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3p49

Crystal Structure of a Glycine Riboswitch from Fusobacterium nucleatum

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

Homo sapiens

UniProt P09012

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–98 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP RESIDUES 1-98) 突变：Y31H Q36R GLYCINE RIBOSWITCH × 1 MG MAGNESIUM ION × 13 GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% PEGmme550, 0.05M HEPES PH 7.0, 0.01M MgCL2, 0.025M NaOAC pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.55 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3P49 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AUD U1A-UTRRNA, NMR, 31 STRUCTURES 提交 1997-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 2–102（101 aa） 片段：RESIDUES 1 - 102 OF U1A
突变：Y30H, Q35R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL
分辨率未提供
1DRZ U1A SPLICEOSOMAL PROTEIN/HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME COMPLEX 提交 1998-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.284
1DZ5 The NMR structure of the 38KDa U1A protein-PIE RNA complex reveals the basis of cooperativity in regulation of polyadenylation by human U1A protein 提交 2000-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–102（101 aa） 片段：RESIDUES 2-102
链 B 2–102（101 aa） 片段：RESIDUES 2-102
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10MM PHOSPHATE BUFFER；压力 1
NMR样品组成 10MM PHOSPHATE BUFFER
分辨率未提供
1FHT RNA-BINDING DOMAIN OF THE U1A SPLICEOSOMAL PROTEIN U1A117, NMR, 43 STRUCTURES 提交 1996-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–117（116 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1M5K Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 F 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 16 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1M5K Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1M5O Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, calcium Chloride, ammonium chloride, meta-ammonium vanadate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
1M5O Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 F 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, calcium Chloride, ammonium chloride, meta-ammonium vanadate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
1M5P Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, calcium Chloride, ammonium chloride, meta-ammonium vanadate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.60 Å R-free 0.280
1M5P Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, calcium Chloride, ammonium chloride, meta-ammonium vanadate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.60 Å R-free 0.280
1M5V Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 13 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1M5V Transition State Stabilization by a Catalytic RNA 提交 2002-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–100（100 aa） 片段：U1A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 21 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；MPD, ammonium chloride, calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 2 MLA MALONIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 3 MLA MALONIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
链 B 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R 突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 15 MLA MALONIC ACID × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 9 MLA MALONIC ACID × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 6 MLA MALONIC ACID × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 4 MLA MALONIC ACID × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1NU4 U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix 提交 2003-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–98（97 aa） 片段：U1A RBD1
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 6 MLA MALONIC ACID × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1OIA U1A rnp domain 1-95 提交 2003-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–95（95 aa） 片段：RNP DOMAIN RESIDUES 1-95
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；2M NA/K PHOSPHATE PH 5.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
1OIA U1A rnp domain 1-95 提交 2003-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–95（95 aa） 片段：RNP DOMAIN RESIDUES 1-95
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；2M NA/K PHOSPHATE PH 5.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
1SJ3 Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with Mg2+ Bound 提交 2004-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–100（100 aa） 片段：RNA binding domain
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；NaCl, MgCl2, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.282
1SJ4 Crystal structure of a C75U mutant Hepatitis Delta Virus ribozyme precursor, in Cu2+ solution 提交 2004-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–100（100 aa） 片段：RNA binding domain
突变：Y31H, Q36R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；NaCl, CuSO4, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.282
1SJF Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with C75U mutaion, in Cobalt Hexammine solution 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Cobalt Herxammine, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.275
1U6B CRYSTAL STRUCTURE OF A SELF-SPLICING GROUP I INTRON WITH BOTH EXONS 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–98（98 aa）
突变：Y31H,Q36R K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.80
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
1URN U1A MUTANT/RNA COMPLEX + GLYCEROL 提交 1995-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.8M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE TRANSFERRED TO 1.9M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE, 25% GLYCEROL FOR 15 MINUTES BEFORE FREEZING.
分辨率 1.92 Å
1URN U1A MUTANT/RNA COMPLEX + GLYCEROL 提交 1995-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 2–98（97 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.8M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE TRANSFERRED TO 1.9M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE, 25% GLYCEROL FOR 15 MINUTES BEFORE FREEZING.
分辨率 1.92 Å
1URN U1A MUTANT/RNA COMPLEX + GLYCEROL 提交 1995-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.8M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE TRANSFERRED TO 1.9M (NH4)2 SO4, 40MM TRIS-HCL PH 7.0, 5MM SPERMINE, 25% GLYCEROL FOR 15 MINUTES BEFORE FREEZING.
