3m2c

Crystallographic and Single Crystal Spectral Analysis of the Peroxidase Ferryl Intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 71–361 片段:UNP residues 71-361 突变:N184R HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;277.2 K;10uL (350-400uM protein), 22% MPD, 50mM tris phoshate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K 分辨率 1.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 175 个其他 PDB 条目、193 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCPR_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–291; UniProt 71–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3m2c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3m2c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3m2c
沉积日期 deposition_date2010-03-06
结构标题 titleCrystallographic and Single Crystal Spectral Analysis of the Peroxidase Ferryl Intermediate
关键词 keywords;Cytochrome c peroxidase (CCP), Oxidoreductase, Heme, Hydrogen peroxide, Iron, Metal-binding, Mitochondrion, Organic radical, Peroxidase ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.30
零角强度 I(0) i020099900.00
分子量 molecular_weight33976.0 kDa
排除体积 excluded_volume42333 ų
包络体积 envelope_volume46315 ų
水化壳体积 shell_volume20613 ų
包络直径 envelope_diameter66.5
壳层 Rg shell_rg25.14
包络 Rg envelope_rg18.69
形状 Rg shape_rg18.26
总 Rg total_rg19.32
总原子数 total_atoms2404
残基数 n_residues291
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.4
Rg (实空间) rg_real19.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.0100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8022
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.153
峰度 Kurtosis kurtosis-0.358
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6640000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3m2ca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3m2cA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3m2cA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)