2w6i

Low resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 4B.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00829） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P05631） F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 （P05630） ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 （P05632）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–553； UniProt 1–553 作者链 B； PDB构建体 1–553； UniProt 1–553 作者链 C； PDB构建体 1–553； UniProt 1–553

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P05631） F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 （P05630） ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 （P05632）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–528； UniProt 1–528 作者链 E； PDB构建体 1–528； UniProt 1–528 作者链 F； PDB构建体 1–528； UniProt 1–528

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00829） F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 （P05630） ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 （P05632）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298

F1-ATPASE DELTA SUBUNIT

物种未注明

UniProt P05630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00829） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P05631） ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 1 （P05632）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPD_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P05632

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 （P19483） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00829） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P05631） F1-ATPASE DELTA SUBUNIT × 1 （P05630）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP5E_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2w6i
沉积日期 deposition_date	2008-12-18
结构标题 title	Low resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 4B.
关键词 keywords	;ATP PHOSPHORYLASE (H+ TRANSPORTING), TRANSIT PEPTIDE, F1FO ATP SYNTHASE, ATP PHOSPHORYLASE, ATP SYNTHASE, ION TRANSPORT, MITOCHONDRION, ATP SYNTHESIS, UBL CONJUGATION, CF(1), P-LOOP, HYDROLASE, NUCLEOTIDE-BINDING, HYDROGEN ION TRANSPORT, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, ATP-BINDING ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2w6i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2w6i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2w6i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.92 Å
Rg（电子密度）	43.04 Å
总 Rg	43.41 Å
原子数	24216
残基数	3179
排除体积	433890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2w6i__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	59795.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24216

MLSVRVAAAVARALPRRAGLVSKNALGSSFIAARNLHASNSRLQKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKARRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLSKIRTDGKISEESDAKLKEIVTNFLAGFEA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	56340.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MLGLVGRVVAASASGALRGLSPSAPLPQAQLLLRAAPAALQPARDYAAQASPSPKAGATTGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIRIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFVEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	33119.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFSRAGVAGLSAWTVQPQWIQVRNMATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGVGSLALYEKADIKTPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGAIHSSVAKQMKSEAANLAAAGKEVKIIGVGDKIRSILHRTHSDQFLVTFKEVGRRPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTISSAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	F1-ATPASE DELTA SUBUNIT
分子量 formula_weight	17627.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MLPSALLRRPGLGRLVRQVRLYAEAAAAQAPAAGPGQMSFTFASPTQVFFNSANVRQVDVPTQTGAFGILAAHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEANEALVKALE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	5793.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MVAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKTEFKANAMKTSGSTIKIVKVKKE

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	2w6iA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2w6iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2w6iB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2w6iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2w6iC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2w6iC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2w6iD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2w6iD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2w6iE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2w6iE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2w6iF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2w6iF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2w6iF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	2w6iG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	2w6iG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

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晶胞边长 a length_a	108.920 Å
晶胞边长 b length_b	131.330 Å
晶胞边长 c length_c	267.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2990
R_work r_work	0.2990
R_free r_free	0.3000

Low resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 4B.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F1-ATPASE DELTA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w6i__assembly_1__model_1

2w6i__assembly_1__model_1 | I(q)

2w6i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)