3da7

A conformationally strained, circular permutant of barnase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Barstar

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–90	未记录	Barnase circular permutant × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–90	未记录	Barnase circular permutant × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–90	未记录	Barnase circular permutant × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–90	未记录	Barnase circular permutant × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DA7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A19 BARSTAR (FREE), C82A MUTANT 提交 1997-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	突变：C82A 突变：C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；C82A MUTANT WAS CRYSTALLIZED FROM 40-60% AMMONIUM SULFATE, 50MM PHOSPHATE, PH=6.5. PROTEIN CONC=45 MG/ML. C40A AND DTNB LABELLED CRYSTALS ALSO CRYSTALLIZED BUT DID NOT DIFFRACT TO HIGH RESOLUTION.	分辨率 2.76 Å R-free 0.292
1AB7 NMR 15N RELAXATION AND STRUCTURAL STUDIES REVEAL CONFORMATIONAL EXCHANGE IN BARSTAR C40/82A, 30 STRUCTURES 提交 1997-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K	分辨率未提供
1AY7 RIBONUCLEASE SA COMPLEX WITH BARSTAR 提交 1997-11-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.190
1B27 STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18-24% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M TRIS PH8.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1B27 STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18-24% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M TRIS PH8.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1B27 STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18-24% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M TRIS PH8.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1B2S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-11-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：T43A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18% PEG-4K 0.1M TRIS PH8.0 0.2M LI2SO4	分辨率 1.82 Å R-free 0.249
1B2S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：T43A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18% PEG-4K 0.1M TRIS PH8.0 0.2M LI2SO4	分辨率 1.82 Å R-free 0.249
1B2S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-11-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：T43A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；18% PEG-4K 0.1M TRIS PH8.0 0.2M LI2SO4	分辨率 1.82 Å R-free 0.249
1B2U STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：D36A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；21% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M NA CACODYLATE PH6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.276
1B2U STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：D36A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；21% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M NA CACODYLATE PH6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.276
1B2U STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：D36A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；21% PEG-8K 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M NA CACODYLATE PH6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.276
1B3S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：Y30F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2M (NH4)2SO4; 0.1M TRIS/HCL PH 8.0: 22% PEG-8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.324
1B3S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：Y30F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2M (NH4)2SO4; 0.1M TRIS/HCL PH 8.0: 22% PEG-8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.324
1B3S STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：Y30F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2M (NH4)2SO4; 0.1M TRIS/HCL PH 8.0: 22% PEG-8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.324
1BGS RECOGNITION BETWEEN A BACTERIAL RIBONUCLEASE, BARNASE, AND ITS NATURAL INHIBITOR, BARSTAR 提交 1993-11-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1BGS RECOGNITION BETWEEN A BACTERIAL RIBONUCLEASE, BARNASE, AND ITS NATURAL INHIBITOR, BARSTAR 提交 1993-11-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1BGS RECOGNITION BETWEEN A BACTERIAL RIBONUCLEASE, BARNASE, AND ITS NATURAL INHIBITOR, BARSTAR 提交 1993-11-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1BRS PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF A BARNASE-BARSTAR COMPLEX AT 2.0-A RESOLUTION 提交 1994-03-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BRS PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF A BARNASE-BARSTAR COMPLEX AT 2.0-A RESOLUTION 提交 1994-03-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BRS PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF A BARNASE-BARSTAR COMPLEX AT 2.0-A RESOLUTION 提交 1994-03-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BTA THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE AND 13C ASSIGNMENTS OF BARSTAR USING NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1994-05-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1BTB THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE AND 13C ASSIGNMENTS OF BARSTAR USING NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1994-05-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1L1K NMR Identification and Characterization of the Flexible Regions in the 160 KD Molten Globule-like Aggregate of Barstar at Low pH 提交 2002-02-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–20（20 aa）片段：Flexible region (residues 1-20)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 2.7；298 K；压力 1 NMR样品组成 1.2 mM Barstar U-15N, 13C; \| 90 % H2O, 10& D2O; pH 2.7	分辨率未提供
1X1U Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1X1U Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1X1U Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1X1W Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 0–89（90 aa）	突变：C40A, C82A, E80A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1X1W Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 0–89（90 aa）	突变：C40A, C82A, E80A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1X1W Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 0–89（90 aa）	突变：C40A, C82A, E80A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1X1X Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–89（89 aa）	突变：C40A, E76A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
1X1X Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–89（89 aa）	突变：C40A, E76A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
1X1X Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–89（89 aa）	突变：C40A, E76A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
1X1Y Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 0–89（90 aa）	突变：D35A, C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
1X1Y Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 0–89（90 aa）	突变：D35A, C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
1X1Y Water-mediate interaction at aprotein-protein interface 提交 2005-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 0–89（90 aa）	突变：D35A, C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2HXX Aminotryptophan Barstar 提交 2006-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–90（89 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；2.4 M Ammonium sulfate, 50 mM Tris/Hcl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2HXX Aminotryptophan Barstar 提交 2006-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–90（89 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；2.4 M Ammonium sulfate, 50 mM Tris/Hcl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2ZA4 Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex 提交 2007-10-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–90（90 aa）	突变：D39A, C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.0M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
2ZA4 Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex 提交 2007-10-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–90（90 aa）	突变：D39A, C40A, C82A	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.0M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
2ZA4 Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex 提交 2007-10-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–90（90 aa）	突变：D39A, C40A, C82A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.0M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
2ZA4 Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex 提交 2007-10-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–90（90 aa）	突变：D39A, C40A, C82A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.0M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.200
6PQK Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A 提交 2019-07-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–90（90 aa）	突变：C40A, S59C, A67C, C82A	PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol	分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6PQK Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/S59C/A67C/C82A 提交 2019-07-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–90（90 aa）	突变：C40A, S59C, A67C, C82A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50mM NaPO4 pH 6.5, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 12.5% glycerol + 12.5% ethylene glycol	分辨率 1.20 Å R-free 0.160
7MRX Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A 提交 2021-05-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–90（90 aa）	突变：C41A, C83A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD	分辨率 2.29 Å R-free 0.229
7MRX Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A 提交 2021-05-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–90（90 aa）	突变：C41A, C83A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD	分辨率 2.29 Å R-free 0.229
7MRX Cryogenic crystal structure of barnase A43C/S80C bound to barstar C40A/C82A 提交 2021-05-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–90（90 aa）	突变：C41A, C83A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50mM NaPO4, 25% PEG 8K, 0.1M AmSO4 4uL protein at 10-15 mg/mL in H2O + 4uL motherliquor per hanging drop, over 1 mL motherliquor in well. cryoprotectant used before freezing was: 25% MPD	分辨率 2.29 Å R-free 0.229

