3lut

A Structural Model for the Full-length Shaker Potassium Channel Kv1.2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 166.6 Å Quality: SUSPICIOUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 × 4 (P63142) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–367; UniProt 1–367

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2

Rattus norvegicus

UniProt P63142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–499 突变:N207Q Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNA2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–499; UniProt 1–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3lut

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3lut
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3lut
沉积日期 deposition_date2010-02-18
结构标题 titleA Structural Model for the Full-length Shaker Potassium Channel Kv1.2
关键词 keywords;Voltage gating, potassium channel, Kv1.2, gating charges, normal-mode analysis, Ion transport, Ionic channel, NADP, Phosphoprotein, Potassium, Potassium transport, Transport, Voltage-gated channel, Glycoprotein, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Transmembrane, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.69
零角强度 I(0) i093312000.00
分子量 molecular_weight81952.0 kDa
排除体积 excluded_volume103760 ų
包络体积 envelope_volume163800 ų
水化壳体积 shell_volume31485 ų
包络直径 envelope_diameter176.9
壳层 Rg shell_rg44.67
包络 Rg envelope_rg48.81
形状 Rg shape_rg48.67
总 Rg total_rg48.52
总原子数 total_atoms5762
残基数 n_residues716
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax166.6
Rg (实空间) rg_real49.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real9.3640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal93180000.0000
解质量估计 total_estimate0.4959
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.3
偏度 Skewness skewness0.583
峰度 Kurtosis kurtosis-0.559
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.3660
最高正则化参数 α highest_alpha4000000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.411; Stabil: 0.948; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.200; Smooth: 0.172

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3luta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3lutA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id3lutB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id3lutB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id3lutB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)