分辨率 1.92 Å
1VBX Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with C75U mutaion, in EDTA solution 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；NaCl, EDTA, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.285
1VBY Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with C75U mutaion, and Mn2+ bound 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；MnCl2, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1VBZ Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with C75U mutaion, in Ba2+ solution 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R BA BARIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；BaCl2, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.268
1VC0 Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, with C75U mutaion, in Imidazole and Sr2+ solution 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R SR STRONTIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；SrCl2, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
1VC5 Crystal Structure of the Wild Type Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Precursor, in EDTA solution 提交 2004-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；EDTA, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.40 Å R-free 0.327
1VC6 Crystal Structure of the Hepatitis Delta Virus Gemonic Ribozyme Product with C75U Mutaion, cleaved in Imidazole and Mg2+ solutions 提交 2004-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD(residues 1-100)
突变：Y31H/Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Imidazole, Mg2+, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
1ZZN Crystal structure of a group I intron/two exon complex that includes all catalytic metal ion ligands. 提交 2005-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–97（97 aa） 片段：RRM 1
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；MPD, sodium cacodylate, magnesium acetate, potassium chloride, cobalt heximine, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.37 Å R-free 0.307
2A3J Structure of URNdesign, a complete computational redesign of human U1A protein 提交 2005-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–80（78 aa） 片段：RNA binding domain, residues 2-97
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N,variant of U1A, 50 mM Sodium Phosphate,5% D2O | 5% D2O in water
NMR样品组成 U-15N, 13C, variant of U1A, 50 mM Sodium Phosphate, 5% D2O | 5% D2O in water
分辨率未提供
2NZ4 Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor 提交 2006-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 4–97（94 aa） 片段：RNA Binding Domain
突变：Y31H, Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2NZ4 Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor 提交 2006-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 4–97（94 aa） 片段：RNA Binding Domain
突变：Y31H, Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2NZ4 Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor 提交 2006-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 4–97（94 aa） 片段：RNA Binding Domain
突变：Y31H, Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2NZ4 Structural investigation of the GlmS ribozyme bound to its catalytic cofactor 提交 2006-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 4–97（94 aa） 片段：RNA Binding Domain
突变：Y31H, Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M sodium cacodylate pH 6.8, 0.02M magnesium chloride, 0.15M potassium chloride, 0.002M glucosamine 6 phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.269
2OIH Hepatitis Delta Virus gemonic ribozyme precursor with C75U mutation and bound to monovalent cation Tl+ 提交 2007-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
未记录 TL THALLIUM (I) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；containing 5-10% (v/v) MPD, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 40-80 mM NaCl, 30 mM SrCl2, and 15-50 mM spermine HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.288
2OJ3 Hepatitis Delta Virus ribozyme precursor structure, with C75U mutation, bound to Tl+ and cobalt hexammine (Co(NH3)63+) 提交 2007-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
未记录 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 TL THALLIUM (I) ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；5-10% (v/v) MPD, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 40-80 mM NaCl, 30 mM SrCl2, and 15-50 mM spermine HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.263
2U1A RNA BINDING DOMAIN 2 OF HUMAN U1A PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 195–282（88 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN 2, RBD2
突变：P2A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K
分辨率未提供
3BO2 A relaxed active site following exon ligation by a group I intron 提交 2007-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 4–98（95 aa） 片段：RRM 1 domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；298 K；MPD, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, Potassium Acetate, Cobalt Hexamine, Potassium Vanadate, pH 6.80, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.31 Å R-free 0.321
3BO3 A relaxed active site following exon ligation by a group I intron 提交 2007-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–98（95 aa） 片段：RRM 1 domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；298 K；MPD, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, Potassium Acetate, Cobalt Hexamine, pH 6.80, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.325
3BO4 A relaxed active site following exon ligation by a group I intron 提交 2007-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–98（95 aa） 片段：RRM 1 domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 K POTASSIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；298 K；MPD, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, Potassium Acetate, Cobalt Hexamine, Potassium Vanadate, pH 6.80, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.33 Å R-free 0.296
3CUL Aminoacyl-tRNA synthetase ribozyme 提交 2008-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM magnesium formate, 15% PEG 3000, 1 M lithium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3CUL Aminoacyl-tRNA synthetase ribozyme 提交 2008-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM magnesium formate, 15% PEG 3000, 1 M lithium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3CUN Aminoacyl-tRNA synthetase ribozyme 提交 2008-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM magenesium formate pH 7.0, 15% PEG 3000, 1 M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.303
