4a63

Crystal structure of the p73-ASPP2 complex at 2.6A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 159.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TUMOUR PROTEIN 73

HOMO SAPIENS

UniProt O15350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 × 1 (Q13625) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 × 1 (Q13625) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 × 1 (Q13625) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 × 1 (Q13625) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 × 1 (Q13625) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 112–311 片段:DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P73_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311 作者链 C; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311 作者链 E; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311 作者链 G; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311 作者链 I; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311 作者链 K; PDB构建体 2–201; UniProt 112–311

APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

UniProt Q13625

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 TUMOUR PROTEIN 73 × 1 (O15350) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 TUMOUR PROTEIN 73 × 1 (O15350) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 TUMOUR PROTEIN 73 × 1 (O15350) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 TUMOUR PROTEIN 73 × 1 (O15350) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 TUMOUR PROTEIN 73 × 1 (O15350) ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 892–1128 片段:ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5 分辨率 2.27 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ASPP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128 作者链 D; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128 作者链 F; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128 作者链 H; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128 作者链 J; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128 作者链 L; PDB构建体 3–239; UniProt 892–1128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4a63

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4a63
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4a63
沉积日期 deposition_date2011-10-31
结构标题 titleCrystal structure of the p73-ASPP2 complex at 2.6A resolution
关键词 keywordsCELL CYCLE, TP53BP2, TUMOUR SUPPRESSOR, ANKYRINS, APOPTOSIS REGULATORY PROTEINS; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.99
零角强度 I(0) i01052100000.00
分子量 molecular_weight262340.0 kDa
排除体积 excluded_volume324860 ų
包络体积 envelope_volume492950 ų
水化壳体积 shell_volume84626 ų
包络直径 envelope_diameter158.4
壳层 Rg shell_rg53.83
包络 Rg envelope_rg46.34
形状 Rg shape_rg48.02
总 Rg total_rg48.13
总原子数 total_atoms18442
残基数 n_residues2419
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.5
Rg (实空间) rg_real48.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20
I(0) (实空间) i0_real1.0520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1052000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8794
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary62.8
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha62660000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.893

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_idd4a63a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4a63c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63d1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63d2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4a63e1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63f1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63f2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4a63g1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63g2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63h1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63h2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4a63i1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63i2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63j1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63j2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4a63k1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like
结构域编号 domain_idd4a63k2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4a63l1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamilyd.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family familyd.211.1.1 — Ankyrin repeat
结构域编号 domain_idd4a63l2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4a63A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4a63C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4a63E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63F01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63F02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4a63G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63H01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4a63I00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63J01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63J02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4a63K00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720
结构域编号 domain_id4a63L01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id4a63L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)