共 20 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BARS_BACAM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 D； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 F； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 H； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3da7
沉积日期 deposition_date	2008-05-28
结构标题 title	A conformationally strained, circular permutant of barnase
关键词 keywords	CIRCULAR PERMUTANT, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, ENDONUCLEASE, Cytoplasm, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.14 Å
零角强度 I(0) i0	116699000.00
分子量 molecular_weight	87299.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109420 Å³
包络体积 envelope_volume	145400 Å³
水化壳体积 shell_volume	34782 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.03 Å
包络 Rg envelope_rg	36.53 Å
形状 Rg shape_rg	37.14 Å
总 Rg total_rg	37.34 Å
总原子数 total_atoms	6172
残基数 n_residues	774
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8390
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.188
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9089000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.908; Smooth: 0.677

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Barnase circular permutant
分子量 formula_weight	12501.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,G
原子数 atom_count	6544

SGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIRCAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Barstar
分子量 formula_weight	10352.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,F,H

MKKAVINGEQIRSISDLHQTLKKELALPEYYGENLDALWDCLTGWVEYPLVLEWRQFEQSKQLTENGAESVLQVFREAKAEGCDITIILS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3da7c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d3da7d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d3da7f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d3da7h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3da7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3da7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3da7C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	3da7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	3da7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3da7F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	3da7G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3da7H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.879 Å
晶胞边长 b length_b	80.237 Å
晶胞边长 c length_c	81.922 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.10 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.47 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	19.870 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/da/3da7/3da7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/3da7/3da7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/3da7/3da7.dat

A conformationally strained, circular permutant of barnase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Barstar

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)