2z5i

Crystal structure of the head-to-tail junction of tropomyosin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General control protein GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain

Oryctolagus cuniculus

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 259–278 链 B; UniProt 259–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 259–278 链 D; UniProt 259–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 259–278 链 F; UniProt 259–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
4 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 259–278 链 H; UniProt 259–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
5 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 267–278 链 J; UniProt 267–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
6 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 259–278 链 B; UniProt 259–278 链 C; UniProt 259–278 链 D; UniProt 259–278 链 E; UniProt 259–278 链 F; UniProt 259–278 链 G; UniProt 259–278 链 H; UniProt 259–278 链 I; UniProt 267–278 链 J; UniProt 267–278 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 162 个其他 PDB 条目、195 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCN4_YEAST
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 B; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 C; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 D; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 E; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 F; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 G; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 H; PDB构建体 2–21; UniProt 259–278 作者链 I; PDB构建体 29–40; UniProt 267–278 作者链 J; PDB构建体 29–40; UniProt 267–278

General control protein GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain

Oryctolagus cuniculus

UniProt P58772

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 254–284 链 B; UniProt 254–284 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 254–284 链 D; UniProt 254–284 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 254–284 链 F; UniProt 254–284 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
4 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 254–284 链 H; UniProt 254–284 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
5 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–24 链 J; UniProt 1–24 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246
6 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 254–284 链 B; UniProt 254–284 链 C; UniProt 254–284 链 D; UniProt 254–284 链 E; UniProt 254–284 链 F; UniProt 254–284 链 G; UniProt 254–284 链 H; UniProt 254–284 链 I; UniProt 1–24 链 J; UniProt 1–24 片段:C terminal domain of GCN4 and Tropomyosin alpha-1 chain 片段:N terminal domain of Tropomyosin alpha-1 chain and C terminal domain of GCN4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPM1_RABIT
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 B; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 C; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 D; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 E; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 F; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 G; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 H; PDB构建体 22–52; UniProt 254–284 作者链 I; PDB构建体 5–28; UniProt 1–24 作者链 J; PDB构建体 5–28; UniProt 1–24

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2z5i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2z5i
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2z5i
沉积日期 deposition_date2007-07-12
结构标题 titleCrystal structure of the head-to-tail junction of tropomyosin
关键词 keywordsactin, troponin, tropomyosin, cytoskeleton, cardiomyopathy, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.45
零角强度 I(0) i047618800.00
分子量 molecular_weight54501.0 kDa
排除体积 excluded_volume68477 ų
包络体积 envelope_volume107230 ų
水化壳体积 shell_volume27701 ų
包络直径 envelope_diameter121.0
壳层 Rg shell_rg37.81
包络 Rg envelope_rg34.74
形状 Rg shape_rg35.46
总 Rg total_rg35.61
总原子数 total_atoms3826
残基数 n_residues466
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.0
Rg (实空间) rg_real35.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.43
I(0) (实空间) i0_real4.7620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8986
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.0
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2113000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2z5iA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id2z5iH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)