4igk

Structure of human BRCA1 BRCT in complex with ATRIP peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Breast cancer type 1 susceptibility protein

Homo sapiens

UniProt P38398

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1646–1859 片段:BRCT domain, UNP residues 1646-1859 ATRIP peptide × 1 (Q8WXE1) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.204
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1646–1859 片段:BRCT domain, UNP residues 1646-1859 ATRIP peptide × 1 (Q8WXE1) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRCA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–214; UniProt 1646–1859 作者链 B; PDB构建体 1–214; UniProt 1646–1859

ATRIP peptide

物种未注明

UniProt Q8WXE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 237–243 片段:UNP residues 237-243 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Breast cancer type 1 susceptibility protein × 1 (P38398) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.204
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 237–243 片段:UNP residues 237-243 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Breast cancer type 1 susceptibility protein × 1 (P38398) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 8% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATRIP_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–7; UniProt 237–243 作者链 D; PDB构建体 1–7; UniProt 237–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4igk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4igk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4igk
沉积日期 deposition_date2012-12-17
结构标题 titleStructure of human BRCA1 BRCT in complex with ATRIP peptide
关键词 keywords;Cell cycle, Disease mutation, DNA damage, DNA repair, Fatty acid biosynthesis, Ligase, Lipid synthesis, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Tumor suppressor, Ubl conjugation pathway, Zinc-finger, BRCT domain, DNA damage response, phospho peptide interactions, DNA-binding, phospho peptide binding, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.47
零角强度 I(0) i040800100.00
分子量 molecular_weight49437.0 kDa
排除体积 excluded_volume61855 ų
包络体积 envelope_volume78374 ų
水化壳体积 shell_volume25153 ų
包络直径 envelope_diameter84.8
壳层 Rg shell_rg33.09
包络 Rg envelope_rg26.28
形状 Rg shape_rg26.45
总 Rg total_rg27.28
总原子数 total_atoms3466
残基数 n_residues433
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.8
Rg (实空间) rg_real26.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real4.0800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9104
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.194
峰度 Kurtosis kurtosis-0.726
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16360000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4igkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id4igkA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id4igkB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id4igkB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)