3CUN Aminoacyl-tRNA synthetase ribozyme 提交 2008-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM magenesium formate pH 7.0, 15% PEG 3000, 1 M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.303
3EGZ Crystal structure of an in vitro evolved tetracycline aptamer and artificial riboswitch 提交 2008-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–98（98 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 48 CTC 7-CHLOROTETRACYCLINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；0.3 mM RNA, 0.33 mM selenomethionine labeled U1A-RBD double mutant, 0.5 mM chlorotetracycline, 50 mM Tris pH 7.5, 5 mM MgCl2, 0.25 mM spermine; 1uL macromolecular complex:1 uL reservoir; 50 mM HEPES-KOH pH 7.0, 20 mM MGCl2, 12.5-15% PEG 8000; cryo 30% glycerol, 50 mM HEPES-KOH pH 7.0, 20 mM MGCl2, 15% PEG 8000, 0.5 mM spermine, 0.5 mM chlorotetracycline, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.20 Å R-free 0.260
3G8S Crystal structure of the pre-cleaved Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
3G8S Crystal structure of the pre-cleaved Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
3G8S Crystal structure of the pre-cleaved Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
3G8S Crystal structure of the pre-cleaved Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
3G8T Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3G8T Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3G8T Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3G8T Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3G96 Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to MaN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.01 Å R-free 0.311
3G96 Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to MaN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R 6MN 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.01 Å R-free 0.311
3G96 Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to MaN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.01 Å R-free 0.311
3G96 Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to MaN6P 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 1 to 98)
突变：Y31H,Q36R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 3.01 Å R-free 0.311
3G9C Crystal structure of the product Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.307
3G9C Crystal structure of the product Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.307
3G9C Crystal structure of the product Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.307
3G9C Crystal structure of the product Bacillus anthracis glmS ribozyme 提交 2009-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.307
3HHN Crystal structure of class I ligase ribozyme self-ligation product, in complex with U1A RBD 提交 2009-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–98（97 aa） 片段：RNA binding domain: UNP residues 1-100
链 D 2–98（97 aa） 片段：RNA binding domain: UNP residues 1-100
突变：Y31H, Q31R 突变：Y31H, Q31R MG MAGNESIUM ION × 34 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；50mM Sodium cacodylate pH 6.0, 40mM Magnesium acetate, 26% 2-methyl-2,4-pentane diol (MPD), 1mM Spermine HCl. Diffraction-quality crystals grown by microseeding., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.99 Å R-free 0.234
3IIN Plasticity of the kink turn structural motif 提交 2009-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–98（95 aa） 片段：UNP residues 4-98, RRM 1, U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H, Q36R K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；MPD, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, Potassium Acetate, Cobalt Hexamine, pH 6.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 4.18 Å R-free 0.323
3IRW Structure of a c-di-GMP riboswitch from V. cholerae 提交 2009-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：RNA Binding Domain
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 IRI IRIDIUM HEXAMMINE ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；22% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.251
3IWN Co-crystal structure of a bacterial c-di-GMP riboswitch 提交 2009-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 6–96（91 aa） 片段：UNP residues 6-96, RRM 1 domain
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；303 K；30% PEG3350 0.1M Tris pH8.5 0.3M ammonium acetate pH7.0 3mM MgCl2 1 mM spermine , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3IWN Co-crystal structure of a bacterial c-di-GMP riboswitch 提交 2009-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 6–96（91 aa） 片段：UNP residues 6-96, RRM 1 domain
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；303 K；30% PEG3350 0.1M Tris pH8.5 0.3M ammonium acetate pH7.0 3mM MgCl2 1 mM spermine , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3K0J Crystal structure of the E. coli ThiM riboswitch in complex with thiamine pyrophosphate and the U1A crystallization module 提交 2009-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 2–97（96 aa） 片段：UNP residues 2-97, RRM 1 domain
链 C 2–97（96 aa） 片段：UNP residues 2-97, RRM 1 domain
突变：Y231H,Q236R 突变：Y231H,Q236R TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；20% (v/v) PEG 550 MME, 20% MPD, and 80 mM sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
3K0J Crystal structure of the E. coli ThiM riboswitch in complex with thiamine pyrophosphate and the U1A crystallization module 提交 2009-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 2–97（96 aa） 片段：UNP residues 2-97, RRM 1 domain
链 D 2–97（96 aa） 片段：UNP residues 2-97, RRM 1 domain
突变：Y231H,Q236R 突变：Y231H,Q236R TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；20% (v/v) PEG 550 MME, 20% MPD, and 80 mM sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
3L3C Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to Glc6P 提交 2009-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 7–96（90 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 4 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.303
3L3C Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to Glc6P 提交 2009-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 7–96（90 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 4 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.303
