SAXSdb — 3e2u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynactin subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–111	片段：CAP-Gly domain	CAP-Gly domain-containing linker protein 1 × 1 （P30622） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–111	片段：CAP-Gly domain	CAP-Gly domain-containing linker protein 1 × 1 （P30622） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 18–111	片段：CAP-Gly domain	CAP-Gly domain-containing linker protein 1 × 1 （P30622） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 18–111	片段：CAP-Gly domain	CAP-Gly domain-containing linker protein 1 × 1 （P30622） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–111 链 B； UniProt 18–111 链 C； UniProt 18–111 链 D； UniProt 18–111	片段：CAP-Gly domain	CAP-Gly domain-containing linker protein 1 × 4 （P30622） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3E2U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TXQ Crystal structure of the EB1 C-terminal domain complexed with the CAP-Gly domain of p150Glued 提交 2004-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–107（93 aa）片段：p150Glued CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2COY Solution structure of the CAP-Gly domain in human Dynactin 1 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–99（99 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2HKN Crystal structure of the CAP-Gly domain of human Dynactin-1 (p150-Glued) 提交 2006-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–111（97 aa）片段：CAP-Gly domain 链 B 15–111（97 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG 3350, 0.05M sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.87 Å R-free 0.251
2HKQ Crystal structure of the C-terminal domain of human EB1 in complex with the CAP-Gly domain of human Dynactin-1 (p150-Glued) 提交 2006-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 15–111（97 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.3 M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES Buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
2HL3 Crystal structure of the A49M mutant CAP-Gly domain of human Dynactin-1 (p150-Glued) in complex with human EB1 C-terminal hexapeptide 提交 2006-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–111（97 aa）片段：CAP-Gly domain 链 B 15–111（97 aa）片段：CAP-Gly domain	突变：A49M 突变：A49M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG 3350, 0.05M Sodium Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.223
2HL5 Crystal structure of the C-terminal domain of human EB1 in complex with the A49M mutant CAP-Gly domain of human Dynactin-1 (p150-Glued) 提交 2006-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 18–111（94 aa）片段：CAP-Gly domain 链 D 18–111（94 aa）片段：CAP-Gly domain	突变：A49M 突变：A49M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.93 Å R-free 0.242
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107 链 B 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107 链 C 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107 链 D 15–107（93 aa）片段：CAP-Gly domain, residues 15-107	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
3TQ7 EB1c/EB3c heterodimer in complex with the CAP-Gly domain of P150glued 提交 2011-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 27–97（71 aa）片段：CAP-Gly domain of P150glued 链 Q 27–97（71 aa）片段：CAP-Gly domain of P150glued	突变：A49M 突变：A49M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
9B7J Cryo-EM structure of human dynactin complex bound to Chlamydia effector Dre1 提交 2024-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 S 1–1278（1278 aa）链 s 1–1278（1278 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
9YND Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 1–1278（1278 aa）链 I 1–1278（1278 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.26 Å
9YNE Motor domain of human dynein-1 in pre-power stroke bound to dynactin-p150glued-CC1B-ICD and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–1278（1278 aa）链 G 1–1278（1278 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.46 Å
9YNH Full-length human cytoplasmic dynein-1 in phi-like state bound to dynactin-p150glued and LIS1 提交 2025-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 W 1–1278（1278 aa）链 X 1–1278（1278 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCTN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–97； UniProt 18–111 作者链 B； PDB构建体 4–97； UniProt 18–111 作者链 C； PDB构建体 4–97； UniProt 18–111 作者链 D； PDB构建体 4–97； UniProt 18–111

