume101640 ų
包络直径 envelope_diameter152.5
壳层 Rg shell_rg53.27
包络 Rg envelope_rg42.84
形状 Rg shape_rg43.05
总 Rg total_rg43.41
总原子数 total_atoms24216
残基数 n_residues3179
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.2
Rg (实空间) rg_real43.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real1.6680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1669000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8827
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.8
偏度 Skewness skewness0.098
峰度 Kurtosis kurtosis-0.422
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha340700000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id2w6iA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2w6iA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2w6iB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2w6iB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2w6iC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2w6iC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2w6iD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2w6iD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id2w6iE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2w6iE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id2w6iF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2w6iF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2w6iF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3
结构域编号 domain_id2w6iG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain
结构域编号 domain_id2w6iG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)