3rvf

FXR with SRC1 and GSK2034

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bile acid receptor

Homo sapiens

UniProt Q96RI1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 257–486 片段:ligand binding domain (UNP residues 257-486) Nuclear receptor coactivator 1 × 1 (Q15788) SO4 SULFATE ION × 1 034 5-(4-{[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(propan-2-yl)-1,2-oxazol-4-yl]methoxy}phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:HANGING DROP;pH 6.5;298 K;25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、136 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–232; UniProt 257–486

Nuclear receptor coactivator 1

物种未注明

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 741–761 片段:UNP residues 741-761 Bile acid receptor × 1 (Q96RI1) SO4 SULFATE ION × 1 034 5-(4-{[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(propan-2-yl)-1,2-oxazol-4-yl]methoxy}phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:HANGING DROP;pH 6.5;298 K;25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–21; UniProt 741–761

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rvf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rvf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rvf
沉积日期 deposition_date2011-05-06
结构标题 titleFXR with SRC1 and GSK2034
关键词 keywords;nuclear receptor, alpha-helical sandwich, transcription factor, RXR, transcription co-factors, bile acid, farnesoid, TRANSCRIPTION REGULATOR ;; TRANSCRIPTION REGULATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.52
零角强度 I(0) i023388900.00
分子量 molecular_weight24963.0 kDa
排除体积 excluded_volume24281 ų
包络体积 envelope_volume38442 ų
水化壳体积 shell_volume18275 ų
包络直径 envelope_diameter60.0
壳层 Rg shell_rg23.83
包络 Rg envelope_rg17.72
形状 Rg shape_rg17.49
总 Rg total_rg18.30
总原子数 total_atoms1887
残基数 n_residues239
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.9
Rg (实空间) rg_real18.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real2.3390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8164
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.393
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5019000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3rvfA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)