3epf

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poliovirus receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Protein VP1 × 60 （P06210） Protein VP2 × 60 （P06210） Protein VP4 × 60 （P06210） Protein VP3 × 60 （P06210） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 60 MYRISTIC ACID × 60 water × 240	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein VP1 × 1 （P06210） Protein VP2 × 1 （P06210） Protein VP4 × 1 （P06210） Protein VP3 × 1 （P06210） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Protein VP1 × 5 （P06210） Protein VP2 × 5 （P06210） Protein VP4 × 5 （P06210） Protein VP3 × 5 （P06210） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 5 MYRISTIC ACID × 5 water × 20	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Protein VP1 × 6 （P06210） Protein VP2 × 6 （P06210） Protein VP4 × 6 （P06210） Protein VP3 × 6 （P06210） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 6 MYRISTIC ACID × 6 water × 24	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein VP1 × 1 （P06210） Protein VP2 × 1 （P06210） Protein VP4 × 1 （P06210） Protein VP3 × 1 （P06210） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–213； UniProt 30–242

Protein VP1

Poliovirus type 2

UniProt P06210

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Poliovirus receptor × 60 （P15151） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 60 MYRISTIC ACID × 60 water × 240	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Poliovirus receptor × 1 （P15151） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Poliovirus receptor × 5 （P15151） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 5 MYRISTIC ACID × 5 water × 20	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Poliovirus receptor × 6 （P15151） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 6 MYRISTIC ACID × 6 water × 24	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Poliovirus receptor × 1 （P15151） 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL2L
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–278； UniProt 602–879 作者链 2； PDB构建体 1–262； UniProt 79–340 作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69 作者链 3； PDB构建体 1–235； UniProt 341–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3epf
沉积日期 deposition_date	2008-09-29
结构标题 title	CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
关键词 keywords	;CD155 structure Immunoglobulin Superfamily, poliovirus capsid jelly role, Cell adhesion, Cell membrane, Glycoprotein, Host-virus interaction, Immunoglobulin domain, Membrane, Receptor, Secreted, Transmembrane, VIRAL PROTEIN, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3epf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3epf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3epf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	140.70 Å
总 Rg	140.70 Å
原子数	491400
残基数	63000
排除体积	8728000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3epf__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3epf__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3epf__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3epf__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3epf__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poliovirus receptor
分子量 formula_weight	23330.5 kDa
突变 mutation	N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	8461

VVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRDASLRMFGLRVEDEGSYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPQTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKQVTCKVEHESFEKPQLLTVSLTVYY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein VP1
分子量 formula_weight	30734.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

ANNLPDTQSSGPAHSKETPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVIQKRTRSESTVESFFARGACVAIIEVDNDAPTKRASKLFSVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTSNYTDANNGHALNQVYQIMYIPPGAPIPGKWNDYTWQTSSNPSVFYTYGAPPARISVPYVGIANAYSHFYDGFAKVPLAGQASTEGDSLYGAASLNDFGSLAVRVVNDHNPTKLTSKIRVYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYKDGLAPLPGKGLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein VP2
分子量 formula_weight	29045.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SVRVMQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYIKDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVTWRKESRGWWWKLPDALKDMGLFGQNMFYHYLGRAGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSTTHMFTKYENANPGEKGGEFKGSFTLDTNATNPARNFCPVDYLFGSGVLAGNAFVYPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMTKHNNWGIAILPLAPLDFATESSTEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITVPRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein VP4
分子量 formula_weight	7347.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFAQDPSKFTEPIKDVLIKTAPTLN

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein VP3
分子量 formula_weight	26115.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVLNTPGSNQYLTADNYQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVRNMMELAEIDTMIPLNLTNQRKNTMDMYRVELNDAAHSDTPILCLSLSPASDPRLAHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGAEAPKSRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTINDSFTEGGYISMFYQTRVVVPLSTPRKMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQEA

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
分子量 formula_weight	423.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	271

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poliovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3epf__assembly_1__model_1

3epf__assembly_1__model_1 | I(q)

3epf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poliovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3epf__assembly_1__model_1

3epf__assembly_1__model_1 | I(q)

3epf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)