3eza

COMPLEX OF THE AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 84.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM, ENZYME I

Escherichia coli

UniProt P08839

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–249 片段:AMINO-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1 - 249 HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR × 1 (P0AA04) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;313 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PT1_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–249; UniProt 1–249

HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR

Escherichia coli

UniProt P0AA04

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–85 未记录 PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM, ENZYME I × 1 (P08839) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;313 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTHP_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–85; UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3eza

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3eza
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3eza
沉积日期 deposition_date1998-11-03
结构标题 titleCOMPLEX OF THE AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
关键词 keywords;PHOSPHOTRANSFERASE, TRANSFERASE, KINASE, SUGAR TRANSPORT, COMPLEX (TRANSFERASE-PHOSPHOCARRIER), COMPLEX (TRANSFERASE-PHOSPHOCARRIER) complex ;; COMPLEX (TRANSFERASE/PHOSPHOCARRIER)
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.31
零角强度 I(0) i022985500.00
分子量 molecular_weight36274.0 kDa
排除体积 excluded_volume45548 ų
包络体积 envelope_volume59485 ų
水化壳体积 shell_volume22398 ų
包络直径 envelope_diameter85.2
壳层 Rg shell_rg29.05
包络 Rg envelope_rg23.61
形状 Rg shape_rg23.30
总 Rg total_rg24.13
总原子数 total_atoms5147
残基数 n_residues334
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.2
Rg (实空间) rg_real24.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real2.2990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22990000.0000
解质量估计 total_estimate0.8619
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.436
峰度 Kurtosis kurtosis-0.212
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6364000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.946

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3ezaa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.10 — Enzyme I of the PEP:sugar phosphotransferase system HPr-binding (sub)domain
家族 Family familya.60.10.1 — Enzyme I of the PEP:sugar phosphotransferase system HPr-binding (sub)domain
结构域编号 domain_idd3ezaa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.1 — Phosphohistidine domain
家族 Family familyc.8.1.2 — N-terminal domain of enzyme I of the PEP:sugar phosphotransferase system
结构域编号 domain_idd3ezab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamilyd.94.1 — HPr-like
家族 Family familyd.94.1.1 — HPr-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3ezaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phosphohistidine domain
结构域编号 domain_id3ezaA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PtsI, HPr-binding domain
结构域编号 domain_id3ezaB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HPr-like

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)