RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 B; UniProt 353–484 | 片段:UNP residues 353-484 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293 K;Trisodium citrate, PEG 3000, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K | 分辨率 2.12 Å R-free 0.240 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 353–484 | 片段:UNP residues 353-484 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293 K;Trisodium citrate, PEG 3000, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K | 分辨率 2.12 Å R-free 0.240 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 4L1P | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2BZE NMR Structure of human RTF1 PLUS3 domain. 提交 2005-08-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
228–359(132 aa)
片段:PLUS3, RESIDUES 228-359
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)200;压力 1.0
NMR样品组成
90% WATER/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2DB9 Solution structure of the plus-3 domain of human KIAA0252 protein 提交 2005-12-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
307–442(136 aa)
片段:Plus-3 domain, Residues 8-143
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;296 K;离子强度(mmCIF原始值)120mM;压力 ambient
NMR样品组成
0.73mM plus-3 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT;
0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3U1U Crystal structure of RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog Plus-3 domain 提交 2011-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
347–482(136 aa)
片段:unp residues 347-482
链 B
347–482(136 aa)
片段:unp residues 347-482
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 23 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
sitting drop vapor diffusion;pH 5.5;291 K;25% PEG-3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 5.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.235 |
| 3U1U Crystal structure of RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog Plus-3 domain 提交 2011-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
347–482(136 aa)
片段:unp residues 347-482
链 B
347–482(136 aa)
片段:unp residues 347-482
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 23 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
sitting drop vapor diffusion;pH 5.5;291 K;25% PEG-3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 5.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.235 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 E
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 F
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 4L1U Crystal Structure of Human Rtf1 Plus3 Domain in Complex with Spt5 CTR Phosphopeptide 提交 2013-06-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
353–484(132 aa)
片段:Plus3, UNP residues 353-484
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;293 K;Sodium acetate, Ammonium sulfate, pH 4.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.226 |
| 6TED Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 提交 2019-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:24-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 microliters applied to both sides of grid. Sample incubated on grid for 10s prior to blotting. Blotting for 8.5s.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 29 PDB 声明:32-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:33-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:30-meric |
链 R
353–600(248 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 29 PDB 声明:32-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 31 PDB 声明:34-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric |
链 R
353–600(248 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 31 PDB 声明:34-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.53 Å |
| 9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 31 PDB 声明:34-meric |
链 R
1–710(710 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
共 17 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | RTF1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 7–138; UniProt 353–484 作者链 B; PDB构建体 7–138; UniProt 353–484 |