4jtd

Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 240.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 × 4 (P63142,P15387) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 36–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 × 4 (P63142,P15387) Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 × 1 (P13487) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–333; UniProt 36–367 作者链 G; PDB构建体 2–333; UniProt 36–367

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1

Rattus norvegicus

UniProt P15387

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 274–306 未记录 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 274–306 未记录 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 × 1 (P13487) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNB1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 286–318; UniProt 274–306 作者链 H; PDB构建体 286–318; UniProt 274–306

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1

Rattus norvegicus

UniProt P63142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–266 链 B; UniProt 304–499 未记录 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 64 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–266 链 H; UniProt 304–499 未记录 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 × 1 (P13487) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNA2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 20–285; UniProt 1–266 作者链 B; PDB构建体 319–514; UniProt 304–499 作者链 H; PDB构建体 20–285; UniProt 1–266 作者链 H; PDB构建体 319–514; UniProt 304–499

Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1

Leiurus quinquestriatus hebraeus

UniProt P13487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 23–59 片段:Charybdotoxin 突变:K27M 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 × 4 (P63142,P15387) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 16 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.9;293 K;PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAX11_LEIQH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–37; UniProt 23–59

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4jtd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4jtd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4jtd
沉积日期 deposition_date2013-03-23
结构标题 titleCrystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin
关键词 keywords;potassium channel, pore blocking toxin, protein-protein complex, trans-enhanced dissociation effect, TRANSPORT PROTEIN-toxin complex ;; TRANSPORT PROTEIN/toxin
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron89.00
零角强度 I(0) i0359257000.00
分子量 molecular_weight167350.0 kDa
排除体积 excluded_volume212800 ų
包络体积 envelope_volume398190 ų
水化壳体积 shell_volume46463 ų
包络直径 envelope_diameter298.5
壳层 Rg shell_rg55.74
包络 Rg envelope_rg88.43
形状 Rg shape_rg88.95
总 Rg total_rg88.39
总原子数 total_atoms11769
残基数 n_residues1437
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax240.5
Rg (实空间) rg_real79.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.47
I(0) (实空间) i0_real3.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal78.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal351000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7297
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.7
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.863
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.4351
最高正则化参数 α highest_alpha10070000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.433; Stabil: 0.974; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.442; Smooth: 0.002

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4jtda_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)
结构域编号 domain_idd4jtdg_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)
结构域编号 domain_idd4jtdy_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.2 — Short-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4jtdA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id4jtdB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id4jtdB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4jtdB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4jtdG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id4jtdH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id4jtdH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4jtdH03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)