SAXSdb — 3tmh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 375–459 链 E； UniProt 375–459 链 I； UniProt 375–459	片段：UNP RESIDUES 375-459	cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit × 8 （P12368） A-kinase anchor protein 10, mitochondrial × 6 （O43572）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TMH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EEI Solution Structure of Second PDZ domain of PDZ Domain Containing Protein 1 提交 2007-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–224（93 aa）片段：pdz domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 3.36mM PDZ domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20, 90% H2O \| 10% D20, 90% H2O	分辨率未提供
2EEJ Solution Structure of Fourth PDZ domain of PDZ Domain Containing Protein 1 提交 2007-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 376–458（83 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 2.65mM PDZ domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
4Q2P NHERF3 PDZ2 in Complex with a Phage-Derived Peptide 提交 2014-04-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215 链 B 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215 链 C 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；292 K；30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.1 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.252
6EZI PDZK1 domain 4 in complex with C-terminal peptide of human PepT2. 提交 2017-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 374–460（87 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.15 K；0.1 M Trisodium citrate pH 6.45 20% PEG 4000 20 %(v/v) isopropanol	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–106（101 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 6–106（101 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–215（85 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 131–215（85 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–458（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 375–458（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXR Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–106（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 700 mM NaCl, 18% PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.210
9RXS Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–458（84 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
9RXS Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 375–458（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHRF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–87； UniProt 375–459 作者链 E； PDB构建体 3–87； UniProt 375–459 作者链 I； PDB构建体 3–87； UniProt 375–459

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

Rattus norvegicus

UniProt P12368

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–45 链 C； UniProt 1–45 链 F； UniProt 1–45 链 G； UniProt 1–45	片段：Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44	Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 × 6 （Q5T2W1） A-kinase anchor protein 10, mitochondrial × 6 （O43572）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TMH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DRN Docking and dimerization domain (D/D) of the Type II-alpha regulatory subunity of protein kinase A (PKA) in complex with a peptide from an A-kinase anchoring protein 提交 2006-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46 链 B 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 1 NMR样品组成 2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2H9R Docking and dimerization domain (D/D) of the regulatory subunit of the Type II-alpha cAMP-dependent protein kinase A associated with a Peptide derived from an A-kinase anchoring protein (AKAP) 提交 2006-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46 链 B 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 1 NMR样品组成 2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 B 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 D 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 B 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 C 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 D 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2IZY Molecular Basis of AKAP Specificity for PKA Regulatory Subunits 提交 2006-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 B 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 C 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 D 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 E 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 F 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 G 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 H 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；8-10% PEG400, 0.2-0.4 M SODIUM PHOSPHATE AND SODIUM CITRATE (PH 5.8)	分辨率 2.20 Å R-free 0.272

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAP2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–48； UniProt 1–45 作者链 C； PDB构建体 4–48； UniProt 1–45 作者链 F； PDB构建体 4–48； UniProt 1–45 作者链 G； PDB构建体 4–48； UniProt 1–45

A-kinase anchor protein 10, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt O43572

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 623–662 链 H； UniProt 623–662 链 L； UniProt 623–662	片段：A-kinase binding domain (AKB), UNP RESIDUES 623-662	Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 × 6 （Q5T2W1） cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit × 8 （P12368）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TMH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IM4 Crystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase A Regulatory Subunit I alpha in complex with dual-specific A-Kinase Anchoring Protein 2 提交 2009-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 623–662（40 aa）片段：PKA-RII subunit binding: UNP residues 623-662	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；298 K；10% PEG 6000, 0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES, pH 5.5, MICROBATCH, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.254

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AKA10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 6–45； UniProt 623–662 作者链 H； PDB构建体 6–45； UniProt 623–662 作者链 L； PDB构建体 6–45； UniProt 623–662

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tmh
沉积日期 deposition_date	2011-08-31
结构标题 title	Crystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 in complex with cAMP-dependent protein kinase A type II alpha and PDZK1
关键词 keywords	alpha helical bundle, PDZ fold, Anchoring protein, PKA, PDZ proteins, membrane, TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex; TRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.51 Å
零角强度 I(0) i0	40201100.00
分子量 molecular_weight	50309.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63405 Å³
包络体积 envelope_volume	89515 Å³
水化壳体积 shell_volume	26180 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.51 Å
包络 Rg envelope_rg	29.13 Å
形状 Rg shape_rg	30.53 Å
总 Rg total_rg	30.95 Å
总原子数 total_atoms	3545
残基数 n_residues	471
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9052
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.145
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.610
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3536000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.868

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3
分子量 formula_weight	9277.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	3553

GSKPKLCRLAKGENGYGFHLNAIRGLPGSFIKEVQKGGPADLAGLEDEDVIIEVNGVNVLDEPYEKVVDRIQSSGKNVTLLVCGKKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
分子量 formula_weight	5542.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,F,G

GSHMGHIQIPPGLTELLQGYTVEVLRQQPPDLVDFAVEYFTRLREARR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	A-kinase anchor protein 10, mitochondrial
分子量 formula_weight	5086.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

GSPEFVQGNTDEAQEELAWKIAKMIVSDVMQQAQYDQPLEKSTKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3tmhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3tmhE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	3tmhI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.472 Å
晶胞边长 b length_b	121.472 Å
晶胞边长 c length_c	88.282 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.038 Å
R 因子 r_factor	0.2727
R_work r_work	0.2683
R_free r_free	0.3284

fit	/app/data/saxs_computation/tm/3tmh/3tmh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/3tmh/3tmh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/3tmh/3tmh.dat

Crystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 in complex with cAMP-dependent protein kinase A type II alpha and PDZK1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

A-kinase anchor protein 10, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)