3zwt

Structure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase with a Bound Inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE (QUINONE), MITOCHONDRIAL

HOMO SAPIENS

UniProt Q02127

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–395 片段:RESIDUES 29-395 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ORO OROTIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 KFZ 2-{[(2,5-DICHLOROPHENYL)METHYL]SULFANYL}-5-ETHYL-[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIMIDIN-7-OL × 1 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.8), 2.4-2.6 M AMMONIUM SULPHATE, 40 MM C11DAO, 20 MM DDAO. 分辨率 1.55 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 104 个其他 PDB 条目、106 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–367; UniProt 29–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zwt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zwt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zwt
沉积日期 deposition_date2011-08-02
结构标题 titleStructure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase with a Bound Inhibitor
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.90
零角强度 I(0) i027686100.00
分子量 molecular_weight39525.0 kDa
排除体积 excluded_volume49240 ų
包络体积 envelope_volume55565 ų
水化壳体积 shell_volume23397 ų
包络直径 envelope_diameter61.5
壳层 Rg shell_rg26.38
包络 Rg envelope_rg19.30
形状 Rg shape_rg18.88
总 Rg total_rg19.92
总原子数 total_atoms2776
残基数 n_residues353
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.0
Rg (实空间) rg_real20.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real2.7690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27690000.0000
解质量估计 total_estimate0.8157
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.7
偏度 Skewness skewness0.044
峰度 Kurtosis kurtosis-0.511
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9180000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3zwta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3zwtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)