4i0y

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT RYANODINE RECEPTOR 1 (RESIDUES 1-536) DISEASE MUTANT C36R

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ryanodine receptor 1

Oryctolagus cuniculus

UniProt P11716

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–536 片段:N-TERMINAL DISEASE HOT SPOT, RESIDUES 1-536 突变:C36R GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 9.5;pH 9.5, EVAPORATION 分辨率 2.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RYR1_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–536; UniProt 1–536

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4i0y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4i0y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4i0y
沉积日期 deposition_date2012-11-19
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT RYANODINE RECEPTOR 1 (RESIDUES 1-536) DISEASE MUTANT C36R
关键词 keywordscalcium channel, ER/SR membrane, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.63
零角强度 I(0) i042976700.00
分子量 molecular_weight49758.0 kDa
排除体积 excluded_volume61884 ų
包络体积 envelope_volume76886 ų
水化壳体积 shell_volume27015 ų
包络直径 envelope_diameter77.6
壳层 Rg shell_rg30.83
包络 Rg envelope_rg23.69
形状 Rg shape_rg23.68
总 Rg total_rg24.34
总原子数 total_atoms3501
残基数 n_residues473
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.2
Rg (实空间) rg_real24.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real4.2980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42980000.0000
解质量估计 total_estimate0.9149
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8363000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4i0yA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id4i0yA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id4i0yA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)