3eb3

Voltage-dependent K+ channel beta subunit (W121A) in complex with cortisone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–361 片段:cytoplasmic Kvbeta subunit 突变:W121A NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PDN 17,21-DIHYDROXYPREGNA-1,4-DIENE-3,11,20-TRIONE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;6-15% glycerol, 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–327; UniProt 36–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3eb3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3eb3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3eb3
沉积日期 deposition_date2008-08-26
结构标题 titleVoltage-dependent K+ channel beta subunit (W121A) in complex with cortisone
关键词 keywords;kvbeta, cortisone, interface, Cytoplasm, Ion transport, Ionic channel, NADP, Phosphoprotein, Potassium, Potassium transport, Transport, Voltage-gated channel, TRANSPORT PROTEIN, oxidoreductase ;; TRANSPORT PROTEIN, oxidoreductase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.34
零角强度 I(0) i023716900.00
分子量 molecular_weight37417.0 kDa
排除体积 excluded_volume46917 ų
包络体积 envelope_volume52902 ų
水化壳体积 shell_volume22219 ų
包络直径 envelope_diameter62.2
壳层 Rg shell_rg26.34
包络 Rg envelope_rg19.62
形状 Rg shape_rg19.34
总 Rg total_rg20.24
总原子数 total_atoms2623
残基数 n_residues326
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real20.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.3720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23720000.0000
解质量估计 total_estimate0.7115
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.479
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7679000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.883

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3eb3a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3eb3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)