4jgh

Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of cytokine signaling 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOCS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–173； UniProt 32–198

Transcription elongation factor B polypeptide 2

Mus musculus

UniProt P62869

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Transcription elongation factor B polypeptide 1

Mus musculus

UniProt P83940

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Cullin-5 × 1 （Q93034）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112

Cullin-5

Homo sapiens

UniProt Q93034

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Suppressor of cytokine signaling 2 × 1 （O14508） Transcription elongation factor B polypeptide 2 × 1 （P62869） Transcription elongation factor B polypeptide 1 × 1 （P83940）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–377； UniProt 10–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jgh
沉积日期 deposition_date	2013-03-01
结构标题 title	Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5
关键词 keywords	Cullin-RING E3 ubiquitin ligases, Ubiquitination, Cytosol, ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4jgh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4jgh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4jgh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.79 Å
Rg（电子密度）	54.17 Å
总 Rg	53.63 Å
原子数	5902
残基数	731
排除体积	105630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4jgh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4jgh__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Suppressor of cytokine signaling 2
分子量 formula_weight	19812.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5902

HMDPEFQAARLAKALRELGQTGWYWGSMTVNEAKEKLKEAPEGTFLIRDSSHSDYLLTISVKTSAGPTNLRIEYQDGKFRLDSIICVKSKLKQFDSVVHLIDYYVQMCKDKRTGPEAPRNGTVHLYLTKPLYTSAPSLQHLCRLTINKCTGAIWGLPLPTRLKDYLEEYKFQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription elongation factor B polypeptide 2
分子量 formula_weight	13185.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPEEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALRIEPFSSPPELPDVMKPQDSGGSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcription elongation factor B polypeptide 1
分子量 formula_weight	10869.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIPLELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cullin-5
分子量 formula_weight	44010.4 kDa
突变 mutation	V341R, L345D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

KGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAKIHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMGKQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYREQLDTLFNRFSKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLEV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d4jgha1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d4jgha2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.271 — SOCS box-like
超家族 Superfamily superfamily	a.271.1 — SOCS box-like
家族 Family family	a.271.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jgha3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4jghb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4jghc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

结构域编号 domain_id	d4jghd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.17 — Cullin repeat-like
家族 Family family	a.118.17.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jghd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4jghA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	4jghA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	750 — Elongin C; Chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — SOCS box

结构域编号 domain_id	4jghB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4jghC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	4jghD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4jghD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4jghD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

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晶胞边长 a length_a	138.849 Å
晶胞边长 b length_b	141.456 Å
晶胞边长 c length_c	182.001 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2480

Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of cytokine signaling 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription elongation factor B polypeptide 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription elongation factor B polypeptide 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cullin-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jgh__assembly_2__model_1

4jgh__assembly_2__model_1 | I(q)

4jgh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)