SAXSdb — 3e3j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase

Bacteriophage T7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 2 RNA 1	DNA (28-MER) × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 2 RNA 1	DNA (28-MER) × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOL_BPT7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–889； UniProt 1–883 作者链 C； PDB构建体 7–889； UniProt 1–883

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e3j
沉积日期 deposition_date	2008-08-07
结构标题 title	Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA
关键词 keywords	T7 RNA Polymerase, DNA-directed RNA Polymerase, Transcription, Nucleotidyltransferase, Transferase, Transferase-RNA-DNA COMPLEX; Transferase/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3e3j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3e3j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3e3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.98 Å
Rg（电子密度）	31.11 Å
总 Rg	31.88 Å
原子数	7691
残基数	888
排除体积	133590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3e3j__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3e3j__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	99829.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
突变 mutation	P266L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B
原子数 atom_count	15406

HHHHHHMNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISLMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	9788.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,X

GCCGTTTTTACTCCCTATAGTGAGTCGTATTA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	9744.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,Y

TAATACGACTCACTATATTTCTGCCAAACGGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2629.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,Z

GGGAGUAA

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晶胞边长 a length_a	99.216 Å
晶胞边长 b length_b	180.602 Å
晶胞边长 c length_c	198.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.810 Å
R 因子 r_factor	0.3949
R_work r_work	0.3922
R_free r_free	0.4542

Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e3j__assembly_1__model_1

3e3j__assembly_1__model_1 | I(q)

3e3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3e3j__assembly_1__model_1

3e3j__assembly_1__model_1 | I(q)

3e3j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)