3L3C Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to Glc6P 提交 2009-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 7–96（90 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 4 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.303
3L3C Crystal structure of the Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to Glc6P 提交 2009-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 7–96（90 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 4 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 6.8；298 K；11% PEG 8000, 9% DMSO, 0.02M SODIUM CACODYLATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.15M POTASSIUM CHLORIDE, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drops, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.303
3MUM Crystal Structure of the G20A mutant c-di-GMP riboswith bound to c-di-GMP 提交 2010-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；22% PEG 550 MME, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 6.0, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.265
3MUR Crystal Structure of the C92U mutant c-di-GMP riboswith bound to c-di-GMP 提交 2010-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 550 MME, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 6.0, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.252
3MUT Crystal Structure of the G20A/C92U mutant c-di-GMP riboswith bound to c-di-GMP 提交 2010-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 550 MME, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 6.0, 300 mM NaCl. Streak seeding after 3-6 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3MUV Crystal Structure of the G20A/C92U mutant c-di-GMP riboswith bound to c-di-AMP 提交 2010-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R 2BA (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；25% PEG 550 MME, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 6.0, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.260
3MXH Native structure of a c-di-GMP riboswitch from V. cholerae 提交 2010-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 5 C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；22% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.239
3PGW Crystal structure of human U1 snRNP 提交 2010-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–282（282 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 4.40 Å R-free 0.348
3PGW Crystal structure of human U1 snRNP 提交 2010-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 P 1–282（282 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 4.40 Å R-free 0.348
3R1H Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Ca2+ bound 提交 2011-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain (UNP residues 1-98)
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium acetate, 10 mM strontium acetate, 1mM spermine, 16-20% MPD, crystals in same conditions with 30% MPD were crushed and used as microseeding stocks, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.15 Å R-free 0.255
3R1H Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Ca2+ bound 提交 2011-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain (UNP residues 1-98)
突变：Y31H,Q36R CA CALCIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium acetate, 10 mM strontium acetate, 1mM spermine, 16-20% MPD, crystals in same conditions with 30% MPD were crushed and used as microseeding stocks, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.15 Å R-free 0.255
3R1L Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Mg2+ bound 提交 2011-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain (UNP residues 1-98)
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 25 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium chloride, 10 mM strontium chloride, 1 mM spermine, 26% MPD, crystals were crushed and used as microseeding stocks, calcium chloride was replaced with magnesium chloride prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.12 Å R-free 0.240
3R1L Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Mg2+ bound 提交 2011-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain (UNP residues 1-98)
突变：Y31H,Q36R MG MAGNESIUM ION × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium chloride, 10 mM strontium chloride, 1 mM spermine, 26% MPD, crystals were crushed and used as microseeding stocks, calcium chloride was replaced with magnesium chloride prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.12 Å R-free 0.240
3UCU The c-di-GMP-I riboswitch bound to pGpG 提交 2011-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain, UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；24% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
3UCZ The c-di-GMP-I riboswitch bound to GpG 提交 2011-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain, UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；24% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
3UD3 The C92U mutant c-di-GMP-I riboswitch bound to pGpA 提交 2011-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain, UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；26% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.258
3UD4 The C92U mutant c-di-GMP-I riboswitch bound to GpA 提交 2011-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 P 1–98（98 aa） 片段：RNA binding domain, UNP residues 1-98
突变：Y31H, Q36R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；24% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.290
4C4W Structure of a rare, non-standard sequence k-turn bound by L7Ae protein 提交 2013-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, RESIDUES 1-102
链 B 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, RESIDUES 1-102
未记录 2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；100 MM TRISHCL 8.5 AND 2.0 M MONO-AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE
分辨率 2.95 Å R-free 0.211
4C4W Structure of a rare, non-standard sequence k-turn bound by L7Ae protein 提交 2013-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, RESIDUES 1-102
链 F 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, RESIDUES 1-102
未记录 2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；100 MM TRISHCL 8.5 AND 2.0 M MONO-AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE
分辨率 2.95 Å R-free 0.211
4PR6 A Second Look at the HDV Ribozyme Structure and Dynamics. 提交 2014-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 4–96（93 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN, UNP residues 101-244
