3cbp

Set7/9-ER-Sinefungin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

Homo sapiens

UniProt Q8WTS6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 111–366 片段:UNP residues 111-366 Estrogen receptor × 1 (P03372) SFG SINEFUNGIN × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;40-42.5% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, pH 8.00 分辨率 1.42 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SETD7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–256; UniProt 111–366

Estrogen receptor

物种未注明

UniProt P03372

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 298–307 片段:UNP residues 298-307 Histone-lysine N-methyltransferase SETD7 × 1 (Q8WTS6) SFG SINEFUNGIN × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;40-42.5% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, pH 8.00 分辨率 1.42 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 434 个其他 PDB 条目、522 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–10; UniProt 298–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cbp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cbp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cbp
沉积日期 deposition_date2008-02-22
结构标题 titleSet7/9-ER-Sinefungin complex
关键词 keywords;Estrogen Receptor, protein lysine methylation, Activator, Chromatin regulator, Chromosomal protein, Methyltransferase, Nucleus, S-adenosyl-L-methionine, Transcription, Transcription regulation, Transferase, DNA-binding, Lipid-binding, Metal-binding, Phosphoprotein, Steroid-binding, Zinc-finger, TRANSFERASE-TRANSFERASE RECEPTOR COMPLEX ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.90
零角强度 I(0) i014189000.00
分子量 molecular_weight27646.0 kDa
排除体积 excluded_volume34254 ų
包络体积 envelope_volume39580 ų
水化壳体积 shell_volume17947 ų
包络直径 envelope_diameter71.8
壳层 Rg shell_rg24.89
包络 Rg envelope_rg19.44
形状 Rg shape_rg18.90
总 Rg total_rg19.80
总原子数 total_atoms1943
残基数 n_residues243
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.6
Rg (实空间) rg_real19.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real1.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14190000.0000
解质量估计 total_estimate0.7878
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.450
峰度 Kurtosis kurtosis-0.105
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3320000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3cbpa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamilyb.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family familyb.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3cbpa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.7 — SET domain
家族 Family familyb.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3cbpA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
结构域编号 domain_id3cbpA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SET domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)