3eq4

Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 6	30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P0A7J7） tRNA × 1 Fragment h18 of the 16S rRNA × 1 Fragment h44 of the 16S rRNA × 1 Fragment H43-44 of the 23S rRNA × 1 Fragment H95 of the 23S rRNA × 1 Fragment H69 of the 23S rRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–393； UniProt 2–394

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P0A7S3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 6	Elongation factor Tu × 1 （P0A6N1） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P0A7J7） tRNA × 1 Fragment h18 of the 16S rRNA × 1 Fragment h44 of the 16S rRNA × 1 Fragment H43-44 of the 23S rRNA × 1 Fragment H95 of the 23S rRNA × 1 Fragment H69 of the 23S rRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS12_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–123； UniProt 2–124

50S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P0A7J7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 6	Elongation factor Tu × 1 （P0A6N1） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） tRNA × 1 Fragment h18 of the 16S rRNA × 1 Fragment h44 of the 16S rRNA × 1 Fragment H43-44 of the 23S rRNA × 1 Fragment H95 of the 23S rRNA × 1 Fragment H69 of the 23S rRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–141； UniProt 2–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eq4
沉积日期 deposition_date	2008-09-30
结构标题 title	Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM
关键词 keywords	;protein translation, ternary complex, A/T-tRNA, automated data collection, Antibiotic resistance, Elongation factor, GTP-binding, Membrane, Methylation, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Protein biosynthesis, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX ;; RIBOSOMAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3eq4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3eq4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3eq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.09 Å
Rg（电子密度）	39.81 Å
总 Rg	39.85 Å
原子数	198
残基数	198
排除体积	89176 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3eq4__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor Tu
分子量 formula_weight	43239.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	855

SKEKFERTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITTVLAKTYGGAARAFDQIDNAPEEKARGITINTSHVEYDTPTRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVAATDGPMPQTREHILLGRQVGVPYIIVFLNKCDMVDDEELLELVEMEVRELLSQYDFPGDDTPIVRGSALKALEGDAEWEAKILELAGFLDSYIPEPERAIDKPFLLPIEDVFSISGRGTVVTGRVERGIIKVGEEVEIVGIKETQKSTCTGVEMFRKLLDEGRAGENVGVLLRGIKREEIERGQVLAKPGTIKPHTKFESEVYILSKDEGGRHTPFFKGYRPQFYFRTTDVTGTIELPEGVEMVMPGDNIKMVVTLIHPIAMDDGLRFAIREGGRTVGAGVVAKVLS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	13637.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14763.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

AKKVQAYVKLQVAAGMANPSPPVGPALGQQGVNIMEFCKAFNAKTDSIEKGLPIPVVITVYADRSFTFVTKTPPAAVLLKKAAGIKSGSGKPNKDKVGKISRAQLQEIAQTKAADMTGADIEAMTRSIEGTARSMGLVVED

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	tRNA
分子量 formula_weight	27348.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGACCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCCUCCCGUAGGGGUU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Fragment h18 of the 16S rRNA
分子量 formula_weight	2871.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

CGCGGUAAU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Fragment h44 of the 16S rRNA
分子量 formula_weight	3601.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGGCGAAGUCG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Fragment H43-44 of the 23S rRNA
分子量 formula_weight	15504.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCU

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Fragment H95 of the 23S rRNA
分子量 formula_weight	9089.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGG

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Fragment H69 of the 23S rRNA
分子量 formula_weight	5427.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCCGUAACUAUAACGGU

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	12.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	SINGLE PARTICLE
颗粒数 num_particles	80000

Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eq4__assembly_1__model_1

3eq4__assembly_1__model_1 | I(q)

3eq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eq4__assembly_1__model_1

3eq4__assembly_1__model_1 | I(q)

3eq4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)