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG MME 2000, LITHIUM SULPHATE, SPERMINE, TRIS, COBALT HEXAMMINE, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
4PRF A Second Look at the HDV Ribozyme Structure and Dynamics. 提交 2014-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa） 片段：U1A_RBD, UNP residues 98-173
突变：Y31H, Q36R SR STRONTIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；SrCl2, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
4W90 Crystal structure of Bacillus subtilis cyclic-di-AMP riboswitch ydaO 提交 2014-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2BA (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350
分辨率 3.12 Å R-free 0.288
4W92 Crystal structure of Bacillus subtilis cyclic-di-AMP riboswitch ydaO 提交 2014-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 6–96（91 aa） 片段：unp residues 6-96
突变：Y31H, Q36R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2BA (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350
分辨率 3.21 Å R-free 0.289
4YB1 20A Mutant c-di-GMP Vc2 Riboswitch bound with 3',3'-cGAMP 提交 2015-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 P 7–97（91 aa） 片段：UNP residues 7-97
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 4BW 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na-citrate pH 5.5, 5% PEG1000, 35% iso-propanol
分辨率 2.08 Å R-free 0.298
5DDO Structural and Dynamic Basis for Low Affinity-High Selectivity Binding of L-glutamine by the Gln-riboswitch 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 G 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Na-formate, 21% (w/v) PEG3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.289
5DDO Structural and Dynamic Basis for Low Affinity-High Selectivity Binding of L-glutamine by the Gln-riboswitch 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Na-formate, 21% (w/v) PEG3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.289
5DDP L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.30 Å R-free 0.243
5DDP L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.30 Å R-free 0.243
5DDQ L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine soaked with Mn2+ 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 2 mM MnCl2
分辨率 2.40 Å R-free 0.257
5DDQ L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine soaked with Mn2+ 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 2 mM MnCl2
分辨率 2.40 Å R-free 0.257
5DDR L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine soaked with Cs+ 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 CS CESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 20 mM CsCl
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
5DDR L-glutamine riboswitch bound with L-glutamine soaked with Cs+ 提交 2015-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 GLN GLUTAMINE × 1 K POTASSIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；.1 M HEPES-sodium, pH 7.0, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 20 mM CsCl
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
5FJ4 Structure of the standard kink turn HmKt-7 as stem loop bound with U1A and L7Ae proteins 提交 2015-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, UNP RESIDUES 1-102
链 B 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, UNP RESIDUES 1-102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 2.0 M MONO-AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE
分辨率 2.95 Å R-free 0.237
5FJ4 Structure of the standard kink turn HmKt-7 as stem loop bound with U1A and L7Ae proteins 提交 2015-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, UNP RESIDUES 1-102
链 F 1–102（102 aa） 片段：RRM 1 DOMAIN, UNP RESIDUES 1-102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 2.0 M MONO-AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE
分辨率 2.95 Å R-free 0.237
6LAS the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 E 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.71 Å R-free 0.244
6LAS the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.71 Å R-free 0.244
6LAS the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.71 Å R-free 0.244
6LAU the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAH 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 E 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 CS CESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 3.11 Å R-free 0.252
6LAU the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAH 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 3.11 Å R-free 0.252
6LAU the wildtype SAM-VI riboswitch bound to SAH 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 3.11 Å R-free 0.252
6LAX the mutant SAM-VI riboswitch (U6C) bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 E 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；sodium acetate trihydrate, polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.70 Å R-free 0.239
6LAX the mutant SAM-VI riboswitch (U6C) bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；sodium acetate trihydrate, polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.70 Å R-free 0.239
6LAX the mutant SAM-VI riboswitch (U6C) bound to SAM 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；sodium acetate trihydrate, polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.70 Å R-free 0.239
6LAZ the wildtype SAM-VI riboswitch bound to a N-mustard SAM analog M1 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 E 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K MG MAGNESIUM ION × 1 E7X (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(2-hydroxyethyl)amino]-2-azaniumyl-butanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.76 Å R-free 0.223
6LAZ the wildtype SAM-VI riboswitch bound to a N-mustard SAM analog M1 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K E7X (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(2-hydroxyethyl)amino]-2-azaniumyl-butanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.76 Å R-free 0.223
6LAZ the wildtype SAM-VI riboswitch bound to a N-mustard SAM analog M1 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 6–96（91 aa）
突变：Y31H, Q36R, S46K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.76 Å R-free 0.223
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric
链 1A 1–282（282 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6SQN Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant co-crystallized with RNA 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
链 C 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-potassium citrate
分辨率 2.05 Å R-free 0.249
6SQQ Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant in complex with RNA obtained by soaking 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 AAA 1–98（98 aa）
链 BBB 1–98（98 aa）
链 CCC 1–98（98 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 2.37 Å R-free 0.294
6SQT Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 AAA 1–98（98 aa）
链 BBB 1–98（98 aa）
链 CCC 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 1.84 Å R-free 0.245
6SQV Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 1–97（97 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 2.45 Å R-free 0.273
6SQV Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 BBB 1–97（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 2.45 Å R-free 0.273
6SQV Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 CCC 1–97（97 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 2.45 Å R-free 0.273
6SQV Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/R70W 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 DDD 1–97（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 2.45 Å R-free 0.273
6SR7 Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 1.86 Å R-free 0.256
6SR7 Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 BBB 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 1.86 Å R-free 0.256
6SR7 Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 CCC 1–98（98 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 1.86 Å R-free 0.256
6SR7 Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 DDD 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate
分辨率 1.86 Å R-free 0.256
7AEP Solution structure of U1-A RRM2 (190-282) 提交 2020-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 157–282（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；313 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 atmospheric
NMR样品组成 10 mM NaPO4, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7B0Y Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex 提交 2020-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：25-meric
链 c 1–282（282 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7D7V Crystal Structure of the Domain1 of NAD+ Riboswitch with nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) and U1A protein 提交 2020-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 5–96（92 aa）
突变：Y27H, Q32R GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Mg(OAc)2, 0.1 M C2H6AsNaO2, pH 6.5, 30% MPD
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
7DLZ Crystal Structure of Methyltransferase Ribozyme 提交 2020-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–102（102 aa）
链 B 1–102（102 aa）
链 C 1–102（102 aa）
链 D 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；polyethylene glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
7DWH Complex structure of SAM-dependent methyltransferase ribozyme 提交 2021-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–102（102 aa）
链 B 1–102（102 aa）
链 C 1–102（102 aa）
链 D 1–102（102 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；sodium phosphate monobasic monohydrate, polyethylene glycol 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.258
7LHX Human U1A protein with F37M and F77M mutations for improved phasing 提交 2021-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–98（98 aa）
突变：Y31H, Q36R, F37M, F77M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2.7-3.1 M Sodium Acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.213
7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric
链 M 1–282（282 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8GXB Crystal structure of NAD+ -II riboswitch in complex with NAD+ 提交 2022-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 2–98（97 aa）
链 D 2–98（97 aa）
链 E 2–98（97 aa）
链 F 2–98（97 aa）
链 G 2–98（97 aa）
突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M MES pH 5.6, 5% PEG8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.269
8GXC Crystal structure of NAD+ -II riboswitch in complex with NMN 提交 2022-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 2–98（97 aa）
链 D 2–98（97 aa）
链 E 2–98（97 aa）
链 F 2–98（97 aa）
链 G 2–98（97 aa）
突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R 突变：Y31H, Q36R NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M MES pH 5.6, 5% PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.269
9QEQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-SPT6-U1 snRNP complex 提交 2025-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 c 1–282（282 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9YXV Cryo-EM structure of the core region of cIL-U1A-Fab1R-PGA1-sfFab quaternary complex at 2.9 A resolution 提交 2025-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 2–98（97 aa）
突变：Y31H, Q36R DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；10 mM HEPES, 75 mM NaCl, 5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 87 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNRPA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3p49

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3p49
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3p49
沉积日期 deposition_date2010-10-06
结构标题 titleCrystal Structure of a Glycine Riboswitch from Fusobacterium nucleatum
关键词 keywordsriboswitch, RNA, cooperative, glycine, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.55 Å
零角强度 I(0) i0176523000.00
分子量 molecular_weight65995.0 kDa
排除体积 excluded_volume65067 ų
包络体积 envelope_volume105340 ų
水化壳体积 shell_volume28867 ų
包络直径 envelope_diameter113.8 Å
壳层 Rg shell_rg36.73 Å
包络 Rg envelope_rg32.36 Å
形状 Rg shape_rg32.61 Å
总 Rg total_rg32.65 Å
总原子数 total_atoms4396
残基数 n_residues261
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.5 Å
Rg (实空间) rg_real30.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal176500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8659
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.2 Å
偏度 Skewness skewness0.442
峰度 Kurtosis kurtosis-0.395
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7711000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.826; Smooth: 0.894
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3p49B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)