CAP-Gly domain-containing linker protein 1

Homo sapiens

UniProt P30622

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1388–1427	片段：Zn-knuckle 2	Dynactin subunit 1 × 1 （Q14203） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1388–1427	片段：Zn-knuckle 2	Dynactin subunit 1 × 1 （Q14203） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1388–1427	片段：Zn-knuckle 2	Dynactin subunit 1 × 1 （Q14203） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1388–1427	片段：Zn-knuckle 2	Dynactin subunit 1 × 1 （Q14203） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1388–1427 链 F； UniProt 1388–1427 链 G； UniProt 1388–1427 链 H； UniProt 1388–1427	片段：Zn-knuckle 2	Dynactin subunit 1 × 4 （Q14203） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3E2U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CP5 Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-170/restin 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2CP6 Solution structure of the 2nd CAP-Gly domain in human CLIP-170/restin 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–339（159 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2E3H Crystal structure of the CLIP-170 CAP-Gly domain 2 提交 2006-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 211–300（90 aa）片段：CAP-Gly domain 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.215
2E3I Crystal structure of the CLIP-170 CAP-Gly domain 1 提交 2006-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 56–141（86 aa）片段：CAP-Gly domain 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
2E4H Solution structure of cytoskeletal protein in complex with tubulin tail 提交 2006-12-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–300（98 aa）片段：CAP-Gly domain 2, residues 203-300	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 F 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 G 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 H 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2QK0 Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170 and EB1 提交 2007-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–128（72 aa）片段：Cap-Gly domain 1	突变：L124M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；1.2 M Sodium malonate, 100 mM Glycine, 1.1 mM Lanthanum chloride, Protein concentration 15 mg/ml, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–42； UniProt 1388–1427 作者链 F； PDB构建体 3–42； UniProt 1388–1427 作者链 G； PDB构建体 3–42； UniProt 1388–1427 作者链 H； PDB构建体 3–42； UniProt 1388–1427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e2u
沉积日期 deposition_date	2008-08-06
结构标题 title	Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED)
关键词 keywords	;STRUCTURAL PROTEIN MICROTUBULE BINDING, DYNACTIN, CYTOSKELETON ASSOCIATED PROTEIN, P150GLUED, CLIP-170/RESTIN, +TIP PROTEIN COMPLEX STRUCTURE, ZINC-KNUCKLE, AUTOINHIBITION, PROTEIN BINDING, Cytoskeleton, Dynein, Microtubule, Motor protein, Phosphoprotein ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.59 Å
零角强度 I(0) i0	33248900.00
分子量 molecular_weight	42951.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52954 Å³
包络体积 envelope_volume	65519 Å³
水化壳体积 shell_volume	23738 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.77 Å
包络 Rg envelope_rg	22.25 Å
形状 Rg shape_rg	22.62 Å
总 Rg total_rg	23.31 Å
总原子数 total_atoms	3008
残基数 n_residues	383
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9186
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.040
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3515000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynactin subunit 1
分子量 formula_weight	10309.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3085

GSHMSAEASARPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVFEDGADTTSPETPDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CAP-Gly domain-containing linker protein 1
分子量 formula_weight	4804.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GSMSEDPPHSTHHGSRGEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3e2ua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.10 — Cap-Gly domain
家族 Family family	b.34.10.1 — Cap-Gly domain

结构域编号 domain_id	d3e2ub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.10 — Cap-Gly domain
家族 Family family	b.34.10.1 — Cap-Gly domain

结构域编号 domain_id	d3e2uc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.10 — Cap-Gly domain
家族 Family family	b.34.10.1 — Cap-Gly domain

结构域编号 domain_id	d3e2ud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.10 — Cap-Gly domain
家族 Family family	b.34.10.1 — Cap-Gly domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3e2uA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — CAP Gly-rich-like domain

结构域编号 domain_id	3e2uB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — CAP Gly-rich-like domain

结构域编号 domain_id	3e2uC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — CAP Gly-rich-like domain

结构域编号 domain_id	3e2uD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — CAP Gly-rich-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.220 Å
晶胞边长 b length_b	116.310 Å
晶胞边长 c length_c	79.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	47.015 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/e2/3e2u/3e2u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/3e2u/3e2u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/3e2u/3e2u.dat

Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynactin subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CAP-Gly domain-containing linker protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)