2wkr

Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450M Mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

HOMO SAPIENS

UniProt O49003

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 404–546 片段:NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180 突变:YES GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:18 % (V/V) PEG 600 分辨率 2.20 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O49003_AVESA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–155; UniProt 404–546

NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

HOMO SAPIENS

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–180 片段:NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180 突变:YES GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:18 % (V/V) PEG 600 分辨率 2.20 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 156–332; UniProt 4–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wkr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wkr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wkr
沉积日期 deposition_date2009-06-16
结构标题 titleStructure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450M Mutant
关键词 keywords;TRANSFERASE, CELL ADHESION, NUCLEOTIDE-BINDING, PROTEIN ENGINEERING, RAS SUPERFAMILY LOV2, PHOTOTROPIN1, PROTEIN DESIGN, SMALL G-PROTEIN, LIGHT-INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION, GTPASE, RHO FAMILY, ATP-BINDING, PRENYLATION, CHIMERA, NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ENGINEERING, ADP-RIBOSYLATION ;; TRANSFERASE, CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.73
零角强度 I(0) i023699500.00
分子量 molecular_weight36926.0 kDa
排除体积 excluded_volume46147 ų
包络体积 envelope_volume54493 ų
水化壳体积 shell_volume21592 ų
包络直径 envelope_diameter85.5
壳层 Rg shell_rg27.93
包络 Rg envelope_rg22.20
形状 Rg shape_rg21.71
总 Rg total_rg22.60
总原子数 total_atoms2590
残基数 n_residues317
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.4
Rg (实空间) rg_real22.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real2.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7969
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.513
峰度 Kurtosis kurtosis-0.044
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5988000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.796; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2wkrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PAS domain
结构域编号 domain_id2wkrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)