3e3j

Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 156.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase

Bacteriophage T7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–883	突变：P266L	DNA (28-MER) × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.5 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 6.70 Å R-free 0.454
2	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–883	突变：P266L	DNA (28-MER) × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.5 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 6.70 Å R-free 0.454

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3E3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARO T7 RNA POLYMERASE COMPLEXED WITH T7 LYSOZYME 提交 1997-08-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–883（883 aa）	突变：C347S, C723S, C839S	HG MERCURY (II) ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
1CEZ CRYSTAL STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE-T7 PROMOTER COMPLEX 提交 1999-03-11	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；pH 8.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1MSW Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase 提交 2002-09-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；PEG 8000, LiSO4, Mg(OAc)2, Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S76 T7 RNA polymerase alpha beta methylene ATP elongation complex 提交 2004-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；T7 RNAP, DNA, RNA, alpha-beta methylene ATP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.88 Å R-free 0.290
1S77 T7 RNAP product pyrophosphate elongation complex 提交 2004-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；T7RNAP, DNA,RNA, 3'deoxyATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.285
2PI4 T7RNAP complexed with a phi10 protein and initiating GTPs. 提交 2007-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 6–883（878 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GH3 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；50 mM Tris-HCl, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 8000, 5% Glycerol, 15 mM magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.50 Å R-free 0.297
2PI5 T7 RNA polymerase complexed with a phi10 promoter 提交 2007-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 6–883（878 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；50 mM Tris-HCl, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 8000, 5% Glycerol, 15 mM magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.268
3E2E Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 7nt of RNA 提交 2008-08-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–883（883 aa）	突变：P266L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.0 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
8DH0 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetradecameric	链 B 1–883（883 aa）链 F 1–883（883 aa）链 J 1–883（883 aa）链 N 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 S8L 1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-1H-pyrrole-2-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–883（883 aa）	未记录	3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH4 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	S96 (7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
8DH4 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	S96 (7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
8DH4 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
8DH4 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair 提交 2022-06-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
9YXM 10-23 DNAzyme in complex with T7 RNA Polymerase 提交 2025-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.62 Å

共 18 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOL_BPT7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–889； UniProt 1–883 作者链 C； PDB构建体 7–889； UniProt 1–883

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3e3j
沉积日期 deposition_date	2008-08-07
结构标题 title	Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA
关键词 keywords	T7 RNA Polymerase, DNA-directed RNA Polymerase, Transcription, Nucleotidyltransferase, Transferase, Transferase-RNA-DNA COMPLEX; Transferase/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.61 Å
零角强度 I(0) i0	856249000.00
分子量 molecular_weight	221150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	267760 Å³
包络体积 envelope_volume	402550 Å³
水化壳体积 shell_volume	72394 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.29 Å
包络 Rg envelope_rg	45.11 Å
形状 Rg shape_rg	46.59 Å
总 Rg total_rg	46.84 Å
总原子数 total_atoms	15403
残基数 n_residues	1775
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.3 Å
Rg (实空间) rg_real	47.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	856200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8210
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	85270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	99829.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
突变 mutation	P266L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B
原子数 atom_count	15406

HHHHHHMNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISLMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	9788.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,X

GCCGTTTTTACTCCCTATAGTGAGTCGTATTA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDAPDAPDTPDAPDCPDGPDAPDCPDTPDCPDAPDCPDTPDAPDTPDAPDTPDTPDTPDCPDTPDGPDCPDCPDAPDAPDAPDCPDGPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	9744.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,Y

TAATACGACTCACTATATTTCTGCCAAACGGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPUPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2629.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,Z

GGGAGUAA

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.216 Å
晶胞边长 b length_b	180.602 Å
晶胞边长 c length_c	198.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.810 Å
R 因子 r_factor	0.3949
R_work r_work	0.3922
R_free r_free	0.4542

fit	/app/data/saxs_computation/e3/3e3j/3e3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/3e3j/3e3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/3e3j/3e3j.dat

Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)