3at0

Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clumping factor B

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 212–541	片段：N2 N3 domain (UNP RESIDUES 212-541) 突变：D444E	C-terminal alpha chain peptide × 1 （P02671）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3AT0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ASW Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2010-12-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 212–531（320 aa）片段：N2 N3 domain (UNP RESIDUES 212-531)	突变：D444E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.219
3AU0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2011-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–541（339 aa）片段：N2 and N3 domain (UNP RESIDUES 203-541)	突变：D444E	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.7M sodium formate, 1.44M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.279

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLFB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–338； UniProt 212–541

C-terminal alpha chain peptide

物种未注明

UniProt P02671

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 332–347	未记录	Clumping factor B × 1 （Q7A382）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3AT0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 26–35（10 aa）链 I 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z	分辨率 2.90 Å R-free 0.363
1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.318
1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 B 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 C 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 D 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 F 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 G 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 H 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.302
1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1N86 Crystal structure of human D-dimer from cross-linked fibrin complexed with GPR and GHRPLDK peptide ligands. 提交 2002-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN 链 G 36–38（3 aa）片段：sequence database residues 36-38 链 H 36–38（3 aa）片段：sequence database residues 36-38	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Tris buffer. 10 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.289
1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–218（89 aa）片段：double-D alpha chain 链 D 130–218（89 aa）片段：double-D alpha chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 4.50 Å R-free 0.416
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 20–42（23 aa）片段：RESIDUES 1 - 23	突变：F308Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 20–42（23 aa）片段：RESIDUES 1 - 23	突变：F308Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 36–92（57 aa）片段：UNP P02671, residues 36-92 链 J 36–92（57 aa）片段：UNP P02671, residues 36-92	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K	分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Residues 126-191	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Residues 126-191	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）片段：UNP residues 130-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）片段：UNP residues 130-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 G 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 J 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.325
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218 链 D 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 148–209（62 aa）片段：residues 148-209	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 148–209（62 aa）片段：residues 148-209	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–581（562 aa）片段：mature chain 链 D 20–581（562 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 20–581（562 aa）片段：mature chain 链 J 20–581（562 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 20–216（197 aa）片段：UNP residues 20-216 链 D 20–216（197 aa）片段：UNP residues 20-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.60 Å R-free 0.320
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D: UNP residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D: UNP residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
4F27 Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB 提交 2012-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 336–347（12 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.92 Å R-free 0.226
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 580–594（15 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml	分辨率 1.45 Å R-free 0.212
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 580–594（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml	分辨率 1.45 Å R-free 0.212

共 36 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–16； UniProt 332–347

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3at0
沉积日期 deposition_date	2010-12-23
结构标题 title	Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions
关键词 keywords	IgG like, Adhesin, Fibrinogen, cytokeratin, CELL ADHESION-BLOOD CLOTTING complex; CELL ADHESION/BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.85 Å
零角强度 I(0) i0	23205400.00
分子量 molecular_weight	35801.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44303 Å³
包络体积 envelope_volume	52179 Å³
水化壳体积 shell_volume	20337 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.45 Å
包络 Rg envelope_rg	23.17 Å
形状 Rg shape_rg	22.84 Å
总 Rg total_rg	23.57 Å
总原子数 total_atoms	2529
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8076
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.600
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.021
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3966000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.621; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.740; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Clumping factor B
分子量 formula_weight	37487.9 kDa
突变 mutation	D444E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2751

HHHHHHGSGTNVNDKVTASNFKLEKTTFDPNQSGNTFMAANFTVTDKVKSGDYFTAKLPDSLTGNGDVDYSNSNNTMPIADIKSTNGDVVAKATYDILTKTYTFVFTDYVNNKENINGQFSLPLFTDRAKAPKSGTYDANINIADEMFNNKITYNYSSPIAGIDKPNGANISSQIIGVDTASGQNTYKQTVFVNPKQRVLGNTWVYIKGYQDKIEESSGKVSATDTKLRIFEVNDTSKLSESYYADPNDSNLKEVTDQFKNRIYYEHPNVASIKFGDITKTYVVLVEGHYDNTGKNLKTQVIQENVDPVTNRDYSIFGWNNENVVRYGGGSADGDSAV

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-terminal alpha chain peptide
分子量 formula_weight	1483.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSWNSGSSGTGSTGNQ

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3at0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 —

结构域编号 domain_id	3at0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.238 Å
晶胞边长 b length_b	86.238 Å
晶胞边长 c length_c	83.864 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	28.750 Å
R 因子 r_factor	0.1793
R_work r_work	0.1778
R_free r_free	0.2073

fit	/app/data/saxs_computation/at/3at0/3at0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/at/3at0/3at0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/at/3at0/3at0.dat

Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clumping factor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-terminal alpha chain peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)