4dgl

Crystal Structure of the CK2 Tetrameric Holoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Casein kinase II subunit beta

Homo sapiens

UniProt P67870

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–215 链 B; UniProt 1–215 未记录 Casein kinase II subunit alpha × 2 (P68400) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;PEG 3350 18%, 0.2 M sodium malonate, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSK2B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215 作者链 B; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215

Casein kinase II subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P68400

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–335 链 D; UniProt 1–335 突变:R125Y Casein kinase II subunit beta × 2 (P67870) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7;293 K;PEG 3350 18%, 0.2 M sodium malonate, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 313 个其他 PDB 条目、448 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSK21_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335 作者链 D; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4dgl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4dgl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4dgl
沉积日期 deposition_date2012-01-26
结构标题 titleCrystal Structure of the CK2 Tetrameric Holoenzyme
关键词 keywordsprotein kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.80
零角强度 I(0) i0232551000.00
分子量 molecular_weight125770.0 kDa
排除体积 excluded_volume157360 ų
包络体积 envelope_volume224830 ų
水化壳体积 shell_volume42945 ų
包络直径 envelope_diameter161.6
壳层 Rg shell_rg46.42
包络 Rg envelope_rg46.09
形状 Rg shape_rg46.87
总 Rg total_rg46.56
总原子数 total_atoms8865
残基数 n_residues1063
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.9
Rg (实空间) rg_real46.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real2.3260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal232400000.0000
解质量估计 total_estimate0.5439
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.5
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.629
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13510000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.021; Positv: 1.000; Valcen: 0.720; Smooth: 0.040

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4dgla_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.4 — Casein kinase II beta subunit
家族 Family familyg.41.4.1 — Casein kinase II beta subunit
结构域编号 domain_idd4dglb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.4 — Casein kinase II beta subunit
家族 Family familyg.41.4.1 — Casein kinase II beta subunit
结构域编号 domain_idd4dglc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd4dgld_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4dglA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1820 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
结构域编号 domain_id4dglA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4dglB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1820 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
结构域编号 domain_id4dglB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4dglC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4dglC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4dglD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4dglD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)