3k7z

GCN4-Leucine zipper core mutant as N16A trigonal automatic solution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General control protein GCN4

物种未注明

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 249–281 链 B; UniProt 249–281 链 C; UniProt 249–281 片段:LEUCINE-ZIPPER (RESIDUES 249-281) 突变:N16A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.3;298 K;100MM BIS-TRIS buffer only, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 162 个其他 PDB 条目、200 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCN4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–33; UniProt 249–281 作者链 B; PDB构建体 1–33; UniProt 249–281 作者链 C; PDB构建体 1–33; UniProt 249–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k7z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k7z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k7z
沉积日期 deposition_date2009-10-13
结构标题 titleGCN4-Leucine zipper core mutant as N16A trigonal automatic solution
关键词 keywords;COILED COIL, LEUCINE ZIPPER, Structural Genomics, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC, Activator, Amino-acid biosynthesis, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.89
零角强度 I(0) i02129600.00
分子量 molecular_weight10212.0 kDa
排除体积 excluded_volume12919 ų
包络体积 envelope_volume15472 ų
水化壳体积 shell_volume9718 ų
包络直径 envelope_diameter54.2
壳层 Rg shell_rg19.10
包络 Rg envelope_rg15.37
形状 Rg shape_rg14.84
总 Rg total_rg15.98
总原子数 total_atoms719
残基数 n_residues91
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.1
Rg (实空间) rg_real15.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real2.1300e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2130000.0000
解质量估计 total_estimate0.7815
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.6
偏度 Skewness skewness0.546
峰度 Kurtosis kurtosis-0.049
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha635800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.495; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.785; Smooth: 0.884

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3k7za_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd3k7zb_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd3k7zc_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)